Los primeros masones conocidos en Portugal fueron el suizo John Coustos y otros dos miembros portugueses de su logia, quienes fueron arrestados por la Inquisición portuguesa [1] e interrogados bajo tortura en la década de 1740. Coustos escribió un libro detallando sus sufrimientos bajo la Inquisición y señaló 1728 como el año de la primera Logia, aunque nada se sabe de los primeros años de esta Logia y no fue reconocida por la Gran Logia de Inglaterra. [2] Hoy existen varias Obediencias Masónicas en Portugal.
El "Gran Oriente de Lusitania", fundado en 1802, es la Obediencia Masónica más antigua de Portugal. Está reconocido por el Grand Orient de France y también pertenece a CLIPSAS . El Gran Oriente de Portugal se inscribe en la tradición de la masonería liberal o continental , proclamando la absoluta libertad de conciencia y el dogmatismo.
Bajo los auspicios del Gran Oriente Lusitano existen logias del Rito Escocés Antiguo y Aceptado y del Rito Francés. Estos Ritos son administrados por las respectivas Potencias filosóficas con las que el Grande Oriente Lusitano tiene tratado para conferir los grados simbólicos:
Las tres potencias están representadas en la sociedad civil a través del Grémio Lusitano, una sociedad cultural, recreativa y filantrópica cuya sede se encuentra en la Rua do Grémio Lusitano, número 25, en Lisboa. Este edificio, el Palacio Masónico, también alberga el Museo Masónico Portugués, que está abierto al público en general.
La "Gran Logia Regular de Portugal" (GLRP) fue establecida en 1991 por la Grande Loge Nationale Française (GLNF), en un intento de introducir la masonería regular organizada en Portugal. Tras un desacuerdo interno, la organización se dividió en 1996. Desde entonces, la autoridad francesa fundadora ha retirado el reconocimiento y el GLRP residual disfruta de muy poco reconocimiento internacional.
Luego de una disputa sobre la legalidad de una elección al Gran Maestrazgo de GLRP, la parte que disputaba la elección tomó el control de la asociación civil bajo la cual la Obediencia tenía existencia legal. En 1996, una gran mayoría de los miembros de ese organismo crearon una nueva asociación civil bajo el nombre de "Grande Loja Legal de Portugal/Grande Loja Regular de Portugal" (GLLP/GLRP). El GLLP/GLRP se considera completamente continuo con la Gran Logia fundada en 1991 y desconectado del organismo que tiene el título legal del nombre original, y que considera una organización clandestina. Esta posición es defendida por el mundo masónico regular, que es reconocido por la Gran Logia Unida de Inglaterra , que imprime la fecha "1991" en su Anuario anual después de la entrada del GLLP/GLRP.[5] : 303