Lista de genomas de arqueas secuenciados

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Esta lista de genomas de arqueas secuenciados contiene todas las arqueas que se sabe que tienen secuencias genómicas completas a disposición del público que se han ensamblado, anotado y depositado en bases de datos públicas. Methanococcus jannaschii fue la primera arqueona cuyo genoma fue secuenciado, en 1996. ^[1]

Actualmente en esta lista hay 39 genomas pertenecientes a la especie Crenarchaeota, 105 pertenecientes a la Euryarchaeota, 1 genoma perteneciente a Korarchaeota y a la Nanoarchaeota, 3 pertenecientes a la Thaumarchaeota y 1 genoma perteneciente a una Archaea no clasificada, totalizando 150 genomas de Archaeal.

Crenarchaeota

Acidilobales

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Acidilobus saccharovorans	345-15	1,496,000	1,547	[2]	CP001742	2010

Desulforococcales

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Aeropyrum pernix	K1	1,669,695	2.694	[3]	NC_000854 (secuencia de referencia NCBI)	1999
Desulfurococcus kamchatkensis	1221n	1,365,000	1,521	[4]	CP001140	2009
Hyperthermus butylicus	DSM 5456	1,667,000	1,669	[5]	CP000493	2007
Ignicoccus hospitalis	KIN4 / I, DSM 18386	1.297.000	1,496	[6]	CP000816	2008
Ignisphaera aggregans	AQ1.S1, DSM 17230	1.875.000	2.042	[7]	CP002098	2010
Pyrolobus fumarii	1A, DSM 11204	1.843.000	2.038	[8]	CP002838	2011
Staphylothermus hellenicus	P8, DSM 12710	1,580,000	1,716	[9]	CP002051	2011
Staphylothermus marinus	F1, DSM 3639	1,570,000	1,659	[10]	CP000575	2011
Thermosphaera aggregans	M11TL, DSM 11486	1.316.000	1,457	[11]	CP001939	2010

Sulfolobales

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Acidianus hospitalis	W1	2,137,000	2,424	[12]	CP002535	2011
Metallosphaera cuprina	Ar-4	1.840.000	2.077	[13]	CP002656	2011
Metallosphaera sedula	DSM 5348	2,191,000	2,347	[14]	CP000682	2008
Sulfolobus acidocaldarius	DSM 639	2,225,959	2,223	[15]	CP000077	2005
Sulfolobus islandicus	HVE10 / 4	2,655,000		[dieciséis]	CP002426	2011
Sulfolobus islandicus	LD8.5	2,722,000	2,996	[17]	Cromosoma CP001731 Plásmido pLD8501 CP001732	2009
Sulfolobus islandicus	LS2.15	2,736,000	3,068	[17]	CP001399	2009
Sulfolobus islandicus	M.14.25	2.608.000	2,900	[17]	CP001400	2009
Sulfolobus islandicus	M.16.27	2,692,000	2.956	[17]	CP001401	2009
Sulfolobus islandicus	M.16.4	2,586,000	2.869	[17]	CP001402	2009
Sulfolobus islandicus	REY15A	2.522.000		[dieciséis]	CP002425	2011
Sulfolobus islandicus	YG57.14	2.702.000	3,079	[17]	CP001403	2009
Sulfolobus islandicus	YN15.51	2.812.000	3.318	[17]	Cromosoma CP001404 Plásmido pYN01 CP001405	2009
Sulfolobus islandicus	LAL14 / 1	2,465,177	2.601	[18]	CP003928	2013
Sulfolobus solfataricus	P2	2,992,245	2,995	[19]	AE006641	2001
Sulfolobus solfataricus	98/2	2,668,000	2,728	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP001800	2009
Sulfolobus tokodaii	7	2.694.765	2.826	[20]	BA000023	2001

Termoproteales

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Caldivirga maquilingensis	IC-167	2,077,000	2.011	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000852	2007
Pyrobaculum aerophilum	IM2	2,222,430	2.605	[21]	AE009441	2002
Pyrobaculum arsenaticum	PZ6, DSM 13514	2.121.000	2,410	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000660	2007
Pyrobaculum calidifontis	JCM 11548	2.009.000	2,213	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000561	2007
Pyrobaculum islandicum	DSM 4184	1.826.000	2.063	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000504	2006
Pyrobaculum sp. 1860				No publicado [22]	CP003098	2011
Thermofilum pendens	Hrk 5	1,781,000	1.930	[23]	Cromosoma CP000505 Plásmido pTPEN01 CP000506	2008
Neutrófilos termoproteicos	V24Sta	1,769,000	2.053	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP001014	2008
Thermoproteus tenax	Kra1	1.841.000	2,100	[24]	FN869859	2011
Thermoproteus uzoniensis	768-20	1.936.000	2,229	[25]	CP002590	2011
Vulcanisaeta distributa	DSM 14429	2,374,000	2.592	[26]	CP002100	2010
Vulcanisaeta moutnovskia	768-28	2,298,000	2,393	[27]	CP002529	2011

Euryarchaeota

Archaeoglobi

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Archaeoglobus fulgidus	DSM4304	2,178,400	2.407	[28]	AE000782	1997
Archaeoglobus veneficus	SNP6, DSM 11195	1.901.000	2,194	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP002588	2011
Archaeoglobus profundus	Av18, DSM 5631	1,563,000	1,911	[29]	Cromosoma CP001857 Plásmido pArcpr01 CP001858	2010
Ferroglobus placidus	AEDII12DO, DSM 10642	2,196,000	2.622	[30]	CP001899	2011

Halobacterias

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Halalkalicoccus jeotgali	B3, DSM 18796	3.690.000	3925	[31]	Cromosoma I CP002062 Plásmido 1 CP002063 Plásmido 2 CP002064 Plásmido 3 CP002065 Plásmido 4 CP002066 Plásmido 5 CP002067 Plásmido 6 CP002068	2010
Haloarcula hispanica	CGMCC 1.2049	3.484.000	3,561	[32]	Cromosoma I CP002921 Cromosoma II CP002922 Plásmido pHH400 CP002923	2011
Haloarcula marismortui	ATCC 43049	3,131,724	3,131	[33]	Cromosoma I AY596297 Cromosoma II AY596298 Plásmido pNG100 AY596290 Plásmido pNG200 AY596291 Plásmido pNG300 AY596292 Plásmido pNG400 AY596293 Plásmido pNG500 AY596294 Plásmido pNG600 AY596295 Plásmido pNG700 AY596296	2004
Halobacterium salinarum	R1, DSM 671	2,000,000	2.801	[34]	Cromosoma NC_010364 Plásmido PHS1 NC_010366 Plásmido PHS2 NC_010369 Plásmido PHS3 NC_010368 Plásmido PHS4 NC_010367	2008
Especies de Halobacterium	NRC-1	2,014,239	2.058	[35]	Cromosoma NC_002607 Plásmido pNRC100 NC_002607 Plásmido pNRC200 NC_002608	2000
Halobiforma lacisalsi	AJ5, JCM 12983	4.320.000	4.682	[36]	AGFZ00000000	2011
Haloferax volcanii	DS2			[37]	Cromosoma CP001956 Plásmido pHV1 CP001957 Plásmido pHV2 CP001954 Plásmido pHV3 CP001953 Plásmido pHV4 CP001955	2010
Halogeometricum borinquense	PR3, DSM 11551	3.920.000	4.059	[38]	Cromosoma CP001690 Plásmido pHBOR01 CP001691 Plásmido pHBOR02 CP001692 Plásmido pHBOR03 CP001693 Plásmido pHBOR04 CP001694 Plásmido pHBOR05 CP001695	2009
Halomicrobium mukohataei	arg-2, DSM 12286	3.332.000	3,475	[39]	Cromosoma CP001688 Plásmido pHmuk01 CP001689	2009
Halopiger xanaduensis	SH-6	3.668.000	3.685	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	Cromosoma CP002839 Plásmido pHALXA01 CP002840 Plásmido pHALXA02 CP002841 Plásmido pHALXA03 CP002842	2011 (cromosoma)
Haloquadratum walsbyi	C23, DSM 16854	3,148,000		[40]	Cromosoma FR746099 Plásmido PL6A FR746101 Plásmido PL6B FR746102 Plásmido PL100 FR746100	2011
Haloquadratum walsbyi	HBSQ001, DSM 16790	3,132,000	2,914	[41]	Cromosoma AM180088 Plásmido PL47 AM180089	2006
Halorhabdus tiamatea	SARL4B	3.840.000	4.034	[42]	AFNT00000000	2011
Halorhabdus utahensis	AX-2, DSM 12940	3116 Kb	3076	[43]	CP001687	2009
Halorubrum lacusprofundi	ATCC 49239	4.300.000	3.725	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	Cromosoma 1 CP001365 Cromosoma 2 CP001366 Plásmido pHLAC01 CP001367	2009 (Cromosomas 1 y 2)
Haloterrigena turkmenica	VKM B-1734, DSM 5511	5.440.000	5.351	[44]	Cromosoma CP001860 Plásmido pHTUR01 CP001861 Plásmido pHTUR02 CP001862 Plásmido pHTUR03 CP001863 Plásmido pHTUR04 CP001864 Plásmido pHTUR05 CP001865 Plásmido pHTUR06 CP001866	2010
Natrialba asiática	ATCC 700177			[45]	Encuesta	2004
Natrialba magadii	ATCC 43099	3.751.000	4.364	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP001932	2010
Natronomonas pharaonis	DSM2160	2,595,221	2.675	[46]	Cromosoma CR936257 Plásmido PL131 CR936258 Plásmido PL23 CR936259	2005

Metanobacterias

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Methanobacterium sp. AL-21		2.583.000		DOE Joint Genome Institute, Univ of Illinois en Urbana-Champaign	CP002551	2011
Methanobacterium sp. CISNE-1		2.546.000	2500	DOE Joint Genome Institute, Univ Illinois en Urbana-Champaign	CP002772	2011
Methanobacterium thermoautotrophicum	delta-H	1,751,377	1.869	[47]	AE000666	1997
Methanobrevibacter ruminantium	M1	2,937,000	2,283	[48]	CP001719	2010
Methanobrevibacter smithii	DSM 2375	1,704,000	1,748	Universidad de Washington	ABYW00000000	2008
Methanobrevibacter smithii	F1, DSM 2374	1.707.000	1,749	Universidad de Washington	ABYV00000000	2010
Methanobrevibacter smithii	PS, ATCC 35061	1,853,000	1.841	[49]	CP000678	2007
Methanobrevibacter smithii	TS94A	1,889,000	1.808	[50]	AELU00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS94B	1,886,000	1.856	[50]	AELV00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS94C	1.910.000	1.812	[50]	AELW00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS95A	1,992,000	1.961	[50]	AELX00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS95B	1.972.000	1.895	[50]	AELY00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS95C	1.978.000	1,874	[50]	AELZ00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS95D	2,011,000	1.860	[50]	AEMA00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS96A	1.975.000	1.852	[50]	AEMB00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS96B	1.869.000	1,742	[50]	AEMC00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS96C	1.818.000	1,764	[50]	AEMD00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS145A	1,782,000	1,786	[50]	AEKU00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS145B	1,797,000	1.880	[50]	AELL00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS146A	1,792,000	1.823	[50]	AELM00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS146B	1,794,000	1.814	[50]	AELN00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS146C	1.947.000	2,355	[50]	AELO00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS146D	1,713,000	1,693	[50]	AELP00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS146E	1.952.000	1,887	[50]	AELQ00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS147A	2.008.000	1,969	[50]	AELR00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS147B	1,965,000	1,911	[50]	AELS00000000	2011
Methanobrevibacter smithii	TS147C	1.973.000	2,014	[50]	AELT00000000	2011
Methanosphaera stadtmanae	DSM 3091	1,767,403	1,534	[51]	CP000102	2005
Methanothermobacter marburgensis	Marburgo DSM 2133	1,634,000	1.806	[52]	CP001710	2010
Methanothermus fervidus	V24S, DSM 2088	1.243.000	1.361	[53]	CP002278	2010

Methanococci

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Methanocaldococcus fervens	AG86	1,485,000	1,663	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	Cromosoma CP001696 Plásmido pMEFER01 CP001697	2009 (cromosoma)
Methanocaldococcus infernus	ME	1.328.000	1,513	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP002009	2010
Methanocaldococcus jannaschii	DSM 2661	1,664,970	1,715	[54]	Cromosoma: L77117 Plásmido grande: L77118 Plásmido pequeño: L77119	1996
Methanocaldococcus vulcanius	M7, DSM 12094	1,746,000	1.808	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	Cromosoma CP001787 Plásmido pMETVU01 CP001788 Plásmido pMETVU02 CP001789	2009
Methanocaldococcus sp. FS406-22		1,760,000	1,893	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	Cromosoma CP001901 Plásmido pFS01 CP001902	2010 (cromosoma)
Methanococcus aeolicus	Nankai-3	1,569,000	1,554	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000743	2007
Methanococcus maripaludis	C5	1,780,000	1.896	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000609	2007
Methanococcus maripaludis	C6	1,744,000	1,874	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000867	2007
Methanococcus maripaludis	C7	1,772,000	1.858	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000745	2007
Methanococcus maripaludis	S2	1,661,137	1,722	[55]	NC_005791 (Secuencia de referencia NCBI)	2004
Methanococcus maripaludis	X1	1,746,000	1.892	[56]	CP002913	2011
Methanococcus vannielii	SB	1,720,000	1,755	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000742	2007
Methanococcus voltae	A3	1.936.000	1,768	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP002057	2010
Metanotermococcus okinawensis	IH1	1,662,000	1,662	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	Cromosoma CP002792 Plásmido pMETOK01 CP002793	2011 (cromosoma)
Methanotorris igneus	Kol5, DSM 5666	1.854.000	1.843	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP002737	2011

Metanomicrobia

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Candidatus Methanoregula boonei	6A8	2.542.000	2.518	Instituto Conjunto del Genoma del DOE [57]	CP000780	2007
Methanocella sp. Arroz Cluster I (RC-I)	MRE50	3,179,916	3103	Secuencia del genoma, [58] luego ubicación taxonómica [59]	AM114193	2005
Methanocella paludicola	SANAE	2,957,635	3004	[60]	AP011532	2011
Methanocella conradii	HZ254	1.316.380	2512	[61]	CP003243	2012
Methanococcoides burtonii	DSM6242	2.575.032	2.273	[62]	CP000300	2009
Methanocorpusculum labreanum	Z	1.804.000	1.830	[63]	CP000559	2009
Methanoculleus marisnigri	JR1, DSM 1498	2,478,000	2.560	[64]	CP000562	2009
Methanohalobium evestigatum	Z-7303	2.406.232	2,254	DOE Joint Genome Institute [65]	Cromosoma: CP002069 Plásmido pMETEV01: CP002070	2010 (cromosoma)
Methanohalophilus mahii	SLP, DSM 5219	2,012,000	2.095	[66]	CP001994	2010
Methanoplanus petrolearius	SEBR 4847, DSM 11571	2.843.000	2,881	[67]	CP002117	2011
Methanosalsum zhilinae	WeN5, DSM 4017	2,138,000	2.086		CP002101	2010
Methanosaeta concilii	GP-6	3.008.000		[68]	CP002565	2010
Methanosaeta harundinacea	6Ac	2.559.000		[22]	CP003117	2011
Methanosaeta thermophila	PT	1.879.000	1,785	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000477	2006
Methanosarcina acetivorans	C2A	5.751.492	4.540	[69]	AE010299	2002
Methanosarcina barkeri	Fusaro, DSM 804	4.837.408	3.607	[70]	Cromosoma CP000099 Plásmido 1 CP000098	2006 (cromosoma)
Methanosarcina mazei	Go1	4.096.345	3.371	[71]	AE008384	2002
Methanosphaerula palustris	E1-9c, DSM 19958	2,922,000	2.859	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP001338	2008
Methanospirillum hungatei	JF-1	3,544,738	3,139	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP000254	2006

Methanopyri

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Methanopyrus kandleri	AV19	1,694,969	1,691	[72]	AE009439	2002

Thermococci

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Pyrococcus abyssi	GE5	1,765,118	1,784	[73]	NC_000868 (secuencia de referencia NCBI)	2000
Pyrococcus furiosus	DSM 3638	1.908.256	2.065	[74]	AE009950	1999
Pyrococcus horikoshii	OT3	1,738,505	2,061	[75]	NC_000961 (Secuencia de referencia NCBI)	1998
Pyrococcus sp. NA2		1,861,000	1.984	[22]	CP002670	2011
Pyrococcus yayanosii	CH1	1,716,000	1.952	[76]	CP002779	2011
Thermococcus barophilus	MP, DSM 11836	2,010,000	2,196	[77]	CP002372	2011
Thermococcus gammatolerans	EJ3	2,045,000	2.206	[78]	CP001398	2009
Thermococcus kodakaraensis	KOD1	2,088,737	2.306	[79]	AP006878	2005
Thermococcus onnurineus	NA1	1.847.000	2.027	[80]	NC_011529 (Secuencia de referencia NCBI)	2008
Thermococcus sibiricus	MM 739	1.845.000	2.085	[81]	CP001463	2009
Thermococcus sp. 4557		2,011,000	2,181	[82]	CP002920	2011
Thermococcus sp. AM4		2,086,000	2,279	[83]	CP002952	2011

Thermoplasmata

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Ferroplasma acidarmanus	Fer1	1.865.000	1,742	[84]	AABC00000000	2007
Picrophilus torridus	DSM 9790	1,545,895	1,535	[85]	AE017261	2004
Thermoplasma acidophilum	DSM 1728	1,564,906	1,478	[86]	NC_002578 (secuencia de referencia NCBI)	2000
Termoplasma volcánico	GSS1	1,584,804	1,526	[87]	NC_002689 (Secuencia de referencia NCBI)	2000

Euryarchaeota sin clasificar

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Aciduliprofundum boonei	T469	1,486,000	1,587	Instituto Conjunto del Genoma del DOE	CP001941	2010

Korarchaeota

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Candidatus Korarchaeum cryptofilum	OPF8	1,590,000	1,661	[88]	CP000968	2008

Nanoarchaeota

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Nanoarchaeum equitans	Kin4-M	490,885	536	[89]	AE017199	2003

Thaumarchaeota

Cenarchaeales

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Cenarchaeum symbiosum	A	2,045,000	2.066	[90]	DP000238	2006

Nitrosopumilales

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
Candidatus nitrosoarchaeum limnia	SFB1	1,769,000	2,171	[91]	AEGP00000000	2011
Nitrosopumilus maritimus	SCM1	1,645,000	1.842	[92]	CP000866	2010

Archaea sin clasificar

Especies	Tensión	Pares de bases	Genes	Referencia	Identificador de GenBank	Año de publicación
archaeon halófilo sp. DL31				No publicado [22]	CP002988	2011

Ver también

• Proyecto genoma
• Proyecto de microbioma humano
• Listas de genomas secuenciados

Referencias

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Enlaces externos

• ORO: Genomes OnLine Database v 2.0
• Base de datos de genómica comparativa SUPERFAMILY Incluye genomas de arqueas completamente secuenciadas y herramientas sofisticadas de minería de datos y visualización para análisis