En 1642 fue nombrado sheriff de Devon . Era un objeto de considerable importancia para el rey asegurar como alguaciles a hombres confiables de influencia local, y la selección de un hombre tan joven como Fortescue, cuyo padre aún vivía, implica que ya se había ganado una reputación de coraje o habilidad. . A principios de diciembre de 1642, Fortescue convocó a la posse comitatus del condado para reunirse con él en Modbury , con el fin de unirse a Sir Ralph Hopton , que entonces marchaba desde Cornualles para sitiar Plymouth .. Aproximadamente dos mil hombres respondieron a la convocatoria y se reunieron el 6 de diciembre, con la intención de unirse al día siguiente al ejército principal, cuyo cuartel general estaba en Plympton, a solo tres millas de distancia. Durante la noche, el coronel Ruthven , al mando de las fuerzas parlamentarias en Plymouth, organizó una salida desde ese pueblo de unos quinientos dragones, que, evitando el pueblo de Plympton, cayeron sobre las bandas Entrenadas de Fortescue en Modbury . Los nuevos reclutas se dispersaron a la primera alarma y los soldados ocuparon la aldea de inmediato. Luego se dirigieron al castillo de Modbury, sede de la familia Champernowne, incendiaron la casa, irrumpieron y tomaron prisionero a Fortescue, su hermano Peter, Sir Edward Seymour y su hijo mayor, diputado por Devonshire ., Arthur Basset, "un notable maligno", y varios otros caballeros.
La caballería victoriosa marchó luego a Dartmouth, desde donde enviaron a sus prisioneros por mar a Londres . [1] A su llegada a Londres, Fortescue fue enviado al Castillo de Windsor: una inscripción en la pared de una pequeña cámara, cerca de la Torre Redonda, consta de su nombre con un corte tosco de su escudo de armas y las palabras "Pour le Roy C.", sirve para identificar la habitación en la que fue encarcelado. Posteriormente fue trasladado a Winchester House. Antes de finales de 1643, fue canjeado o puesto en libertad.
El 9 de diciembre de 1643, Fortescue recibió una comisión del príncipe Mauricio para reparar "el Old Bull-worke cerca de Salcombe, ahora completamente arruinado y deteriorado", y guardarlo para el rey. El fuerte de Salcombe , o Fort Charles como lo rebautizó Fortescue, se encuentra sobre una roca a la entrada del puerto de Salcombe cerca de Kingsbridge , accesible desde tierra durante la marea baja, pero completamente rodeado por el mar durante la pleamar. Un relato manuscrito de los detalles de la reconstrucción, fortificación y avituallamiento del lugar está impreso en la Historia de Lord Clermont . Los inventarios de provisiones que se dan en este relato muestran que no se descuidó nada necesario para el sostenimiento de la guarnición durante un asedio prolongado: más de treinta tonelesde carne, diez toneles de ponche, diez toneles de sidra, dos mil "poor jacks", seis mil pescadillas secas y seis quintales de tabaco, se encuentran entre los elementos de las provisiones suministradas, mientras que entradas como "veinte ollas con dulces, y una buena caja de todo tipo de conservas secas especialmente buenas", una colilla de saco , y "dos cajas de botellas llenas de raras y buenas aguas fuertes", demuestran que Fortescue no se olvidó de proveer para la mesa del comedor de oficiales. . La guarnición constaba de once oficiales, Sir Charles Lucknersiendo el segundo al mando, y dos de los hermanos de Fortescue sirviendo a sus órdenes, un capellán, un cirujano, dos lavanderas y 43 suboficiales y hombres. De estos, uno murió durante el asedio, tres resultaron heridos y dos desertaron.