Manolis Kellis
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Manolis Kellis
El profesor Manolis Kellis en la reunión de la Sociedad Estadounidense de Genética Humana de 2017 en Orlando el 19 de octubre de 2017.jpg
Manolis Kellis en la reunión de la Sociedad Americana de Genética Humana (ASHG) en Orlando Florida el 19 de octubre de 2017
Nació
Manolis Kamvysellis
Griego : Μανώλης Καμβυσέλλης

( 13 de marzo de 1977 )13 de marzo de 1977 (44 años)
Atenas , Grecia
alma materInstituto de Tecnología de Massachusetts (PhD)
Conocido porCODIFICAR
Premios
Carrera científica
Los campos
TesisGenómica comparada computacional: genes, regulación, evolución.  (2003)
Asesor de doctorado
Sitio webcompbio .mit .edu

Manolis Kellis (nacido en 1977, griego : Μανώλης Καμβυσέλλης ) es profesor de Ciencias de la Computación en el Instituto de Tecnología de Massachusetts (MIT) en el área de Biología Computacional y miembro del Instituto Broad del MIT y Harvard . [3] Es el director del Grupo de Biología Computacional en el MIT [4] y es Investigador Principal en el Laboratorio de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial (CSAIL) en el MIT. [5]

Kellis es conocido por sus contribuciones a la genómica , la genética humana , la epigenómica , la regulación genética y la evolución del genoma . Codirigió el esfuerzo del Proyecto de Epigenómica del Mapa de Ruta de los NIH [6] para crear un mapa completo del epigenoma humano, [7] [8] [9] el análisis comparativo de 29 mamíferos para crear un mapa completo de elementos conservados en el genoma humano , [10] [11] los proyectos ENCODE , GENCODE y modENCODE para caracterizar los genes, los elementos no codificantes y los circuitos del genoma humano y los organismos modelo. [12][13] [14] Un enfoque principal de su trabajo es comprender los efectos de las variaciones genéticas en la enfermedad humana, [15] con contribuciones a la obesidad, [16] [17] [18] diabetes, [19] enfermedad de Alzheimer, [20 ] [21] [22] esquizofrenia, [23] y cáncer. [24]

Educación y carrera temprana

Kellis nació en Grecia, se mudó con su familia a Francia cuando tenía 12 años y llegó a los Estados Unidos en 1993. [25] Obtuvo su doctorado en el MIT, donde trabajó con Eric Lander , director fundador del Broad Institute, y Bonnie Berger , profesora del MIT [26] y recibió el premio Sprowls a la mejor tesis de doctorado en Ciencias de la Computación [27] y la primera beca de posgrado de Paris Kanellakis. [28] Antes de la biología computacional, trabajó en inteligencia artificial, reconocimiento de bocetos e imágenes, robótica y geometría computacional, en el MIT y en el Centro de Investigación Xerox Palo Alto . [26]

Investigación y carrera

Hasta julio de 2018, Manolis Kellis es autor de 187 publicaciones periódicas [29] que han sido citadas 68,380 veces. [1] Ha ayudado a dirigir varios proyectos de genómica a gran escala, incluido el proyecto Roadmap Epigenomics, [30] [7] el proyecto Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), [31] el proyecto Genotype Tissue-Expression (GTEx). [15]

Genómica comparada

Kellis comenzó a comparar los genomas de especies de levadura cuando era estudiante de posgrado del MIT. Como parte de este trabajo, que fue publicado en Nature en 2003, [32] desarrolló métodos computacionales para identificar patrones de similitud y diferencia entre genomas estrechamente relacionados. El objetivo era desarrollar métodos para comprender los genomas con el fin de aplicarlos al genoma humano.

Pasó de la levadura a las moscas y, en última instancia, a los mamíferos, comparando múltiples especies para explorar genes, sus elementos de control y su desregulación en las enfermedades humanas. [33] Kellis dirigió varios proyectos de genómica comparativa en humanos, [33] mamíferos, [34] [10] moscas, [35] [36] y levaduras. [37]

Epigenómica

Kellis codirigió el proyecto financiado por el gobierno de los NIH para catalogar el epigenoma humano. Dijo durante una entrevista con MIT Technology Review [33] "Si el genoma es el libro de la vida, el epigenoma es el conjunto completo de anotaciones y marcadores". [33] Su laboratorio ahora utiliza este mapa para ampliar la comprensión de los procesos fundamentales y las enfermedades en los seres humanos.

Obesidad

Kellis y sus colegas utilizaron datos epigenómicos para investigar la base mecanicista de la asociación genética más fuerte con la obesidad. [16] Demostraron que este mecanismo opera en las células grasas tanto de humanos como de ratones y detallaron cómo los cambios dentro de las regiones genómicas relevantes provocan un cambio de disipación de energía en forma de calor ( termogénesis ) a almacenamiento de energía en forma de grasa. [18] Una comprensión completa del fenómeno puede conducir a tratamientos para las personas cuyo "metabolismo lento" les hace aumentar de peso en exceso. [17]

Enfermedad de Alzheimer

Kellis, Li-Huei Tsai y otros en el MIT utilizaron marcas epigenómicas en cerebros de humanos y ratones para estudiar los mecanismos que conducen a la enfermedad de Alzheimer . [20] Demostraron que la activación e inflamación de las células inmunitarias, que durante mucho tiempo se han asociado con la afección, no son simplemente el resultado de la neurodegeneración, como han argumentado algunos investigadores. Más bien, en ratones diseñados para desarrollar síntomas similares a los de la enfermedad de Alzheimer, encontraron que las células inmunitarias comienzan a cambiar incluso antes de que se observen cambios neuronales [21].

Expresión de genotipo-tejido (GTEx)

Kellis es miembro del proyecto Genotype-Tissue Expression (GTEx) que busca dilucidar la base de la predisposición a enfermedades. Es un proyecto patrocinado por los NIH que busca caracterizar la variación genética en los tejidos humanos con roles en la diabetes, las enfermedades cardíacas y el cáncer. [15]

Hasta la fecha, su laboratorio ha desarrollado experiencia en dominios específicos en obesidad, [17] diabetes, [19] enfermedad de Alzheimer, [20] esquizofrenia, [23] y cáncer. [24]

Enseñando

Además de su investigación, Kellis co-enseñó durante varios años los cursos de introducción a los algoritmos de pregrado requeridos por el MIT 6.006: Introducción a los algoritmos y 6.046: Diseño y análisis de algoritmos [38] [39] con los Profs. Ron Rivest , Erik Demaine , Piotr Indyk , Srinivas Devadas y otros.

También está impartiendo un curso de biología computacional en el MIT, titulado "Biología computacional: genomas, redes, evolución". [40] El curso (6.047 / 6.878) está dirigido a estudiantes avanzados de pregrado y pregrado, que buscan aprender los fundamentos algorítmicos y de aprendizaje automático de la biología computacional, y también estar expuestos a las fronteras actuales de la investigación para convertirse en practicantes activos de la campo. [41] Comenzó 6.881: Genómica personal computacional: Dar sentido a los genomas completos. [42]Este curso tiene como objetivo explorar los desafíos computacionales asociados con la interpretación de cómo las diferencias de secuencia entre individuos conducen a diferencias fenotípicas como la expresión génica, la predisposición a enfermedades o la respuesta al tratamiento. [43]

Premios y honores

Kellis recibió el Premio Presidencial de Carrera Temprana de los Estados Unidos para Científicos e Ingenieros (PECASE), [44] el premio CAREER de la Fundación Nacional de Ciencias , [45] una Beca de Investigación Sloan , [46] la medalla Gregor Mendel por Logros Sobresalientes en Ciencia por las Conferencias Mendel comité, el Premio Niki de Tecnología de la Información de Atenas (AIT) para la Ciencia y la Ingeniería, [47] el Premio de Enseñanza Ruth y Joel Spira, [48] y el Premio George M. Sprowls al mejor Ph.D. tesis en Ciencias de la Computación en el MIT. [27]Fue nombrado uno de los 35 mejores innovadores menores de 35 años de Technology Review por su investigación en genómica comparada [49].

Apariciones en los medios

  • Decoding A Genomic Revolution , TEDx Cambridge, 2013 "El biólogo computacional del MIT, Manolis Kellis, nos da un vistazo de la visita al consultorio del médico en el futuro y utiliza sus propias mutaciones genéticas para mostrarle cómo una revolución en la genómica está desbloqueando tratamientos que podrían transformar la medicina como lo sabemos " [50]
  • Regulatory Genomics and Epigenomics of Complex Disease , Welcome Trust, 2014 "Manolis Kellis, Massachusetts Institute of Technology, EE.UU., da una de las conferencias magistrales en Epigenomics of Common Diseases, (28-31 de octubre de 2014), organizada por el Wellcome Genome Campus Advanced Equipo de cursos y conferencias científicas en Churchill College, Cambridge [51]
  • Manolis Kellis Reddit Ask Me Anything (AMA) , Reddit Science AMA Series: "Soy Manolis Kellis, profesor de informática en el MIT que estudia el genoma humano para conocer las causas de la obesidad, el Alzheimer, el cáncer y otras afecciones. AMA about comp -bio y epigenómica, y cómo impactan en la salud humana ”.


Referencias

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