MIRIAM (Información mínima requerida en la anotación de modelos [1] ) es un esfuerzo a nivel comunitario para estandarizar los procesos de anotación y curación de modelos cuantitativos de sistemas biológicos. [2] Consiste en un conjunto de pautas adecuadas para su uso con cualquier formato estructurado, permitiendo que diferentes grupos colaboren y compartan modelos resultantes. El cumplimiento de estas pautas también facilita el intercambio de software e infraestructuras de servicios construidas sobre actividades de modelado.
La idea de "un conjunto de buenas prácticas" que incluye "algunos metadatos obligatorios" fue propuesta por primera vez por Nicolas Le Novère en octubre de 2004 como parte de un debate para desarrollar una base de datos común de modelos en biología de sistemas (que condujo a la creación de BioModels Database ). Estas ideas iniciales se refinaron aún más en una reunión en Heidelberg, durante el ICSB 2004, con representantes de muchos otros grupos interesados.
MIRIAM es un proyecto registrado del MIBBI (información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas). [3]
Directrices MIRIAM
Las Directrices MIRIAM se componen de tres partes, correspondencia de referencia , anotación de atribución y anotación de recursos externos , cada una de las cuales trata con un aspecto diferente de la información que debe incluirse dentro de un modelo.
Correspondencia de referencia
La 'correspondencia de referencia' se ocupa de la información de referencia básica necesaria para hacer uso del modelo, detallando a nivel general el formato del archivo del modelo y su capacidad de instanciación para fines de simulación.
- El archivo del modelo debe estar codificado en un formato público, estandarizado y legible por máquina ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
- El archivo de modelo debe ser válido con respecto a su esquema de codificación.
- El modelo debe estar asociado a una descripción de referencia o publicación que detalle su origen, incluso si es un compuesto.
- La estructura del modelo codificado debe reflejar los procesos (biológicos) detallados en la descripción de referencia.
- El modelo debe ser instanciable; Se deben proporcionar los parámetros cuantitativos necesarios, como las condiciones iniciales, si son necesarios para una simulación.
- Cuando se crea una instancia, el modelo debe ser capaz de reproducir resultados representativos como se indica en la descripción de referencia, dentro de un épsilon (algoritmos, errores de redondeo).
Anotación de atribución
La 'anotación de atribución' se ocupa de la información de atribución que debe estar incrustada en el archivo del modelo.
- El modelo debe tener un nombre.
- El modelo debe incluir una cita de la descripción de referencia que identifique a los autores del modelo.
- El modelo debe incluir el nombre y los datos de contacto de los creadores del modelo.
- Se debe especificar la fecha y hora de creación del modelo y la última modificación. Un historial del modelo es útil pero no obligatorio.
- El modelo debe estar vinculado a una declaración precisa sobre sus términos de uso y distribución, independientemente de si es de "uso gratuito" o no.
Anotación de recursos externos
La 'anotación de recursos externos' define la forma en que deben construirse las anotaciones. Esas anotaciones contienen referencias a entidades en bases de datos, clasificaciones, ontologías, etc. Uno de los propósitos de la anotación es permitir la identificación inequívoca de los diversos componentes del modelo.
- La anotación debe relacionar de manera inequívoca un conocimiento con un componente del modelo.
- La información referenciada debe describirse mediante un triplete
{data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}
:- La anotación debe expresarse como un Identificador uniforme de recursos (URI).
- El identificador específico de la recopilación debe analizarse en el marco de la recopilación de datos.
- Los calificadores (opcionales) deben usarse para refinar el vínculo entre los componentes del modelo y la información referenciada, por ejemplo, "has_a", "is_version_of" e "is_homolog_to".
Más información sobre los calificadores existentes está disponible en BioModels.net. [4]
Hasta ahora, la anotación es principalmente un trabajo manual, por lo que para garantizar su longevidad es necesario el uso de URI perennes. Se reconoció que la generación de URI válidos y únicos para la anotación requería la creación de un catálogo de espacios de nombres compartidos para uso de la comunidad. Esta función es proporcionada por el Registro MIRIAM . El Registro también proporciona una variedad de funciones auxiliares de soporte para permitir procedimientos automatizados basados en estos URI. La capacidad de generar identificadores que se pueden resolver se proporciona mediante el uso de la capa de resolución, Identifiers.org .
Ver también
Referencias
- ^ El artículo original usó el verbo "solicitado", pero este ha evolucionado a través del uso de la comunidad a "requerido", y está en línea con otros estándares de información mínima (MI) disponibles a través del portal MIBBI.
- ↑ Novère, Nicolas Le; Finney, Andrew; Hucka, Michael; Bhalla, Upinder S; Campagne, Fabien; Collado-Vides, Julio; Crampin, Edmund J; Halstead, Matt; et al. (2005). "Información mínima solicitada en la anotación de modelos bioquímicos (MIRIAM)" . Biotecnología de la naturaleza . 23 (12): 1509-15. doi : 10.1038 / nbt1156 . PMID 16333295 .
- ^ http://www.mibbi.org/ Información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas [se necesita fuente no primaria ]
- ^ "sitio web" . Biomodels.net. 1999-02-22 . Consultado el 9 de octubre de 2012 .