Integrated Genome Browser ( IGB ) (pronunciado Ig-Bee) [1] es un navegador de genoma de código abierto , una herramienta de visualización que se utiliza para observar patrones biológicamente interesantes en conjuntos de datos genómicos, incluidos datos de secuencia, modelos genéticos, alineaciones y datos de Microarrays de ADN .
Sistema operativo | UNIX , Linux , Mac , MS-Windows |
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Tipo | Herramienta de bioinformática |
Licencia | CPL 1.0 |
Sitio web | bioviz |
Historia
Integrated Genome Browser se desarrolló por primera vez en Affymetrix para que sus científicos y colaboradores del sector público visualizaran datos de matrices de ordenamiento en teselas de todo el genoma. Las primeras iteraciones de IGB se desarrollaron con fondos de los NIH otorgados a los científicos de la compañía Gregg Helt y Tom Gingeras. En 2004, Affymetrix lanzó IGB como software de código abierto, junto con Genoviz SDK, una biblioteca de gráficos para crear aplicaciones de navegador del genoma. La primera versión del código base se realizó como un archivo comprimido. Poco después, el código se importó a un nuevo repositorio en SourceForge. Desde entonces, todo el desarrollo se ha realizado en público bajo un modelo de código abierto. A principios de 2008, un grupo liderado por la ex empleada de Affymetrix Ann Loraine comenzó a desarrollar y mantener IGB, con el apoyo de fondos de la National Science Foundation y nuevos fondos para investigadores de UNC Charlotte. Desde entonces, Loraine, sus estudiantes y colaboradores han agregado muchas características y capacidades nuevas, en particular soporte para visualizar datos de secuenciación de alto rendimiento de Illumina y otras plataformas. En 2014, migraron el código fuente a un repositorio de git en Bitbucket .
Descripción
IGB está construido sobre Genoviz SDK, [2] una biblioteca de Java que implementa características clave de visualización como el zoom dinámico en tiempo real y el desplazamiento a través de un mapa genómico, una característica del navegador IGB que lo distingue de muchas herramientas similares. .
IGB también se distingue por la facilidad con la que los laboratorios individuales pueden configurar servidores de origen de datos para compartir datos, en particular, a través de servicios web de estilo REST ( Sistema de anotación distribuida ) y un enfoque simple basado en un sistema de archivos llamado QuickLoad.
Formatos admitidos
IGB lee datos en docenas de formatos, incluidos BAM, BED, Affymetrix CHP, FASTA , GFF , GTF , PSL, SGR y WIG. La lista más actualizada está disponible en BioViz Wiki.
IGB puede generar datos visualizados en docenas de formatos a través de la biblioteca FreeHEP . Estos incluyen EPS , PostScript , PDF , EMF , SVG , SWF , CGM , GIF , PNG y PPM .
Referencias
- ^ Nicol JW, Helt GA, Blanchard SG, Raja A, Loraine AE (octubre de 2009). "El navegador integrado del genoma: software gratuito para la distribución y exploración de conjuntos de datos a escala del genoma" . Bioinformática . 25 (20): 2730–1. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp472 . PMC 2759552 . PMID 19654113 .
- ^ Helt GA, Nicol JW, Erwin E y col. (25 de agosto de 2009). "Genoviz Software Development Kit: kit de herramientas Java para la construcción de aplicaciones de visualización genómica" . BMC Bioinformática . 10 : 266. doi : 10.1186 / 1471-2105-10-266 . PMC 2746221 . PMID 19706180 .
enlaces externos
- Genoviz SDK en Bitbucket
- Sitio de descarga del instalador de IGB