MEROPS es una base de datos en línea de peptidasas (también conocidas como proteasas , proteinasas y enzimas proteolíticas ) y sus inhibidores. [2] El esquema de clasificación de las peptidasas fue publicado por Rawlings & Barrett en 1993, [3] y el de los inhibidores de proteínas por Rawlings et al. en 2004. [4] La versión más reciente, MEROPS 12.3, se lanzó en septiembre de 2020. [5]
La clasificación se basa en similitudes en los niveles estructurales terciario y primario. Las comparaciones están restringidas a la parte de la secuencia directamente involucrada en la reacción, que en el caso de una peptidasa debe incluir el sitio activo y para un inhibidor de proteína el sitio reactivo. La clasificación es jerárquica: las secuencias se ensamblan en familias y las familias se ensamblan en clanes. Cada peptidasa, familia y clan tiene un identificador único.
Las familias de peptidasas se construyen mediante comparaciones de secuencias de aminoácidos. Una familia se ensambla alrededor de un ejemplo de tipo , la secuencia de una peptidasa o inhibidor bien caracterizado. Todas las demás secuencias de la familia deben estar relacionadas con el ejemplo de tipo de familia, ya sea directamente o mediante una relación transitiva que involucre a una o más secuencias que ya se ha demostrado que son miembros de la familia. Por lo general, FastA o BlastP se utilizan para establecer relaciones de secuencias, con un valor esperado de 0,001 o inferior considerado estadísticamente significativo . HMMMERo las búsquedas psi-blast se utilizan para agregar secuencias que están lejanamente relacionadas con una familia. Cada familia se identifica con una letra que representa el tipo catalítico de las peptidasas que contiene seguida de un número único arbitrario.
Algunas familias se dividen en subfamilias debido a la evidencia de divergencias muy antiguas dentro de la familia. La divergencia corresponde a más de 150 mutaciones puntuales aceptadas por 100 residuos de aminoácidos.
La similitud en las estructuras tridimensionales respalda la evidencia de que muchas de las familias comparten ascendencia común con otras. "Clan" se usa para describir un grupo de familias de este tipo. Un clan también se ensambla alrededor de un ejemplo de tipo, que es la estructura de una peptidasa o inhibidor bien caracterizado. Una familia se incluye en un clan si se puede demostrar que la estructura terciaria de un miembro de la familia está relacionada con la del ejemplo del tipo de clan. Por lo general, DALI se usa para establecer la membresía del clan, con una puntuación z de 6,00 desviación estándarunidades o más consideradas estadísticamente significativas. Para las peptidasas, otra evidencia que indica que las familias están relacionadas cuando una estructura terciaria está ausente incluye el mismo orden de residuos catalíticos en las secuencias.
Cada familia, clan, peptidasa e inhibidor tiene un identificador único. La descripción y el ejemplo de los identificadores se muestran en la siguiente tabla.