El club es uno de los clubes de fútbol más antiguos de la antigua Yugoslavia . Fundado por lugareños que regresaban de la educación superior en las principales capitales europeas entre las dos guerras mundiales, el FK Vlasina existe desde 1920. Simbólicamente, el club ha sido un signo de la implementación de ideas europeas avanzadas en la sociedad serbia. El desarrollo de FK Vlasina está directamente relacionado con el desarrollo social y económico de la región alrededor de Vlasotince en el sureste de Serbia.
El fundador y primer presidente fue Vojislav Popović, quien trajo el primer fútbol a la ciudad. Desde la fundación del club el fútbol empieza a tener muchos aficionados entre la población. También se fundaron otros clubes en Vlasotince, pero el FK Vlasina siempre fue el más representativo. Algunos clubes como SK Dečanski y SK Omladina se fusionaron en FK Vlasina. VSK resistió y se convirtió en el principal rival local. El club compitió en ligas locales y jugó numerosos torneos teniendo como oponentes a algunos de los principales clubes nacionales, y de este período fue memorable una victoria por 2-0 sobre el SK Jugoslavija de Belgrado en un torneo en Niš. Con el inicio de la Segunda Guerra Mundial se interrumpieron las competiciones en la región.
En 1946 se reiniciaron las actividades deportivas. Tras no lograrlo en la temporada anterior, al final de la temporada 1956-57 el FK Vlasina logra el ascenso a la 4ª zona de la Segunda Liga Yugoslava. Esa temporada fue memorable para los seguidores del club que vieron al club rivalizar contra muchos clubes que eran o se convertirían en miembros de la liga superior yugoslava. Al final de esa temporada, la Segunda y las ligas inferiores sufrieron una serie de remodelaciones estructurales y el FK Vlasina terminó ubicado para la próxima temporada en la 3.ª liga nacional - zona Niš. Hasta la década de 1980 el club compitió en ligas regionales. En 1987–88, el club gana la Liga de Morava del Sur. El próximo año, Vlasina gana la Liga Sur de Serbia logrando el ascenso a la Primera Liga de Serbia, luego un tercer nivel dentro del sistema de liga yugoslavo. En su primera temporada terminaron terceros, pero en la siguiente terminaron solo 17 y terminaron relegados. Durante la década de 1990, el club jugará principalmente entre los niveles 3 y 4,
En enero de 2001, se eligió la nueva administración con Jovan Stojanović como presidente, quien realizó inversiones en la infraestructura y el estadio del club. Al final de la temporada 2001-02, el club perdió contra el FK Car Konstantin en las eliminatorias para la Segunda Liga de Yugoslavia , pero lograron ascender la próxima temporada al ganar la Liga Este de Serbia 2002-03 . Jugará las próximas temporadas en la Segunda Liga y en 2004-05 el club logró llegar a los cuartos de final de la Copa de Serbia y Montenegro, donde fue eliminado inesperadamente en los penaltis por el FK Kolubara después de eliminar a clubes de la liga superior como el FK Budućnost. Podgorica y BelgradoFK Rad en las rondas anteriores. En 2006-07 llegaron a 1/8 de final donde volvieron a perder en una tanda de penaltis después de un empate 0-0 contra la liga superior FK Bežanija . Hasta la temporada 2007-08, el club compitió con éxito en la segunda liga, pero ese año terminó relegado a la Liga Este de Serbia .
El 17 de noviembre de 2010 el club celebró su 90 aniversario con un partido contra el Estrella Roja de Belgrado . [1]
El grupo de seguidores más famoso del FK Vlasina, los Poplaws (llamado así por una inundación en el área de Vlasotince a mediados de los años ochenta) son ampliamente conocidos por crear efectos especiales con fuegos artificiales durante los partidos. Por razones de seguridad, la actividad del estadio ha sido desaprobada y prohibida en algunos períodos durante la década de 2000.