La electroforesis en gel de diferencia ( DIGE ) es una forma de electroforesis en gel en la que se pueden marcar hasta tres muestras de proteínas diferentes con tintes fluorescentes que se resuelven espectralmente y que coinciden en el tamaño (por ejemplo, Cy3, Cy5, Cy2) antes de la electroforesis en gel bidimensional . [1]
Procedimiento
Las tres muestras se mezclan y se cargan en IEF (cromatografía de enfoque isoeléctrico) para la primera dimensión y la tira se transfiere a una SDS PAGE. Después de la electroforesis en gel, el gel se escanea con la longitud de onda de excitación de cada tinte uno tras otro, por lo que cada muestra se puede ver por separado (si escaneamos el gel en la longitud de onda de excitación del tinte Cy3, veremos solo en el gel la muestra que fue etiquetada con ese tinte). Esta técnica se utiliza para ver cambios en la abundancia de proteínas (por ejemplo, entre una muestra de una persona sana y una muestra de una persona con enfermedad), modificaciones postraduccionales, truncamientos y cualquier modificación que pueda cambiar el tamaño o el punto isoeléctrico de las proteínas. . Los cambios binarios pueden ser de izquierda a derecha (cambio de punto isoeléctrico), vertical (cambio de tamaño) o diagonal (cambio de tamaño y punto isoeléctrico). El etiquetado recíproco se realiza para asegurarse de que los cambios observados no se deban a interacciones dependientes del tinte.
Ventajas
Supera las limitaciones de la electroforesis 2D tradicional que se deben a la variación entre geles. Esto puede ser considerable incluso con muestras idénticas. Dado que las proteínas de los diferentes tipos de muestras (por ejemplo, sanas / enfermas, virulentas / no virulentas) se procesan en el mismo gel, se pueden comparar directamente. Hacer esto con la electroforesis 2D tradicional requiere un gran número de repeticiones que requieren mucho tiempo.
Estándares
En experimentos que comprenden varios geles, una técnica común es incluir un patrón interno en cada gel. El patrón interno se prepara mezclando varias o todas las muestras del experimento. Esto permite medir la abundancia de una proteína en cada muestra en relación con el estándar interno. Dado que se sabe que las cantidades de cada proteína en el patrón interno son las mismas en todos los geles, este método reduce la variación entre geles. La electroforesis incorpora un patrón interno combinado. [2]
Ver también
Referencias
- ^ Unlü M, Morgan ME, Minden JS. Electroforesis en gel de diferencia: un método de gel único para detectar cambios en extractos de proteínas. Electroforesis. Octubre de 1997; 18 (11): 2071-7. PMID 9420172
- ^ Alban, Andrew; David, Stephen Olu; Bjorkesten, Lennart; Andersson, Christian; Sloge, Erik; Lewis, Steve; Currie, Ian (2003). "Un nuevo diseño experimental para el análisis comparativo de gel bidimensional: electroforesis en gel de diferencia bidimensional que incorpora un patrón interno combinado". Proteómica . 3 (1): 36–44. doi : 10.1002 / pmic.200390006 . ISSN 1615-9853 . PMID 12548632 .