Nació en Obertheres , Unterfranken , Baviera , Alemania y fue entrenado inicialmente por su padre, Johann Thomas Wagner . Se mudó a Viena en 1747 y trabajó bajo varios comisionados, incluido otro Johann Wagner y Balthasar Ferdinand Moll ; después de lo cual se mudó a Mannheim y trabajó con Paul Egell o Augustin Egell . Entró bajo el escultor de la corte Johann Wolfgang von der Auwera al Príncipe-Obispo de Würzburg alrededor de 1756, quien murió ese año; Wagner luego tomó a la viuda de su amo como su esposa, ella fue nombradaMaría Cordula Curé (hija de Claude Curé ). También asumió el taller de su maestro junto con un cuñado , Lukas von der Auwera .
Creó varios elementos útiles durante los años siguientes, incluida una mesa de consola (1759), el altar de la Augustinerkirche, Würzburg (1760), el altar y la pila bautismal de la Stadtpfarrkirche de St Maria y St Regiswindis , Gerolzhofen , Schweinfurt . Colaboró con Lukas von der Auwera entre 1763 y 1766 en la Fuente de Vierröhren , Würzburg esculpiendo las figuras. En 1766 pasó a una obra puramente estética que representa la Crucifixión para una iglesia en Kürnach.. Continuó la tendencia componiendo 14 grupos de figuras para la Wallfahrtskirche Mariae Heimsuchung entre 1767 y 1775 que fueron las Estaciones de la Cruz .
En diciembre de 1771 se convirtió en el escultor de la corte de Adam Friedrich von Seinsheim, príncipe-obispo de Würzburg , para quien creó varias obras durante la década siguiente. Estos trabajos incluyen tallas decorativas para el edificio (principalmente escaleras) de la Residencia de Würzburg y estatuas exteriores de Plutón y Proserpina para el parque de ese palacio. También creó estatuas de la Violación de Europa para un parque en Schloss Veitshöchheim . Se hizo particularmente popular durante este tiempo y tuvo mucha demanda continua para el trabajo eclesiástico. Su trabajo en la Klosterkirche de Ebrach Abbey , Oberfranken fue emulado por aquellos que trabajaron bajo su mando en un monasterio agustino.
Su estilo cambió durante su carrera del rococó al clásico cuando asumió el cargo de escultor de la corte y finalmente volvió al rococó. 1790 lo vio en su forma más clásica en una estatua de tamaño natural de la Virgen . Trabajó primero haciendo un boceto, un dibujo detallado y un bozzetti de arcilla conceptual . Trabajó principalmente en arcilla , madera y mármol . Su obra se puede ver en varios museos de Würzburg, particularmente en el Mainfränkisches Museum . Fue el padre de Johann Martin von Wagner (nacido el 24 de junio de 1777), quien se formó como escultor con él. Johann Peter Alexander Wagner murió en Würzburg el 7 de enero de 1809.