Esta lista de software de visualización de árboles filogenéticos es una compilación de herramientas de software y portales web que se utilizan para visualizar árboles filogenéticos .
Software en línea
Nombre | Descripción | Citación |
---|---|---|
Aquapony | Visor de árbol Javascript para Beast | [1] |
Visor de árbol del kit de herramientas de ETE | una herramienta en línea para la vista de árbol filogenético (formato newick) que permite mostrar múltiples alineaciones de secuencia junto con los árboles (formato fasta) | [2] |
EvolView | una herramienta en línea para visualizar, anotar y administrar árboles filogenéticos | [3] |
IcyTree | Visor SVG de Javascript del lado del cliente para árboles enraizados anotados. También es compatible con redes filogenéticas. | [4] |
Iroki | Personalización y visualización automática de árboles filogenéticos | [5] |
iTOL - Árbol de la vida interactivo | anotar árboles con varios tipos de datos y exportarlos a varios formatos gráficos; programable a través de una interfaz por lotes | [6] |
Microreact | Vincular, visualizar y explorar secuencias y metadatos utilizando árboles filogenéticos, mapas y líneas de tiempo | [7] |
OneZoom | utiliza IFIG (Gráficos inspirados en fractales interactivos) para mostrar árboles filogenéticos que se pueden ampliar para aumentar los detalles | [8] |
pangolín | Asignar una secuencia genómica de muestra dada de SARS-CoV-2 a su linaje | [9] |
Phylo.io | Vea y compare hasta 2 árboles uno al lado del otro con visualizaciones HTML5 interactivas | [10] |
PhyloExplorer | una herramienta para facilitar la evaluación y gestión de colecciones de árboles filogenéticos. Dada una colección de entrada de árboles enraizados, PhyloExplorer proporciona facilidades para obtener estadísticas que describen la colección, corregir nombres de taxón no válidos, extraer partes taxonómicamente relevantes de la colección utilizando un lenguaje de consulta dedicado e identificar árboles relacionados en la base de datos TreeBASE . | [11] |
PHYLOViZ en línea | Herramienta basada en web para visualización, inferencia filogenética, análisis e intercambio de árboles de expansión mínimos | [12] |
PhyloWidget | ver, editar y publicar árboles filogenéticos en línea; interfaces con bases de datos | [13] |
T-REX (servidor web) | Inferencia y visualización de árboles (vistas de árbol jerárquicas, radiales y axiales), detección de transferencia de genes horizontal y visualización de red HGT | [14] |
TidyTree | Un renderizador de árbol filogenético HTML5 / SVG del lado del cliente, basado en D3.js | [15] |
Árbol, vector | árboles filogenéticos escalables e interactivos para la web, produce salida dinámica SVG o PNG, implementado en Java | [dieciséis] |
Software de escritorio
Nombre | Descripción | SO 1 | Citación |
---|---|---|---|
ARB | Un entorno de software integrado para la visualización y anotación de árboles | LM | [17] |
Arqueoptérix | Visor y editor de árboles Java (solía ser ATV) | [18] | |
BioNumérica | Plataforma universal para la gestión, almacenamiento y análisis de todo tipo de datos biológicos, incluida la inferencia de árbol y red de datos de secuencia. | W | [19] |
Bio :: Phylo | Una colección de módulos Perl para manipular y visualizar datos filogenéticos. Bio :: Philo es parte de un conjunto completo de herramientas de biología de Perl | Todas | [20] |
Dendroscopio | Un visor interactivo para redes y árboles filogenéticos grandes | Todas | [21] |
DensiTree | Un visor capaz de ver varios árboles superpuestos. | Todas | [22] |
Árbol de higo | Visor de árbol Java simple capaz de leer archivos de árbol newick y nexus. Puede usarse para colorear ramas y producir ilustraciones vectoriales. | Todas | [23] |
JEvTrace | Un navegador multivalente para alineación, filogenia y estructura de secuencias. Realiza un seguimiento evolutivo interactivo [24] y otros análisis inspirados en la filogenia. | Todas | [25] |
MEGA | Software para análisis estadístico de la evolución molecular. Incluye diferentes funciones de visualización de árboles. | Todas | [26] |
Multidendrogramas | Aplicación interactiva de código abierto para calcular y trazar árboles filogenéticos | Todas | [27] |
PHYLOViZ | Inferencia filogenética y visualización de datos para perfiles de secuencias alélicas / SNP utilizando árboles de expansión mínimos | Todas | [28] |
TreeDyn | Software de código abierto para la manipulación y anotación de árboles que permite la incorporación de metainformación | Todas | [29] |
Treevolution | Herramienta de código abierto para visualización circular con sección y distorsión de anillo y varias otras características como agrupación de ramas y poda | Todas | [30] |
TreeGraph 2 | Editor de árbol de código abierto con numerosas operaciones de edición y formato, incluida la combinación de diferentes análisis filogenéticos | Todas | [31] |
Vista de árbol | Software de visualización de árboles | Todas | [32] [33] |
UGENE | Una interfaz visual de código abierto para el paquete Phylip 3.6 | Todas | [34] |
1 "Todos" se refiere a Microsoft Windows, Apple OSX y Linux; L = Linux, M = Apple Mac, W = Microsoft Windows
Bibliotecas
Nombre | Idioma | Descripción | Citación |
---|---|---|---|
ggtree | R | Un paquete R para visualización y anotación de árboles con gramática de gráficos compatible | [35] |
jsPhyloSVG | Javascript | biblioteca javascript de código abierto para renderizar árboles filogenéticos personalizables y altamente extensibles; utilizado para los árboles interactivos de Elsevier | [36] [37] |
PhyD3 | Javascript | visualización interactiva del árbol filogenético con gráficos de anotación numérica, con salida SVG o PNG, implementada en D3.js | [38] |
phylotree.js | Javascript | phylotree.js es una biblioteca que amplía el popular marco de visualización de datos D3.js y es adecuada para crear aplicaciones JavaScript donde los usuarios pueden ver e interactuar con árboles filogenéticos. | [39] |
Fitooles | R | Herramientas filogenéticas para biología comparada (y otras cosas) basadas en R | [40] |
árbol de juguete | Pitón | Toytree: una biblioteca minimalista de visualización y manipulación de árboles para Python | [41] |
Ver también
- Lista de software filogenético
Referencias
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enlaces externos
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