HYPHY ( / h aɪ f aɪ / HY -fy ) es una multiplataforma libre (Mac, Windows y UNIX) filogenética computacional paquete de software destinado a realizar análisis de máxima verosimilitud de los datos de secuencia genética y equipado con herramientas para probar diferentes hipótesis estadísticas. [1] El nombre HYPHY es una abreviatura de "Prueba de hipótesis utilizando filogenias". [2] En marzo de 2018, alrededor de 2.000 artículos de revistas científicas revisadas por pares citan a HYPHY. [3]
Desarrollador (es) | Estanque Sergei L Kosakovsky, Art FY Poon, Steven Weaver, N. Lance Hepler, Martin Smith. |
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Lanzamiento estable | 2.5.24 / 17 de diciembre de 2020 |
Disponible en | inglés |
Tipo | Filogenética computacional |
Sitio web | www |
Características principales
HYPHY admite el análisis de secuencias de nucleótidos, proteínas y codones, utilizando modelos estándar predefinidos o modelos de evolución definidos por el usuario. El paquete admite la interacción a través de una interfaz gráfica de usuario, así como un lenguaje por lotes para configurar análisis grandes y complicados y procesar los resultados. [1]
HyPhy incluye un conjunto versátil de métodos para detectar la evolución adaptativa en sitios y / o linajes de aminoácidos individuales, incluidas generalizaciones de enfoques Nielsen-Yang PAML y Suzuki-Gojobori y muchos otros.
Historia
El desarrollo de HyPhy comenzó en 1997, con el primer lanzamiento público en 2000 y la versión más reciente a diciembre de 2020 siendo la 2.5. [2]
Disponibilidad y licencia de software / código
HYPHY se distribuye como software gratuito con el código fuente publicado bajo la licencia MIT . Los binarios compilados para Mac OS X y Windows están disponibles para descargar. El código fuente está disponible para que los usuarios puedan compilar la aplicación HyPhy en sistemas POSIX.
El equipo de HYPHY de la Universidad de Temple también pone a disposición un subconjunto de métodos HYPHY para detectar la evolución adaptativa en el grupo DataMonkey . [4]
Notas
- ↑ a b Pond SL, Frost SD, Muse SV (marzo de 2005). "HyPhy: prueba de hipótesis utilizando filogenias" . Bioinformática . 21 (5): 676–9. doi : 10.1093 / bioinformatics / bti079 . PMID 15509596 .
- ^ a b "Página del paquete HYPHY" . Consultado el 22 de enero de 2009 .
- ^ "Búsqueda de artículos que citan la publicación HYPHY en Google Scholar" . Consultado el 23 de marzo de 2018 .
- ^ Pond SL, Frost SD (mayo de 2005). "Datamonkey: detección rápida de presión selectiva en sitios individuales de alineaciones de codones". Bioinformática . 21 (10): 2531–3. doi : 10.1093 / bioinformática / bti320 . PMID 15713735 .