Las partículas ribosomales se indican según sus coeficientes de sedimentación en unidades de Svedberg . La subunidad 60S es la subunidad grande de los ribosomas 80S eucariotas . Está relacionada estructural y funcionalmente con la subunidad 50S de los ribosomas procarióticos 70S . [1] [2] [3] [4] [5] [6] Sin embargo, la subunidad 60S es mucho más grande que la subunidad procariota 50S y contiene muchos segmentos de proteínas adicionales, así como segmentos de expansión de ARN ribosómico .
Estructura general
Los rasgos característicos de la subunidad grande, que se muestran a continuación en la "Vista de la corona", incluyen la protuberancia central (CP) y los dos tallos, que se nombran de acuerdo con sus componentes proteicos bacterianos (tallo L1 a la izquierda como se ve desde la interfaz de la subunidad y L7 / L12 a la derecha). Hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (consulte el artículo sobre traducción de proteínas para obtener más detalles). El núcleo de la subunidad 60S está formado por el ARN ribosómico 28S (abreviado ARNr 28S), que es homólogo al ARNr 23S procariótico , que también contribuye con el sitio activo ( centro de peptidil transferasa , PTC) del ribosoma. [2] [4] El núcleo del ARNr está decorado con docenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica eucariota 60S de T. thermophila ", el núcleo de ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas solo entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.
Proteínas ribosomales 60S
La tabla "Proteínas ribosomales 60S" muestra los pliegues de proteínas individuales de la subunidad 60S coloreadas por conservación como anteriormente. Las extensiones específicas de eucariotas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, están resaltadas en rojo. [2]
Históricamente, se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado de acuerdo con sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel . Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "proteínas ribosomales 60S" hace una referencia cruzada de los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con homólogos de levaduras, bacterias y arqueas. [7] Se puede encontrar más información en la base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG) . [7]
Estructura (eucariota) [8] | H. sapiens [7] [9] | Nombre universal [10] | Aminoácidos [11] | Conservación [12] | S. cerevisiae [13] | Homólogo bacteriano ( E. coli ) | Homólogo de Archaeal |
---|---|---|---|---|---|---|---|
RPLP0 | uL10 | 318 | EAB | P0 | L10 | L10 | |
RPL3 | uL3 | 404 | EAB | L3 | L3 | L3 | |
RPL4 | uL4 | 428 | EAB | L4 | L4 | L4 | |
RPL5 | uL18 | 298 | EAB | L5 | L18 | L18p | |
RPL6 | eL6 | 289 | mi | L6 | n / A | n / A | |
RPL7 | uL30 | 254 | EAB | L7 | L30 | L30 | |
RPL7A | eL8 | 267 | EA | L8 | n / A | L7Ae | |
RPL8 | uL2 | 258 | EAB | L2 | L2 | L2 | |
RPL9 | uL6 | 193 | EAB | L9 | L6 | L6 | |
RPL10 | uL16 | 215 | EAB | L10 | L16 | L10e | |
RPL11 | uL5 | EAB | L11 | L5 | L5 | ||
RPL13 | eL13 | EA | L13 | n / A | L13e | ||
RPL13A | uL13 | 204 | EAB | L16 | L13 | L13 | |
RPL14 | eL14 | 221 | EA | L14 | n / A | L14e | |
RPL15 | eL15 | 205 | EA | L15 | n / A | L15e | |
RPL17 | uL22 | 185 | EAB | L17 | L22 | L22 | |
RPL18 | eL18 | 189 | EA | L18 | n / A | L18e | |
RPL18A | eL20 | 177 | EA | L20 | n / A | Lx | |
RPL19 | eL19 | 197 | EA | L19 | n / A | L19 | |
RPL21 | eL21 | 161 | EA | L21 | n / A | L21e | |
RPL22 , RPL22L1 | eL22 | 129 | mi | L22 | n / A | n / A | |
RPL23 | uL14 | 141 | EAB | L23 | L14 | L14p | |
RPL23A | uL23 | 157 | EAB | L25 | L23 | L23 | |
RPL24 | eL24 | 158 | EA | L24 | n / A | L24e | |
RPL26 | uL24 | 146 | EAB | L26 | L24 | L24 | |
RPL27 | eL27 | 137 | mi | L27 | n / A | n / A | |
RPL27A | uL15 | 149 | EAB | L28 | L15 | L15 | |
RPL28 | eL28 | mi | n / a [2] [3] [14] | n / A | n / A | ||
RPL29 | eL29 | mi | L29 | n / A | n / A | ||
RPL30 | eL30 | 116 | EA | L30 | n / A | L30e | |
RPL31 | eL31 | 126 | EA | L31 | n / A | L31e | |
RPL32 | eL32 | 136 | EA | L32 | n / A | L32e | |
RPL34 | eL34 | 118 | EA | L34 | n / A | L34e | |
RPL35 | uL29 | 124 | EAB | L35 | L29 | L29 | |
RPL35A | eL33 | EA | L33 | n / A | L35Ae | ||
RPL36 | eL36 | 106 | mi | L36 | n / A | n / A | |
RPL36A | eL42 | 107 | EA | L42 | n / A | L44e | |
RPL37 | eL37 | 98 | EA | L37 | n / A | L37e | |
RPL37A | eL43 | EA | L43 | n / A | L37Ae | ||
RPL38 | eL38 | EA | L38 | n / A | L38e | ||
RPL39 | eL39 | 52 | EA | L39 | n / A | L37Ae | |
RPL40 | eL40 | 129 | EA | L40 | n / A | L40e |
Ver también
- Subunidad ribosómica pequeña eucariota (40S)
Referencias
- ^ 60S + Ribosoma + Subunidades en los encabezados de temas médicos de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.(MeSH)
- ^ a b c d Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). "Estructura cristalina de la subunidad ribosomal eucariota 60S en complejo con factor de iniciación 6". Ciencia . 334 (6058): 941–948. doi : 10.1126 / science.1211204 . PMID 22052974 .
- ^ a b Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (diciembre de 2011). "La estructura del ribosoma eucariota a una resolución de 3,0 Å". Ciencia . 334 (6062): 1524-1529. doi : 10.1126 / science.1212642 . PMID 22096102 .
- ^ a b Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (agosto de 2000). "La estructura atómica completa de la gran subunidad ribosómica a una resolución de 2,4". Ciencia . 289 (5481): 905–920. doi : 10.1126 / science.289.5481.905 . PMID 10937989 .
- ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (septiembre de 1999). "Estructuras cristalinas de rayos X de los complejos funcionales del ribosoma 70S". Ciencia . 285 (5436): 2095–2104. doi : 10.1126 / science.285.5436.2095 . PMID 10497122 .
- ^ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (mayo de 2001). "Estructura cristalina del ribosoma a una resolución de 5,5 A". Ciencia . 292 (5518): 883–896. doi : 10.1126 / science.1060089 . PMID 11283358 .
- ^ a b c Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: la base de datos del gen de la proteína ribosómica" . Ácidos nucleicos Res . 32 (90001): D168–70. doi : 10.1093 / nar / gkh004 . PMC 308739 . PMID 14681386 .
- ^ Estructura de la 'T. thermophila, 'proteínas de las estructuras de la subunidad grande PDBS 417, 4A19
- ^ Nomenclatura según la base de datos de genes de proteínas ribosómicas, se aplica a H. sapiens y T. thermophila
- ^ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragón, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquín; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "Un nuevo sistema para nombrar proteínas ribosomales" . Opinión actual en biología estructural . Elsevier BV. 24 : 165-169. doi : 10.1016 / j.sbi.2014.01.002 . ISSN 0959-440X . PMC 4358319 . PMID 24524803 .
- ^ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). "Los genes de proteínas ribosomales humanas: secuenciación y análisis comparativo de 73 genes" . Investigación del genoma . 12 (3): 379–390. doi : 10.1101 / gr.214202 . PMC 155282 . PMID 11875025 .
- ^ EAB significa conservado en eucariotas, arqueas y bacterias, EA significa conservado en eucariotas y arqueas y E significa proteína específica de eucariotas
- ^ Tradicionalmente, las proteínas ribosómicas se nombraban de acuerdo con su peso molecular aparente en la electroforesis en gel, dando lugar a diferentes nombres para proteínas homólogas de diferentes organismos. El RPG ofrece una nomenclatura unificada para genes de proteínas ribosomales basada en la homología.
- ^ RPL28 no tiene homólogo detectable en levadura
enlaces externos
- Base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG)