La fresadora de iones adelgaza las muestras hasta que son transparentes a los electrones al disparar iones (típicamente argón ) en la superficie desde un ángulo y pulverizar material desde la superficie. Al hacer que un electrón de muestra sea transparente, se puede obtener una imagen y caracterizarlo en un microscopio electrónico de transmisión (TEM). El fresado con haz de iones también se puede utilizar para el pulido de sección transversal antes del análisis SEM de materiales que son difíciles de preparar mediante pulido mecánico.