Etiqueta isobárica para cuantificación relativa y absoluta
Etiquetas isobáricas para cuantificación relativa y absoluta ( iTRAQ ) es un método de etiquetado isobárico utilizado en proteómica cuantitativa mediante espectrometría de masas en tándem para determinar la cantidad de proteínas de diferentes fuentes en un único experimento. [1] [2] [3] Utiliza moléculas marcadas con isótopos estables que pueden unirse covalentemente al extremo N y las aminas de la cadena lateral de las proteínas.
El método ITRAQ se basa en el marcaje covalente de las aminas del extremo N y de la cadena lateral de péptidos de digestiones de proteínas con etiquetas de masa variable. Actualmente hay dos reactivos utilizados principalmente: 4-plex y 8-plex, que se pueden usar para marcar todos los péptidos de diferentes muestras/tratamientos. [ cita requerida ] Estas muestras luego se agrupan y generalmente se fraccionan mediante cromatografía líquida y se analizan mediante espectrometría de masas en tándem ( MS/MS). A continuación, se realiza una búsqueda en la base de datos utilizando la fragmentacióndatos para identificar los péptidos marcados y, por lo tanto, las proteínas correspondientes. La fragmentación de la etiqueta unida genera un ion informador de baja masa molecular que se puede utilizar para cuantificar relativamente los péptidos y las proteínas a partir de los cuales se originaron.
A nivel de péptido, las señales de los iones informadores de cada espectro MS/MS permiten calcular la abundancia relativa (proporción) de los péptidos identificados por este espectro. [ cita requerida ] La abundancia de los iones informadores puede consistir en más de una sola señal en los datos de MS/MS y las señales deben integrarse de alguna manera a partir del espectro del histograma.
A nivel de proteína, las proporciones combinadas de los péptidos de una proteína representan la cuantificación relativa de esa proteína.
Los espectros de MS/MS se pueden analizar utilizando un software que está disponible gratuitamente: i-Tracker [4] y jTraqX [5] [6]
