En bioinformática, EcoCyc es una base de datos biológica para la bacteria Escherichia coli K-12. La base de curación literatura realiza proyectos EcoCyc de la E. coli genoma, y de E. coli transcripcional regulación, transportadores, y las vías metabólicas. EcoCyc contiene resúmenes escritos de genes de E. coli , extraídos de más de 36.000 artículos científicos. EcoCyc es también una descripción del genoma y las redes celulares de E. coli que ayuda a los científicos a realizar análisis computacionales. [2]
Contenido | |
---|---|
Descripción | base de datos completa de la biología de Escherichia coli . |
Organismos | Escherichia coli |
Contacto | |
Centro de Investigación | SRI Internacional |
Laboratorio | SRI Internacional |
Autores | Peter Karp y col. [1] |
Cita primaria | Keseler y col. (2011) [1] |
Acceso | |
Sitio web | ecocyc |
Los objetos de datos en la base de datos EcoCyc describen cada gen y producto génico de E. coli . Los objetos de la base de datos también describen interacciones moleculares, incluidas las vías metabólicas , los eventos de transporte y la regulación de la expresión génica. EcoCyc proporciona varias herramientas de visualización a escala del genoma para ayudar en el análisis de datos ómicos, como pintar datos de expresión génica o metabolómica en la red reguladora completa de E. coli .
Se puede acceder a EcoCyc a través del sitio web de EcoCyc, como un conjunto de archivos descargables y junto con el software Pathway Tools que se puede instalar localmente en computadoras Macintosh, PC / Windows y PC / Linux. El software descargable proporciona capacidades que van mucho más allá de la versión web de EcoCyc.
Referencias
- ↑ a b Keseler, Ingrid M; Collado-Vides Julio; Santos-Zavaleta Alberto; Peralta-Gil Martín; Gama-Castro Socorro; Muñiz-Rascado Luis; Bonavides-Martinez César; Paley Suzanne; Krummenacker Markus; Altman Tomer; Kaipa Pallavi; Spaulding Aaron; Pacheco John; Latendresse Mario; Fulcher Carol; Sarker Malabika; Shearer Alexander G; Mackie Amanda; Paulsen Ian; Gunsalus Robert P; Karp Peter D (enero de 2011). "EcoCyc: una base de datos completa de la biología de Escherichia coli " . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 39 (Problema de la base de datos): D583–90. doi : 10.1093 / nar / gkq1143 . PMC 3013716 . PMID 21097882 .
- ^ Karp PD, Riley M, Paley SM, Pelligrini-Toole A (1996). "EcoCyc: una enciclopedia de genes y metabolismo de Escherichia coli " . Ácidos nucleicos Res . 24 (1): 32–9. doi : 10.1093 / nar / 24.1.32 . PMC 145574 . PMID 8594595 .