Una población fantasma es una población que se ha inferido mediante el uso de técnicas estadísticas. [1]
Estudios de población
En 2004, se propuso que los enfoques de máxima verosimilitud o bayesianos que estiman las tasas de migración y el tamaño de la población utilizando la teoría coalescente pueden utilizar conjuntos de datos que contienen una población que no tiene datos. Esto se conoce como "población fantasma". La manipulación permite explorar los efectos de las poblaciones faltantes en la estimación del tamaño de la población y las tasas de migración entre dos poblaciones específicas. Los sesgos de los parámetros poblacionales inferidos dependen de la magnitud de la tasa de migración de las poblaciones desconocidas. [1] La técnica para derivar poblaciones fantasmas atrajo críticas porque las poblaciones fantasmas eran el resultado de modelos estadísticos, junto con sus limitaciones. [2]
Genética de poblaciones
En 2012, se utilizaron análisis de ADN y técnicas estadísticas para inferir que una población humana ahora extinta en el norte de Eurasia se había cruzado tanto con los antepasados de los europeos como con un grupo siberiano que luego migró a las Américas. El grupo fue referido como una población fantasma porque fueron identificados por los ecos que dejan en los genomas, no por huesos o ADN antiguo. [3] En 2013, otro estudio encontró los restos de un miembro de este grupo fantasma, cumpliendo la predicción anterior de que habían existido. [4] [5]
Según un estudio publicado en 2020, hay indicios de que entre el 2% y el 19% (o alrededor de 6,6 y .07,0%) del ADN de cuatro poblaciones de África Occidental pueden haber venido de un homínido arcaico desconocido que se separó del antepasado de los humanos. y neandertales entre 360 kya y 1,02 mya. Sin embargo, el estudio también sugiere que al menos parte de esta mezcla arcaica también está presente en euroasiáticos / no africanos, y que el evento o eventos de mezcla oscilan entre 0 y 124 ka BP, que incluye el período anterior a la salida de África. migración y antes de la división africana / euroasiática (afectando así en parte a los ancestros comunes de africanos y euroasiáticos / no africanos). [6] [7] [8] Otro estudio reciente, que descubrió cantidades sustanciales de variación genética humana no descrita previamente, también encontró variación genética ancestral en africanos que es anterior a los humanos modernos y se perdió en la mayoría de los no africanos. [9]
En 2015, un estudio del linaje y la migración temprana del cerdo doméstico encontró que el mejor modelo que se ajustaba a los datos incluía el flujo de genes de una población fantasma durante el Pleistoceno que ahora está extinta. [10]
Ver también
Referencias
- ↑ a b Beerli, P (2004). "Efecto de poblaciones no muestreadas en la estimación de tamaños de población y tasas de migración entre poblaciones muestreadas". Ecología molecular . 13 (4): 827–836. doi : 10.1111 / j.1365-294x.2004.02101.x . PMID 15012758 .
- ^ Skatkin, M (2005). "Ver fantasmas: el efecto de las poblaciones sin muestrear en las tasas de migración estimadas para las poblaciones muestreadas". Ecología molecular . 14 (1): 67–73. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2004.02393.x . PMID 15643951 .
- ^ Patterson, N (2012). "Mezcla antigua en la historia de la humanidad" . Genética . 192 (3): 1065–93. doi : 10.1534 / genetics.112.145037 . PMC 3522152 . PMID 22960212 .
- ^ Raghavan, M (2013). "El genoma siberiano del Paleolítico superior revela la ascendencia dual de los nativos americanos" . Naturaleza . 505 (7481): 87–91. doi : 10.1038 / nature12736 . PMC 4105016 . PMID 24256729 .
- ^ Callaway, E (2015). " " Población fantasma "insinúa una migración perdida hace mucho tiempo a las Américas". Naturaleza . doi : 10.1038 / nature.2015.18029 .
- ^ Arun Durvasula; Sriram Sankararaman (2020). "Recuperación de señales de introgresión arcaica fantasma en poblaciones africanas" . Avances científicos . 6 (7): eaax5097. doi : 10.1126 / sciadv.aax5097 . PMC 7015685 . PMID 32095519 ."Las poblaciones no africanas (chinos han en Beijing y residentes de Utah con ascendencia europea del norte y occidental) también muestran patrones análogos en el CSFS, lo que sugiere que un componente de ascendencia arcaica se compartió antes de la división de poblaciones africanas y no africanas ... Una interpretación de la época reciente de introgresión que documentamos es que las formas arcaicas persistieron en África hasta hace relativamente poco. Alternativamente, la población arcaica podría haberse introducido antes en una población humana moderna, que posteriormente se cruzó con los antepasados de las poblaciones que tenemos. Los modelos que hemos explorado aquí no son mutuamente excluyentes, y es plausible que la historia de las poblaciones africanas incluya contribuciones genéticas de múltiples poblaciones divergentes, como lo demuestra el gran tamaño de población efectivo asociado con la población arcaica introgresiva ... Dada la incertidumbre en nuestras estimaciones del tiempo de introgresión, nos preguntamos si j Analizar en profundidad el CSFS tanto de CEU (residentes de Utah con ascendencia de Europa del Norte y Occidental) como de YRI podría proporcionar una resolución adicional. Bajo el modelo C, simulamos la introgresión antes y después de la división entre poblaciones africanas y no africanas y observamos diferencias cualitativas entre los dos modelos en los grupos de alelos derivados de alta frecuencia del CSFS en poblaciones africanas y no africanas (fig. S40 ). Usando ABC para ajustar conjuntamente los grupos de alelos derivados de alta frecuencia del CSFS en CEU e YRI (definido como una frecuencia superior al 50%), encontramos que el límite inferior en el intervalo creíble del 95% del tiempo de introgresión es más antiguo que el división simulada entre CEU e YRI (2800 versus 2155 generaciones BP), lo que indica que al menos parte de los linajes arcaicos vistos en el YRI también se comparten con el CEU ... "
- ^ [1] Materiales suplementarios para recuperar señales de introgresión arcaica fantasma en poblaciones africanas ", sección" S8.2 "" Simulamos datos usando los mismos antecedentes en la sección S5.2, pero calculamos el espectro para ambos YRI [Yoruba de África Occidental] y CEU [una población de origen europeo]. Descubrimos que los mejores parámetros de ajuste fueron un tiempo de división arcaico de hace 27,000 generaciones (95% HPD: 26,000-28,000), fracción de mezcla de 0.09 (95% HPD: 0.04-0.17), tiempo de mezcla de hace 3,000 generaciones (95% HPD : 2,800-3,400), y un tamaño de población efectivo de 19,700 individuos (95% HPD: 19,300-20,200). Encontramos que el límite inferior del tiempo de mezcla está más atrás que la división simulada entre CEU e YRI (hace 2155 generaciones), lo que proporciona alguna evidencia a favor de un evento anterior a África. Este modelo sugiere que muchas poblaciones fuera de África también deberían contener haplotipos de este evento de introgresión, aunque la detección es difícil porque muchos métodos utilizan grupos externos no mezclados para detectar haplotipos introgresados [Browning et al., 2018, Skov et al., 2018, Durvasula y Sankararaman , 2019] (5, 53, 22). También es posible que algunos de estos haplotipos se perdieran durante el cuello de botella fuera de África ".
- ^ https://advances.sciencemag.org/content/advances/suppl/2020/02/10/6.7.eaax5097.DC1/aax5097_SM.pdf
- ^ Bergström, A; McCarthy, S; Hui, R; Almarri, M; Ayub, Q (2020). "Información sobre la variación genética humana y la historia de la población de 929 genomas diversos" . Ciencia . 367 (6484): eaay5012. doi : 10.1126 / science.aay5012 . PMC 7115999 . PMID 32193295 . "Un análisis de secuencias arcaicas en poblaciones modernas identifica variaciones genéticas ancestrales en poblaciones africanas que probablemente son anteriores a los humanos modernos y se han perdido en la mayoría de las poblaciones no africanas ... Encontramos pequeñas cantidades de ascendencia neandertal en los genomas de África occidental, probablemente reflejando eurasiáticos A pesar de sus niveles muy bajos o la ausencia de ascendencia arcaica, las poblaciones africanas comparten muchas variantes neandertales y denisovanas que están ausentes en Eurasia, lo que refleja cómo una mayor proporción de la variación humana ancestral se ha mantenido en África ".
- ^ Frantz, L (2015). "Evidencia de selección y flujo de genes a largo plazo durante la domesticación a partir de análisis de genomas de cerdo doméstico y salvaje euroasiático". Genética de la naturaleza . 47 (10): 1141-1148. doi : 10.1038 / ng.3394 . PMID 26323058 .