Nació en Obertheres , Unterfranken , Baviera , Alemania y fue entrenado inicialmente por su padre, Johann Thomas Wagner . Se mudó a Viena en 1747 y trabajó con varios comisionados, entre ellos otro Johann Wagner y Balthasar Ferdinand Moll ; después de lo cual se mudó a Mannheim y trabajó con Paul Egell o Augustin Egell . Entró bajo el escultor de la corte Johann Wolfgang von der Auwera al Príncipe-Obispo de Würzburg alrededor de 1756 que murió ese año; Wagner luego tomó a la viuda de su maestro como su esposa, fue nombradaMaria Cordula Curé (hija de Claude Curé ). También asumió el taller de su maestro junto con un cuñado , Lukas von der Auwera .
Creó varios elementos útiles durante los siguientes años, incluida una mesa de consola (1759), el altar de la Augustinerkirche, Würzburg (1760), el altar y la pila bautismal de la Stadtpfarrkirche de St Maria y St Regiswindis , Gerolzhofen , Schweinfurt . Colaboró con Lukas von der Auwera entre 1763 y 1766 en la Fuente Vierröhren , Würzburg tallando las figuras. En 1766 pasó a una obra puramente estética que representaba la Crucifixión para una iglesia en Kürnach.. Continuó la tendencia componiendo 14 grupos de figuras para la Wallfahrtskirche Mariae Heimsuchung entre 1767 y 1775 que eran las Estaciones de la Cruz .
En diciembre de 1771 se convirtió en el escultor de la corte de Adam Friedrich von Seinsheim, príncipe-obispo de Würzburg para quien creó varias obras durante la siguiente década. Estas obras incluyen tallas decorativas para el edificio (principalmente escaleras) de la Residencia de Würzburg y estatuas exteriores de Plutón y Proserpina para el parque de ese palacio. También creó estatuas del Rapto de Europa para un parque en Schloss Veitshöchheim . Se hizo particularmente popular durante este tiempo y tenía una demanda constante de trabajo eclesiástico. Su trabajo en la Klosterkirche of Ebrach Abbey , Oberfranken fue emulado por quienes trabajaban bajo su mando para un monasterio agustino.
Su estilo cambió durante su carrera de rococó a clásico cuando asumió el cargo de escultor de la corte y finalmente volvió al rococó. 1790 lo vio en su forma más clásica en una estatua de tamaño natural de la Virgen . Trabajó primero haciendo un boceto, un dibujo detallado y bozzetti de arcilla conceptual . Trabajó principalmente en arcilla , madera y mármol . Su trabajo se puede ver en varios museos de Würzburg, en particular en el Mainfränkisches Museum . Fue el padre de Johann Martin von Wagner (nacido el 24 de junio de 1777), quien se formó como escultor con él. Johann Peter Alexander Wagner murió en Würzburg el 7 de enero de 1809.