El poder judicial de El Salvador comprende varios tribunales en una jerarquía. El tribunal más alto es la Corte Suprema de El Salvador , que consta de 4 salas diferentes, 3 tribunales de apelación y un tribunal constitucional. Debajo de la Corte Suprema hay tribunales de apelación intermedios, cuyos casos son examinados por paneles de tres jueces. Debajo de ellos se encuentran los tribunales de primera instancia civil y penal, cuyos casos son atendidos por un juez, pero la sentencia la llevan a cabo tres jueces. En el nivel más bajo están los jueces de paz, que se ocupan de casos que involucran cantidades menores de dinero o disputas personales. También hay un Tribunal Supremo para las elecciones.
Tras el final de la Guerra Civil salvadoreña , la Comisión de la Verdad para El Salvador y la Comisión Ad Hoc identificaron debilidades en el poder judicial y recomendaron soluciones, siendo la más dramática la sustitución de todos los magistrados de la Corte Suprema . Esta recomendación se cumplió en 1994 cuando se eligió un tribunal completamente nuevo, pero persisten las debilidades.
El proceso de sustitución de jueces incompetentes en los tribunales inferiores y de fortalecimiento de las fiscalías y defensorías públicas ha avanzado más lentamente. El gobierno continúa trabajando en todas estas áreas con la ayuda de donantes internacionales, incluido Estados Unidos. La adopción de medidas sobre reformas constitucionales impulsadas por acuerdos de paz destinadas a mejorar la administración de justicia se completó en gran medida en 1996 con la aprobación legislativa de varias enmiendas y la revisión del Código de Procedimiento Penal con un amplio consenso político.