La Diócesis Católica Romana de San Carlos de Ancud (en latín : Dioecesis Sancti Caroli Anduciae ) es una diócesis sufragánea de la archidiócesis de Puerto Montt , en Chile. Su obispo actual es Mons. Juan María Florindo Agurto Muñoz. El obispo jubilado ( emérito ) es Mons. Juan Luis Ysern de Arce.
La diócesis es una de las diócesis católicas más antiguas de Chile. Fue establecida por el Papa Gregorio XVI , mediante la Bulla "Ubi Primum" del 1 de julio de 1840. Las actuales diócesis chilenas de Villarrica , Valdivia , Osorno , Puerto Montt , Punta Arenas y el Vicariato Apostólico de Aysén han sido esculpidas en el territorio original de la diócesis de San Carlos de Ancud, en diferentes épocas.
La diócesis, que comprende las provincias de Chiloé y Palena , en la región de Los Lagos de Chile, cubre un territorio de 24.283 km² y cuenta con 26 parroquias . Su población católica estimada es de unos 117.000 de una población total de 152.000. La catedral diocesana ( parroquia "El Sagrario" ), está ubicada en la ciudad de Ancud .