Los identificadores de ciencias de la vida [1] [2] son una forma de nombrar y localizar piezas de información en la web. Esencialmente, un LSID es un identificador único para algunos datos, y el protocolo LSID especifica una forma estándar de ubicar los datos (así como una forma estándar de describir esos datos). Se parecen un poco a los DOI que utilizan muchos editores.
Un LSID se representa como un nombre de recurso uniforme (URN) con el siguiente formato:
- urn: lsid :
: : [: ]
El LSID: espacio de nombres, sin embargo, no se ha registrado en el Internet Assigned Numbers Authority (IANA), y por lo que estos no son estrictamente URN o URI. [3]
Los LSID se pueden resolver en URL, por ejemplo, http://zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:pub:CDC8D258-8F57-41DC-B560-247E17D3DC8C
Controversia sobre el uso de LSID
Ha habido mucho interés en los LSID tanto en las comunidades de bioinformática como de biodiversidad , y estas últimas continúan utilizándolos como una forma de identificar especies en catálogos globales. [4] Sin embargo, más recientemente, a medida que ha aumentado la comprensión de cómo los URI de HTTP pueden realizar una tarea de nomenclatura similar, [5] [6] se ha criticado el uso de LSID como identificadores [7] por violar las buenas prácticas de reutilización de la arquitectura web. esquemas URI existentes. [8] No obstante, la separación explícita de datos de metadatos; especificación de un método para descubrir múltiples ubicaciones para la recuperación de datos; y la capacidad de descubrir múltiples fuentes independientes de metadatos para cualquier cosa identificada fueron partes cruciales del LSID y su especificación de resolución que no han sido imitadas con éxito por un enfoque de solo HTTP.
La World Wide Web proporciona un marco de comunicación distribuido globalmente que es esencial para casi toda la colaboración científica, incluida la bioinformática. Sin embargo, se pensó que existían varios límites e insuficiencias, uno de los cuales era la incapacidad de identificar mediante programación objetos con nombres locales que pueden estar ampliamente distribuidos en la red. Esta deficiencia percibida habría limitado nuestra capacidad para integrar múltiples bases de conocimiento, cada una de las cuales brinda información parcial de un dominio compartido, como se ve comúnmente en bioinformática. La Ciencia Identificador de Vida (LSID) y el Sistema de Resolución LSID (LGAM) fueron diseñados para proporcionar soluciones simples y elegantes a este problema, en consonancia con la próxima generación de la Web Semántica y la grid semántica , basada en la extensión de las tecnologías de Internet existentes. Sin embargo, se ha señalado más recientemente que algunas de estas deficiencias percibidas no son intrínsecas a los URI HTTP, y gran parte (aunque no toda) de la funcionalidad que proporcionan los LSID se puede obtener utilizando URI HTTP correctamente diseñados. [5]
Identificadores alternativos para organismos
Se han propuesto identificadores alternativos para organismos, por ejemplo, el sistema DOI . NamesforLife (N4L), una empresa privada, estableció un sistema para aplicar DOI a los organismos. Por ejemplo, doi: 10.1601 / nm.3093 es el DOI de Escherichia coli y doi: 10.1601 / tx.3093 es el taxón correspondiente. [9]
Ver también
Notas
- ^ Clark T., Martin S., Liefeld T. Briefings in Bioinformatics 5.1: 59-70, 1 de marzo de 2004.
- ^ Informe tecnológico sobre la especificación de identificadores de ciencias biológicas OMG (LSID)
- ^ "GitHub - tdwg / wiki-archive: Archivo de la wiki de TDWG" . 2018-11-15.
- ^ Andrew C Jones, Richard J White y Ewen R Orme, Identificación y relación de conceptos biológicos en el catálogo de la vida. Revista de semántica biomédica 2011, 2: 7
- ^ a b Booth, David: "Conversión de nuevos esquemas URI o subesquemas URN a HTTP"
- ^ Thompson, Henry S .: "Un precedente que sugiere un compromiso para las mejores prácticas de SWHCLS IG", mensaje de correo electrónico archivado públicamente
- ^ Mendelsohn, Noah: "Mi conversación con Sean Martin sobre LSID", correo electrónico público a la lista de distribución de W3C TAG 25-Jul-2006
- ^ Arquitectura W3C de la World Wide Web
- ^ Garrity, George M .; Lyons, Catherine (1 de enero de 2003). "Nomenclatura biológica a prueba de futuro" . OMICS: una revista de biología integrativa . 7 (1): 31–33. doi : 10.1089 / 153623103322006562 .
enlaces externos
- Proyecto de resolución de LSID
- Autoridad de resolución y asignación de LSID de la Universidad de Texas en Austin
- Una posición sobre los LSID : reflexiones de alguien involucrado en la implementación y despliegue de los LSID