Thompson nació el 5 de junio de 1830 en Derry , Irlanda , sin embargo, emigró a los Estados Unidos con sus padres cuando tenía 6 años. Se formó para el sacerdocio en Nashotah House y fue ordenado diácono el 6 de junio de 1852 y sacerdote el 31 de agosto de 1856. Entre 1860 y 1870, se desempeñó como profesor de historia eclesiástica en Nashotah House . También pasó algún tiempo como editor del American Churchman. Entre 1871 y 1872 fue rector de la Iglesia de St. James en Chicago y luego se convirtió en rector de la Iglesia de Cristo en la ciudad de Nueva York . En 1876 se mudó al sur para servir como rector de Trinity Church en Nueva Orleans.. Thompson fue elegido obispo coadjutor de Mississippi y fue consagrado el 24 de febrero de 1883. Se convirtió en obispo diocesano de Mississippi tras la muerte del obispo Green el 13 de febrero de 1887. Thompson siguió siendo obispo diocesano de Mississippi hasta su muerte en 1903. [1]
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