El conjunto de etiquetas de artículos de revistas ( JATS ) es un formato XML que se utiliza para describir la literatura científica publicada en línea. Es un estándar técnico desarrollado por la Organización Nacional de Estándares de Información (NISO) y aprobado por el Instituto Nacional Estadounidense de Estándares con el código Z39.96-2012 .
Estado | Publicado |
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Publicado por primera vez | 31 de marzo de 2003 |
Ultima versión | NISO JATS 1.2 8 de febrero de 2019 |
Organización | |
Autores | |
Estándares básicos | XML |
Estándares relacionados |
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Dominio | |
Abreviatura | JATS |
Sitio web | jats |
El proyecto NISO fue una continuación del trabajo realizado por NLM / NCBI , y popularizado por PubMed Central de NLM como un estándar de facto para el archivo e intercambio de revistas científicas de acceso abierto y su contenido con XML .
Con la estandarización NISO, la iniciativa NLM ha ganado un alcance más amplio, y varios otros repositorios, como SciELO y Redalyc , adoptaron el formato XML para artículos científicos .
El JATS proporciona un conjunto de elementos y atributos XML para describir el contenido textual y gráfico de los artículos de revistas, así como algunos materiales que no son artículos, como cartas, editoriales y reseñas de libros y productos. [1] JATS permite descripciones del contenido completo del artículo o solo de los metadatos del encabezado del artículo; y permite otros tipos de contenido, incluidos artículos de investigación y no relacionados con la investigación, cartas, editoriales y reseñas de libros y productos.
Historia
Desde su introducción, la suite DTD de intercambio y archivo NLM de NCBI se ha convertido en el estándar de facto para el marcado de artículos de revistas en publicaciones académicas . [2] Con la introducción de NISO JATS, se ha elevado a un verdadero estándar . [3] Incluso sin intercambio de datos públicos, las ventajas de la adopción de NISO JATS permiten a los editores agilizar los flujos de trabajo de producción y optimizar la interoperabilidad del sistema. [4] [5]
Cronología
- NLM JATS
- NLM JATS, versión 1
- NLM JATS, versión 2
- 30 de diciembre de 2004Lanzamiento de la actualización principal de la versión 2.0. Está diseñado para admitir las mejores prácticas de personalización. : [6]
- 14 de noviembre de 2005Actualización de la versión 2.1 publicada con la adición de la DTD de creación de artículos . : [6] [7]
- 8 de junio de 2006Lanzamiento de la actualización de la versión 2.2. : [6]
- 28 de marzo de 2007Lanzamiento de la actualización de la versión 2.3. : [6]
- NLM JATS, versión 3
- JATS NISO
- NISO JATS, versión 1.0
- 30 de marzo de 2011Lanzamiento del primer borrador, NISO Z39.96.201x versión 0.4; período de comentarios de seis meses. - 30 de septiembre de 2011 : [8]
- 15 de julio de 2012NISO JATS, v1.0 recibió la aprobación de NISO. : [9]
- 9 de agosto de, 2012NISO JATS, v1.0 recibió la aprobación ANSI. : [9]
- 22 de agosto de 2012ANSI / NISO Z39.96-2012, JATS: Journal Article Tag Suite (versión 1.0) publicado. Es compatible con la retrocompatibilidad total con NLM JATS v3.0. : [6] [9]
- NISO JATS, versión 1.1
- 9 de diciembre de 2013Lanzamiento del primer borrador, NISO JATS, v1.1d1. : [10]
- 29 de diciembre de 2014Lanzamiento del segundo borrador, NISO JATS, v1.1d2. : [11]
- 14 de abril de 2015Lanzamiento del tercer borrador, NISO JATS, v1.1d. : [12]
- 22 de octubre de 2015NISO JATS, v1.1 recibió la aprobación de NISO. [13] :
- 19 de noviembre de 2015NISO JATS, v1.1 recibió la aprobación ANSI [13] :
- 6 de enero de 2016ANSI / NISO Z39.96-2015, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.1 publicada. [13] :
- NISO JATS, versión 1.2
- 20 de julio de 2017Lanzamiento del primer borrador, NISO JATS, v1.2d1. [14] :
- 23 de mayo de 2018Lanzamiento del primer borrador, NISO JATS, v1.2d2. [15] :
- 8 de febrero de 2019ANSI / NISO Z39.96-2019, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.2 publicada. [dieciséis] :
Alcance técnico
Por diseño, este es un modelo para artículos de revistas, como el artículo de investigación típico que se encuentra en una revista STM , y no un modelo para revistas completas. [17]
Conjuntos de etiquetas
Hay tres conjuntos de etiquetas:
- Archivo e intercambio de revistas ( verde )
- "El más permisivo de los conjuntos de etiquetas", [18] destinado principalmente a la captura y archivo de datos de revistas existentes.
- Publicación de revistas ( azul )
- "Un conjunto de etiquetas moderadamente prescriptivo", [18] destinado a uso general en la producción y publicación de revistas.
- Formalmente, este modelo es un subconjunto del modelo de archivo . Esta es la variante JATS más utilizada.
- Creación de artículos ( naranja )
- "El más prescriptivo [más ajustado y más pequeño] de los conjuntos de etiquetas", [18] destinado a la creación relativamente ligera de artículos de revistas válidos para JATS.
- Formalmente, este modelo es un subconjunto del modelo de publicación .
Las definiciones de tipo de documento (también publicadas en forma de esquema RELAX NG y XML ) definen cada conjunto e incorporan otros estándares como MathML y XHTML Tables (aunque no en el espacio de nombres XHTML ).
Estructura del documento
El conjunto de publicaciones de JATS define un documento que es un componente de nivel superior de una revista, como un artículo, un libro o una reseña de un producto, o una carta al editor. Cada uno de estos documentos se compone de material preliminar (obligatorio) y hasta tres partes opcionales. [17] Deben aparecer en el siguiente orden:
- Materia delantera
- La portada del artículo contiene los metadatos del artículo (también denominada información del encabezado del artículo), por ejemplo, el título del artículo, la revista en la que aparece, la fecha y el número de publicación de ese número de esa revista, una declaración de derechos de autor, etc. Se pueden capturar metadatos tanto a nivel de artículo como a nivel de publicación (en el elemento
) y a nivel de revista (en el elemento
). - Cuerpo (del artículo)
- El cuerpo del artículo es el contenido textual y gráfico principal del artículo. Por lo general, consta de párrafos y secciones, que pueden contener figuras, tablas, barras laterales (texto en recuadro), etc. El cuerpo del artículo es opcional para acomodar aquellos repositorios que solo guardan la información del encabezado del artículo y no etiquetan el contenido textual.
- Materia de fondo
- Si está presente, el material posterior del artículo contiene información complementaria al texto principal, como un glosario, un apéndice o una lista de referencias citadas.
- Material flotante
- Un editor puede optar por colocar todos los objetos flotantes en un artículo y su material posterior (como tablas, figuras, barras laterales de texto en recuadros, etc.) en un elemento contenedor separado fuera del flujo narrativo para facilitar el procesamiento. [17]
Después del anverso, el cuerpo, el dorso y el material flotante, puede haber una o más respuestas al artículo o uno o más artículos subordinados. [17]
Ejemplo
Esta es la estructura del artículo mínimo,
xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> PUBLIC "- // NLM // DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330 // ES" "JATS- journalpublishing1.dtd " > ículo> dtd-version = " 1.0 " article-type = " article " specific-use = " migrado " xmlns: mml = " http://www.w3.org/1998/Math/MathML " xmlns : xlink = "http://www.w3.org/1999/xlink" > ... ... ... < / artículo>
El DOCTYPE
encabezado es opcional, un legado de validadores orientados a SGML y DTD . El atributo se puede utilizar incluso sin un encabezado DTD.dtd-version
El elemento raíz article
es común para cualquier versión de JATS o "familia JATS", como DTD NLM. Las reglas para front
, body
y back
las etiquetas de validación, depende de la versión JATS, pero todas las versiones tienen una estructura similar, con buena compatibilidad en un rango de años. La evolución del esquema conserva una estabilidad general.
Las variaciones menos comunes, "solo front
", "solo front
y back
" también se utilizan para otras finalidades distintas de la representación de contenido completo. La composición general del artículo (como expresión de contenido DTD ) es
(frente, cuerpo ?, espalda ?, grupo de flotadores ?, (sub-artículo * | respuesta *))
Herramientas
Hay una variedad de herramientas para crear, editar, convertir y transformar JATS. Van desde formularios simples [19] hasta la automatización completa de la conversión:
Conversión a JATS
Tome como entrada un documento científico y, con algún apoyo humano, produzca una salida JATS.
- Documentos de OpenOffice ( LibreOffice ) y MS Word a JATS:
- Tipografía: proporciona un conjunto automatizado de convertidores de MS-Word a JATS XML .
- OxGarage : [20] puede convertir documentos de varios formatos en "Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) DTD 3.0".
- meTypeset : meTypeset [21] "es una bifurcación de la pila OxGarage" "para convertir del formato .docx de Microsoft Word a NLM / JATS-XML".
- eXtyles : [22] automatiza aspectos de la edición de documentos que requieren mucho tiempo en Microsoft Word y exporta a JATS XML (así como a muchas otras DTD).
- Rebaja a JATS: Pandoc 2.0 puede convertir varios formatos de entrada a JATS. [23]
- PDF a JATS: este es un problema muy difícil de resolver. El éxito depende de qué tan bien estructurados estén sus PDF y, para la conversión por lotes, qué tan consistentemente estructurados estén sus PDF.
- Shabash Merops [24]
- Convertidor de PDF a JATS XML de Typeset
- El Public Knowledge Project [25] está desarrollando un proceso para convertir PDF a JATS. Incluirá el uso de pdfx . [26]
- ExtRactor de contenido de CERMINE y MINEr [27]
Conversión de JATS
Tome JATS como entrada, produzca otro tipo de documento como salida.
- de JATS a HTML
- Vista previa de hojas de estilo de JATS ( conversión canónica XSLT ), consulte conversor clásico (2013). [28]
- eLife Lens [29] convierte NLM XML a JSON para mostrar usando HTML y Javascript.
- de JATS a PDF: algunas hojas de estilo de vista previa de JATS, conversión XSLT + XSL-FO.
- de JATS a EPUB. [30]
- Genérico (de JATS DTD): DtdAnalyzer [31] : compara JATS con otras DTD y ayuda a crear una representación XML, generación de XSLT y Schematron y otras herramientas.
Editores
- Typeset proporciona un editor WYSIWYM para artículos académicos. Admite exportaciones XML en estándares NISO JATS y NLM JATS. Es utilizado principalmente por revistas y editores que buscan convertir archivos de MS-Word enviados por el autor a XML, PDF, HTML y ePuB. [32]
- JATS Framework para oXygen XML Editor: los usuarios de oXygen XML Editor y oXygen XML Author ahora pueden instalar soporte para las versiones actuales de NISO JATS (y como beneficio adicional, NLM BITS). Según un identificador proporcionado en una declaración DOCTYPE, oXygen detectará que está editando un documento JATS y proporcionará hojas de estilo y utilidades. [33]
- FontoXML para JATS: editor WYSIWYS para editar y revisar el contenido de JATS: [34]
- PubRef "Pipeline": editor JATS de vista previa en tiempo real basado en navegador: [35]
- Annotum : [36] un tema de WordPress que contiene autoría WYSIWYG en JATS (subconjunto de Kipling), revisión por pares, gestión editorial y publicación. [37]
- Edición JATS para el editor XML basado en web Xeditor .
- Editor de texturas [38] del Substance Consortium. [39] El primer editor en línea "nacido en JATS". [40]
- Libero Editor , desarrollado por eLife se describe a sí mismo como "Una interfaz de edición fácil de usar diseñada para el personal de publicación y los autores para la producción de XML JATS de alta calidad".
Avance
Herramientas que renderizan JATS como HTML, normalmente sobre la marcha.
- Hojas de estilo de vista previa de JATS: [41] las hojas de estilo de vista previa de JATS son una serie de archivos .xsl, .xpl, .css y .sch que crearán versiones .html o .pdf de archivos NISO Z39.96-2012 JATS 1.0 válidos. Está destinado principalmente para uso interno por parte de los editores y es una base para la personalización. [42]
- Tipografía: permite generar HTML a partir de JATS XML con un clic. Además, ofrece capacidad para generar HTML personalizado según los requisitos de la revista. [43]
- PubReader : "La vista PubReader es una presentación web alternativa ... Diseñado especialmente para mejorar la legibilidad en tabletas y otros dispositivos de pantalla pequeña, PubReader también se puede usar en computadoras de escritorio y portátiles y desde múltiples navegadores web". [44]
Personalización
- Jatsdoc: produce documentación para cualquier personalización de JATS en particular. Jatsdoc está integrado con DtdAnalyzer de NCBI . [45] [46]
Repositorios centrales de JATS
Cuando NISO JATS inició el estándar de facto y de jure para las revistas de acceso abierto , la comunidad científica adoptó los repositorios JATS como una especie de depósito legal , que a veces se considera más valioso que las bibliotecas digitales tradicionales donde solo se almacena una versión PDF. El conocimiento abierto necesita formatos más ricos y estructurados como JATS: PDF y JATS deben estar certificados como "mismo contenido", y el conjunto "PDF + JATS" debe formar la unidad de depósito legal. Lista de repositorios de JATS y su contenido:
- PubMed Central : (marque estos números)
- PubMed Central de EE. UU .: en 2016 ~ 3,8 millones de artículos [47]
- Europa PubMed Central : en 2016 ~ 3,7 millones de artículos [48]
- SciELO : en 2016 ~ 0,6 millones de artículos [49]
Estos repositorios se superponen y el mismo artículo puede estar en más de un repositorio.
Alternativas y semántica
Hay algunos esfuerzos y experimentos que utilizan la conversión RDF en el 2012, [50] sin impacto en la comunidad JATS.
Posteriormente, en ~ 2016, para el contexto de la Web Semántica , con la iniciativa SchemaOrg , se definió la clase ScholarlyArticle , obteniendo mejor acogida. Es una "estandarización similar a JATS" inicial para contextos de uso de RDF.
Ver también
Relacionado con
- IMRAD (Introducción, métodos, resultados y discusión)
- NISO
- Datos científicos abiertos
- Literatura cientifica
- Publicación semántica
- Separación de presentación y contenido
- XML
Utilizado por (preservación digital)
- PubMed Central
- SciELO
Usado por (publicación)
- Elsevier
- NPG
- Sistemas de revistas abiertos
- PLOS
Similar a
- DocBook
- Iniciativa de codificación de texto
- SchemaOrg (artículo académico )
- XHTML
Referencias
- ^ ANSI / NISO Z39.96-2012 ISSN 1041-5653 . Consulte z39.96-2012.pdf en www.niso.org/standards/z39-96-2012
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- ^ "JATS v1.1d2 (BORRADOR)" . Conjunto de etiquetas de artículos de revista . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 14 de abril de 2015.
- ^ "JATS v1.1d3 (BORRADOR)" . Conjunto de etiquetas de artículos de revista . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 14 de abril de 2015.
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Otras lecturas
- Packer, Abel L .; Salgado, Eliana; Araujo, Javani; Aquino, Letícia; Almeida, Renata; Santos, Jesner; Lucena, Suely; Soares, Caroline M. (4 de abril de 2014). "¿Por qué XML?" . SciELO en perspectiva .
- Sharp, Molly (4 de junio de 2013). "Documentos estructurados para la ciencia: JATS XML como formato de contenido canónico" . PLOS Tech .
enlaces externos
- Conjunto de etiquetas de artículos de revistas de NLM: sitio de información y documentación de NCBI.
- NISO JATS Versión 1.1 (estándar actual):
- Biblioteca de etiquetas de intercambio y archivo
- Biblioteca de etiquetas de publicación
- Biblioteca de etiquetas de creación de artículos
- Estilos y personalización:
- SciELO Publishing Schema (SPS): personalización de SciELO.
- Pautas de etiquetado del estilo de etiquetado XML preferido de PubMed Central
- Conjunto de etiquetas de normas ISO (ISOSTS) como personalización de NISO JATS
- NISO Book Interchange Tag Suite (BITS) , basado en JATS.
- TextureJATS , un subconjunto coherente mínimo de JATS.
- Comunidad abierta de JATS:
- Validador de la comunidad "JATS for Reuse" (JATS4R)
- Comunidad SchemaOrg, ScholarlyArticle
- XML-JATS de PeerJ a HTML5-ScholarlyArticle