John Frederick William Birney CBE FRS FMedSci [21] [22] (nacido el 6 de diciembre de 1972) [23] [4] [6] [7] es director adjunto con Rolf Apweiler del Instituto Europeo de Bioinformática de EMBL (EMBL-EBI), [24 ] [25] [26] en Hinxton , Cambridgeshire y subdirector general del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL). [27] También se desempeña como director no ejecutivo de Genomics England , [28] presidente de laAlianza Global para la Genómica y la Salud (GA4GH) [29] [30] y profesor honorario de bioinformática en la Universidad de Cambridge . [31] Birney ha hecho contribuciones significativas a la genómica , a través de su desarrollo de herramientas innovadoras de bioinformática y biología computacional . [13] Anteriormente se desempeñó como miembro asociado de la facultad en el Wellcome Trust Sanger Institute . [32]
Ewan Birney CBE FRS FMedSci | |
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Nació | 6 de diciembre de 1972 [4] [5] [6] [7] |
Otros nombres | Ewan Birney John Birney [8] |
Educación | Eton College |
alma mater | |
Conocido por |
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Esposos) | Laycock de cebada ( m. 2003) |
Niños | Dos [6] |
Premios |
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Carrera científica | |
Campos |
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Instituciones |
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Tesis | Alineación de secuencias en bioinformática (2000) |
Asesor de doctorado | Richard Durbin [18] |
Influencias |
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Sitio web | ewanbirney .com |
Educación
Birney se educó en Eton College como becario de Oppidan . [6] [33] Antes de ir a la universidad, Birney completó una pasantía de un año sabático en el Laboratorio Cold Spring Harbor supervisada por James Watson [7] [20] y Adrian Krainer . [20] [34] [35]
Birney completó su Licenciatura en Artes grado en Bioquímica en la Universidad de Oxford en 1996, donde fue un estudiante en el Balliol College de Oxford . [6] [7] [36] Completó su doctorado en el Instituto Sanger , supervisado por Richard Durbin [18] mientras era un estudiante de posgrado en St John's College, Cambridge . [37] Su investigación doctoral utilizó programación dinámica , [38] máquinas de estados finitos y autómatas probabilísticos para la alineación de secuencias . [18]
Mientras era estudiante, realizó pasantías en la oficina del alcalde de Baltimore y también en servicios financieros sobre valoración de opciones para Swiss Bank Corporation . [33] [20] [ ¿cuándo? ]
Investigación y carrera
De 2000 a 2003, Birney organizó una apuesta científica y un sorteo conocido como GeneSweep , [39] [9] para la comunidad genómica, apostando por estimaciones del número total de genes (y ADN no codificante [40] ) en el genoma humano. [20] [41] [42]
Birney es uno de los fundadores del navegador del genoma Ensembl y otras bases de datos, y ha desempeñado un papel en la secuenciación del genoma humano en 2000 y el análisis de la función del genoma en el proyecto ENCODE . [42] [43] Ha jugado un papel en la anotación de las secuencias del genoma del ser humano, [44] ratón, [45] pollo [46] y varios otros organismos. Su grupo de investigación se centra en la genómica computacional y las diferencias interindividuales en humanos y otros animales . [12] [24] [26] [40] [47] [48] [49] [50] [51] [52]
Birney es conocido por su papel en el consorcio ENCODE . [17] [42] [53] [54] [55] [56] [57] Antes del proyecto ENCODE, Birney ha estado involucrado en la creación de una serie de herramientas de bioinformática y biología computacional ampliamente utilizadas , ya sea directamente (PairWise, [58] GeneWise, [59] GenomeWise, [60] ), o en colaboración con estudiantes y posdoctorados , por ejemplo, Exonerate [61] (con Guy Slater), Enredo (Javier Herrero [62] ), Pecan (Benedict Paten [63] ), el ensamblador Velvet (Daniel Zerbino [64] ) y CRAM (Markus Hsi-Yang Fritz, [65] Rasko Leinonen [66] y Vadim Zalunin). Birney también ha contribuido a varios otros proyectos, incluida la base de datos Pfam [67] , InterPro , [68] BioPerl , [69] [70] y HMMER [71] y el proyecto de base de datos del genoma Ensembl . [72]
A partir de 2015[actualizar], El grupo de investigación de Birney se centra en los algoritmos genómicos y el estudio de las diferencias entre individuos, tanto en humanos como en otras especies. Ha supervisado a varios estudiantes de doctorado [73] e investigadores postdoctorales que han trabajado en su laboratorio. [74] [75] [76] [77] [65] [78] [79] [63] [80] [81] [82] [83] [84] Su investigación ha sido financiada por Biotecnología y Ciencias Biológicas Consejo de Investigación (BBSRC), Consejo de Investigación médica (MRC) [85] del Instituto Nacional de Investigación del Genoma humano (NHGRI), [3] el Wellcome Trust y la Unión Europea . [86]
Birney se desempeña como consultor de Oxford Nanopore Technologies [87] y en el consejo asesor científico del Earlham Institute (anteriormente TGAC) en Norwich. [88] [89]
Premios y honores
En 2002, Birney fue nombrado uno de los 100 principales innovadores del mundo bajo la edad de 35 años TR100 de MIT Technology Review . [90] En 2003, dio la Conferencia inaugural de Francis Crick en la Royal Society : [13] En 2005, fue galardonado con el Premio Overton de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) por su defensa de la bioinformática de código abierto , contribuciones a la comunidad BioPerl y liderazgo del proyecto de anotación del genoma Ensembl. [14] En 2005 Birney recibió el premio Benjamin Franklin en bioinformática : [91]
Como expresaron sus nominadores, Birney ha sido una fuerza significativa en el código abierto en bioinformática y ciencia. Ha sido un firme defensor de que la información del genoma esté disponible gratuitamente para todos. Su trabajo codirigido en el proyecto Ensembl ha hecho que la anotación del genoma de alta calidad esté disponible gratuitamente en la web, evitando un sistema de clases de laboratorios que pueden y no pueden pagar tarifas de suscripción a datos patentados. El proyecto ha trabajado arduamente para que los datos estén disponibles en una variedad de formas para que los datos sean accesibles y fácilmente disponibles para la minería. El proyecto Ensembl ha sido de código abierto desde el principio, permitiendo a los investigadores y corporaciones reutilizar y ampliar el sistema de software. Birney también ha sido un defensor de la ciencia abierta . Junto con Sean Eddy , criticó las decisiones de las revistas de permitir la publicación de artículos sin divulgar los datos de la secuencia del genoma al mismo tiempo. También es el autor del paquete de herramientas Wise, disponible gratuitamente, que son partes importantes de los canales de anotación del genoma. Se desempeña como co-líder del kit de herramientas de bioinformática de código abierto Bioperl y también cofundó y actualmente se desempeña como presidente de la fundación Open Bioinformatics , una organización que apoya el desarrollo de varios kits de herramientas de bioinformática.
Birney fue nombrada miembro de la Organización Europea de Biología Molecular (EMBO) [15] en 2012 [16] y fue elegida miembro de la Royal Society (FRS) en 2014 . [2] [13] Su certificado de elección y candidatura dice: [21]
Ewan se ha convertido en una fuerza en la genómica debido a su innovación en el análisis del genoma, tanto algorítmicos como integradores. Escribió el primer programa de alineación de proteínas tolerante a errores y consciente del empalme , utilizado en el análisis del genoma humano y posterior; fue coautor de uno de los primeros y más utilizados ensambladores de lectura corta . En términos de integración de datos , Ewan ha liderado el análisis en muchos consorcios genómicos, en particular ENCODE , liderando la integración de muchos ensayos genómicos; por ejemplo, realizar predicciones sólidas de potenciadores , promotores y su integración con regiones asociadas a enfermedades. También co-desarrolló muchos recursos bioinformáticos ampliamente utilizados.
En 2014, Birney recibió el título de Doctor Honoris Causa en Ciencias (DSc) de la Universidad Brunel de Londres . [92] En 2015, Birney fue elegido miembro de la Academia de Ciencias Médicas (FMedSci). [22] Birney fue nombrado Comandante de la Orden del Imperio Británico (CBE) en los Honores de Año Nuevo de 2019 . [93] [8]
Vida personal
Birney se casó con Barley Laycock [94] en 2003 [12] y tiene dos hijos. [6]
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Precedida por Janet Thornton | Director del Instituto Europeo de Bioinformática 2015-presente | Titular |