La base de datos de referencia de proteínas humanas ( HPRD ) es una base de datos de proteínas accesible a través de Internet . [1] Está estrechamente asociado con la principal organización de investigación sin fines de lucro de la India , el Instituto de Bioinformática (IOB) , Bangalore . Esta base de datos es un resultado de la colaboración de IOB y Pandey Lab de la Universidad Johns Hopkins .
El HPRD es el resultado de un esfuerzo de colaboración internacional entre el Instituto de Bioinformática en Bangalore, India y el laboratorio Pandey en la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, EE. UU. HPRD contiene información científica seleccionada manualmente relacionada con la biología de la mayoría de las proteínas humanas. La información sobre proteínas implicadas en enfermedades humanas está anotada y vinculada a la base de datos Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). El Centro Nacional de Información Biotecnológica proporciona un enlace a HPRD a través de sus bases de datos de proteínas humanas (p. ej., Entrez Gene, proteína RefSeq relacionada con genes y proteínas.
Este recurso muestra información sobre las funciones de las proteínas humanas, incluidas las interacciones proteína-proteína , las modificaciones postraduccionales , las relaciones enzima-sustrato y las asociaciones de enfermedades. La información de anotación de proteínas que se cataloga se obtuvo a través de la curación manual utilizando literatura publicada por biólogos expertos y mediante análisis bioinformáticos de la secuencia de proteínas. La interacción proteína-proteína y los datos de localización subcelular de HPRD se han utilizado para desarrollar una red de interacción de proteínas humanas. [2]
HPRD también integra datos de Human Proteinpedia , un portal comunitario para integrar datos de proteínas humanas. Los usuarios académicos pueden acceder y utilizar libremente los datos de HPRD, mientras que las entidades comerciales deben obtener una licencia de uso. El contenido de Human Proteinpedia [5] está disponible gratuitamente para que cualquiera pueda descargarlo y usarlo.
PhosphoMotif Finder [6] contiene un sustrato de cinasa/fosfatasa conocido, así como motivos de unión seleccionados de la bibliografía publicada. Informa la PRESENCIA de cualquier motivo derivado de la literatura en la secuencia de consulta. PhosphoMotif Finder NO PREDICE ningún motivo en la secuencia de la proteína de consulta utilizando ningún algoritmo u otras estrategias computacionales.
Existen otras bases de datos que se ocupan del proteoma humano (por ejemplo, BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase y Reactome). Cada base de datos tiene su propio estilo de presentación de los datos. Es una tarea difícil para la mayoría de los investigadores comparar los datos voluminosos de estas bases de datos para concluir las fortalezas y debilidades de cada base de datos. Mathivanan y sus colegas [7] intentaron abordar este problema mientras analizaban los datos de proteínas haciendo varias preguntas. Este análisis ayudará a los biólogos a elegir entre estas bases de datos en función de sus necesidades.