Ismail Khan fue Khan de Yarkand y Kashgar entre 1666 y 1669. Fue reemplazado por Ilbars Khan de 1669-1670. Su kanship fue restaurado entre 1670 y 1680.
Guerra con Dzungars
En 1680, Galdan Boshugtu Khan condujo 120.000 jinetes Dzungar a la cuenca del Tarim a través de Aksu y Turpan hacia Kashgar y Yarkand con la ayuda de Afaq Khoja de la Montaña Blanca Khoja sy sus seguidores. El ejército hizo un buen progreso en su avance. El hijo del gobernante Chagatai Ismail Khan, Babak Sultan, dirigió a sus tropas y ofreció una feroz resistencia solo para perecer en la batalla. Habiendo ocupado Kashgar, el ejército de Dzungar inmediatamente avanzó sobre Yarkand. El general Yiwazibo (Iwaz Beg), enviado para oponerse a su avance, fue asesinado, y los Dzungar ocuparon Yarkand y se llevaron a Ismail Khan y su familia como prisioneros a Ili . [1] [2]