El ARNr 23S es un componente de 2904 nt de longitud (en E. coli ) de la subunidad grande ( 50S ) del ribosoma bacteriano / arcaico. La actividad de la peptidil transferasa ribosómica reside en el dominio V de este ARNr, y este dominio es el sitio de unión más común para los antibióticos que inhiben la traducción. Un miembro muy conocido de esta clase de antibióticos, el cloranfenicol , actúa inhibiendo la formación de enlaces peptídicos, con estudios estructurales en 3D recientes que muestran dos sitios de unión diferentes según la especie de ribosoma. Linezolid y quinupristina-dalfopristinatambién se unen al ARNr 23S y se ha demostrado resistencia cruzada entre estos antibióticos. [ cita requerida ] En comparación con los genes de ARNr 16S, los genes de ARNr 23S suelen tener variaciones de secuencia más altas, incluidas inserciones y / o deleciones. [2]
Pseudonudo del dominio G (G12) del ARN ribosómico 23S | |
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Identificadores | |
Símbolo | PK-G12rRNA |
Rfam | RF01118 |
Otros datos | |
Tipo de ARN | Gene ; ARNr |
Dominio (s) | Bacterias |
ENTONCES | Entonces: 0001263 |
Estructuras PDB | PDBe |
El homólogo eucariota del ARNr 23S LSU es el ARN ribosómico 28S , con una región llena por el ARN ribosómico 5.8S . [3]
Funciones de ARNr 23S
En general, el ARNr tiene una función esencial de la peptidil transferasa, el núcleo estimulante del ribosoma juega un papel en la configuración del enlace peptídico. Tanto el peptidil-tRNA como el aminoacil-tRNA son importantes para la síntesis de proteínas y la respuesta de transpeptidación. Sin embargo, las posiciones del ARNr 23S que son G2252, A2451, U2506 y U2585 tienen una función significativa para la unión del ARNt en el sitio P de la subunidad ribosómica grande. Estos nucleótidos de modificación en el sitio P pueden inhibir la unión de peptidil-tRNA y también permanece la modificación de U2555 que interviene con la transferencia de peptidil-tRNA a puromicina. Además, la modificación química de la mitad de estas posiciones G2251, G2253, A2439 y U2584 no puede evitar la unión del tRNA. El peptidil-tRNA de las subunidades 50s que se une al sitio P preserva ocho posiciones del rRNA 23S de la modificación química. Por otro lado, el ARNr 23S influye en la mutación para el crecimiento celular. Las mutaciones A1912G, A1919G y Ψ1917C tienen fenotipos de crecimiento potentes y previenen la traducción, mientras que la mutación A1916G tiene un fenotipo de crecimiento simple y conduce a defectos en las subunidades 50S. [4]
Ver también
Referencias
- ^ Mueller F, Sommer I, Baranov P, Matadeen R, Stoldt M, Wöhnert J, Görlach M, van Heel M, Brimacombe R (2000). "La disposición 3D del ARNr 23 S y 5 S en la subunidad ribosómica 50 S de Escherichia coli basado en una reconstrucción microscópica crioelectrónica con una resolución de 7,5 Å". J Mol Biol . 298 (1): 35–59. doi : 10.1006 / jmbi.2000.3635 . PMID 10756104 .
- ^ Pei A, Nossa CW, Chokshi P, Blaser MJ, Yang L, Rosmarin DM, Pei Z (5 de mayo de 2009). "Diversidad de genes de ARNr 23S dentro de genomas procarióticos individuales" . PLOS ONE . 4 (5): e5437. doi : 10.1371 / journal.pone.0005437 . PMC 2672173 . PMID 19415112 .
- ^ Doris, Stephen M .; Smith, Deborah R .; Beamesderfer, Julia N .; Rafael, Benjamin J .; Nathanson, Judith A .; Gerbi, Susan A. (octubre de 2015). "Secuencias universales y específicas de dominio en ARN ribosómico 23S-28S identificadas por filogenia computacional" . ARN . 21 (10): 1719-1730. doi : 10.1261 / rna.051144.115 . PMC 4574749 . PMID 26283689 .
- ^ Long KS, Munck C, Andersen TM, Schaub MA, Hobbie SN, Bottger EC, Vester B (9 de agosto de 2010). "Mutaciones en el rRNA 23S en el centro de peptidil transferasa y su relación con la unión de linezolid y resistencia cruzada" . Agentes antimicrobianos y quimioterapia . 54 (11): 4705–4713. doi : 10.1128 / AAC.00644-10 . PMC 2976117 . PMID 20696869 .
enlaces externos
- Página para 23S_ribosomal_RNA en Rfam
- Entrada de pseudobase para el pseudonudo del ARN ribosómico 23S (PKB00148)