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Este artículo trata sobre la secuencia de ADN. Para pequeñas naves espaciales en órbita, consulte Microsatélite (vuelo espacial) .

Un microsatélite es un tramo de ADN repetitivo en el que se repiten ciertos motivos de ADN (que varían en longitud de uno a seis o más pares de bases ), típicamente de 5 a 50 veces. [1] [2] Los microsatélites se encuentran en miles de ubicaciones dentro del genoma de un organismo . Tienen una tasa de mutación más alta que otras áreas del ADN [3], lo que conduce a una alta diversidad genética . Los genetistas forenses y en genealogía genética a menudo se refieren a los microsatélites como repeticiones cortas en tándem ( STR ) , o comorepeticiones de secuencia simple ( SSR ) por genetistas de plantas. [4]

Los microsatélites y sus primos más largos, los minisatélites , juntos se clasifican como ADN VNTR (número variable de repeticiones en tándem ). El nombre de ADN "satélite" se refiere a la observación temprana de que la centrifugación del ADN genómico en un tubo de ensayo separa una capa prominente de ADN a granel de las capas "satélite" acompañantes de ADN repetitivo. [5]

Se utilizan ampliamente para la elaboración de perfiles de ADN en el diagnóstico de cáncer , en el análisis de parentesco (especialmente las pruebas de paternidad ) y en la identificación forense. También se utilizan en el análisis de ligamiento genético para localizar un gen o una mutación responsable de un rasgo o enfermedad determinada. Los microsatélites también se utilizan en genética de poblaciones para medir los niveles de parentesco entre subespecies, grupos e individuos.

Historia [ editar ]

Aunque el primer microsatélite fue caracterizado en 1984 en la Universidad de Leicester por Weller, Jeffreys y sus colegas como una repetición polimórfica de GGAT en el gen de la mioglobina humana, el término "microsatélite" fue introducido más tarde, en 1989, por Litt y Luty. [1] El nombre de ADN "satélite" se refiere a la observación temprana de que la centrifugación del ADN genómico en un tubo de ensayo separa una capa prominente de ADN a granel de las capas "satélite" de ADN repetitivo que la acompañan. [5]La creciente disponibilidad de amplificación de ADN por PCR a principios de la década de 1990 desencadenó un gran número de estudios que utilizan la amplificación de microsatélites como marcadores genéticos para la medicina forense, para las pruebas de paternidad y para la clonación posicional para encontrar el gen subyacente a un rasgo o enfermedad. Entre las primeras aplicaciones destacadas se incluyen las identificaciones por genotipado de microsatélites de los restos óseos de ocho años de una víctima de asesinato británica (Hagelberg et al.1991), y del médico del campo de concentración de Auschwitz, Josef Mengele, que escapó a Sudamérica después de la Segunda Guerra Mundial ( Jeffreys y col. 1992). [1]

Estructuras, ubicaciones y funciones [ editar ]

Un microsatélite es un tramo de motivos de ADN repetidos en tándem (es decir, adyacentes) que varían en longitud de uno a seis o hasta diez nucleótidos (la definición y delimitación exactas de los minisatélites más largos varía de un autor a otro), [1] [2] y normalmente se repiten entre 5 y 50 veces. Por ejemplo, la secuencia TATATATATA es un microsatélite de dinucleótidos y GTCGTCGTCGTCGTC es un microsatélite de trinucleótidos (siendo A adenina , G guanina , C citosina y T timina). Las unidades repetidas de cuatro y cinco nucleótidos se denominan motivos tetra y pentanucleótidos, respectivamente. La mayoría de los eucariotas tienen microsatélites, con la notable excepción de algunas especies de levadura. Los microsatélites se distribuyen por todo el genoma. [6] [1] [7] El genoma humano, por ejemplo, contiene entre 50.000 y 100.000 microsatélites de dinucleótidos y un número menor de microsatélites de tri-, tetra y pentanucleótidos. [8] Muchos están ubicados en partes no codificantes del genoma humano y, por lo tanto, no producen proteínas, pero también pueden ubicarse en regiones reguladoras y regiones codificantes .

Los microsatélites en regiones no codificantes pueden no tener ninguna función específica y, por lo tanto, es posible que no se seleccionen ; esto les permite acumular mutaciones sin obstáculos a lo largo de las generaciones y da lugar a una variabilidad que se puede utilizar para la identificación y las huellas dactilares del ADN. Otros microsatélites se encuentran en regiones reguladoras flanqueantes o intrónicas de genes, o directamente en codones de genes; las mutaciones de microsatélites en tales casos pueden conducir a cambios fenotípicos y enfermedades, especialmente en enfermedades de expansión de tripletes como el síndrome de X frágil y la enfermedad de Huntington . [9]

Los telómeros en los extremos de los cromosomas, que se cree que están involucrados en el envejecimiento / senescencia , consisten en ADN repetitivo, con el motivo de repetición de hexanucleótidos TTAGGG en vertebrados. Por tanto, se clasifican como minisatélites . Del mismo modo, los insectos tienen motivos repetidos más cortos en sus telómeros que podrían considerarse microsatélites.

Mecanismos de mutación y tasas de mutación [ editar ]

Deslizamiento de la cadena de ADN durante la replicación de un locus STR. Las cajas simbolizan unidades de ADN repetitivas. Las flechas indican la dirección en la que se replica una nueva hebra de ADN (recuadros blancos) a partir de la hebra plantilla (recuadros negros). Se describen tres situaciones durante la replicación del ADN. (a) La replicación del locus STR ha procedido sin una mutación. (b) La replicación del locus STR ha dado lugar a una ganancia de una unidad debido a un bucle en la nueva hebra; el bucle aberrante se estabiliza mediante unidades flanqueantes complementarias a la hebra opuesta. (c) La replicación del locus STR ha dado lugar a la pérdida de una unidad debido a un bucle en la hebra de la plantilla. (Forster et al. 2015)

A diferencia de las mutaciones puntuales , que afectan a un solo nucleótido, las mutaciones de microsatélites dan lugar a la ganancia o pérdida de una unidad de repetición completa y, a veces, a dos o más repeticiones simultáneamente. Por tanto, se espera que la tasa de mutación en los loci de microsatélites difiera de otras tasas de mutación, como las tasas de sustitución de bases. Se debate la causa real de las mutaciones en microsatélites.

Una causa propuesta de tales cambios de longitud es el deslizamiento de la replicación, causado por desajustes entre las cadenas de ADN mientras se replican durante la meiosis. [10] La ADN polimerasa , la enzima responsable de leer el ADN durante la replicación, puede deslizarse mientras se mueve a lo largo de la hebra molde y continuar en el nucleótido equivocado. Es más probable que se produzca un deslizamiento de la ADN polimerasa cuando se replica una secuencia repetitiva (como CGCGCG). Debido a que los microsatélites consisten en secuencias repetitivas, la ADN polimerasa puede cometer errores a una velocidad mayor en estas regiones de secuencia. Varios estudios han encontrado evidencia de que el deslizamiento es la causa de mutaciones en microsatélites. [11] [12] Por lo general, el deslizamiento en cada microsatélite ocurre aproximadamente una vez cada 1000 generaciones. [13]Por lo tanto, los cambios de deslizamiento en el ADN repetitivo son tres órdenes de magnitud más comunes que las mutaciones puntuales en otras partes del genoma. [14] La mayoría de los deslizamientos dan como resultado un cambio de una sola unidad de repetición, y las tasas de deslizamiento varían para diferentes longitudes de alelos y tamaños de unidades de repetición, [3] y dentro de diferentes especies. [15] Si hay una gran diferencia de tamaño entre los alelos individuales, entonces puede haber una mayor inestabilidad durante la recombinación en la meiosis. [14]

Otra posible causa de mutaciones de microsatélites son las mutaciones puntuales, en las que solo un nucleótido se copia incorrectamente durante la replicación. Un estudio que comparó genomas humanos y de primates encontró que la mayoría de los cambios en el número de repeticiones en microsatélites cortos aparecen debido a mutaciones puntuales en lugar de deslizamientos. [dieciséis]

Tasas de mutación de microsatélites [ editar ]

Las tasas de mutación de microsatélites varían con la posición de la base en relación con el microsatélite, el tipo de repetición y la identidad de la base. [16] La tasa de mutación aumenta específicamente con el número de repeticiones, alcanzando un máximo de seis a ocho repeticiones y luego disminuyendo nuevamente. [16] El aumento de la heterocigosidad en una población también aumentará las tasas de mutación de microsatélites, [17] especialmente cuando hay una gran diferencia de longitud entre los alelos. Es probable que esto se deba a que los cromosomas homólogos con brazos de longitudes desiguales causan inestabilidad durante la meiosis. [18]

Se han realizado estimaciones directas de las tasas de mutación de microsatélites en numerosos organismos, desde insectos hasta humanos. En la langosta del desierto Schistocerca gregaria , la tasa de mutación de microsatélites se estimó en 2,1 x 10 −4 por generación por locus. [19] La tasa de mutación de microsatélites en las líneas germinales masculinas humanas es de cinco a seis veces mayor que en las líneas germinales femeninas y varía de 0 a 7 x 10 −3 por locus por gameto por generación. [3] En el nematodo Pristionchus pacificus , la tasa de mutación de microsatélites estimada varía de 8,9 × 10 −5 a 7,5 × 10 −4 por locus por generación. [20]

Efectos biológicos de las mutaciones de microsatélites [ editar ]

Muchos microsatélites están ubicados en ADN no codificante y son biológicamente silenciosos. Otros se encuentran en el ADN regulador o incluso codificador; en estos casos, las mutaciones de microsatélites pueden provocar cambios fenotípicos y enfermedades. Un estudio de todo el genoma estima que la variación de microsatélites contribuye del 10 al 15% de la variación hereditaria de la expresión génica en humanos. [21]

Efectos sobre las proteínas [ editar ]

En los mamíferos, del 20% al 40% de las proteínas contienen secuencias repetidas de aminoácidos codificados por repeticiones de secuencias cortas. [22] La mayoría de las repeticiones de secuencias cortas dentro de las porciones del genoma que codifican proteínas tienen una unidad de repetición de tres nucleótidos, ya que esa longitud no provocará cambios de marco al mutar. [23] Cada secuencia repetida de trinucleótidos se transcribe en una serie repetida del mismo aminoácido. En las levaduras, los aminoácidos repetidos más comunes son la glutamina, el ácido glutámico, la asparagina, el ácido aspártico y la serina.

Las mutaciones en estos segmentos repetidos pueden afectar las propiedades físicas y químicas de las proteínas, con el potencial de producir cambios graduales y predecibles en la acción de las proteínas. [24] Por ejemplo, los cambios de longitud en regiones que se repiten en tándem en el gen Runx2 conducen a diferencias en la longitud facial en perros domesticados ( Canis familiaris ), con una asociación entre longitudes de secuencia más largas y caras más largas. [25] Esta asociación también se aplica a una gama más amplia de especies de Carnivora. [26] Los cambios de longitud en los tractos de polialanina dentro del gen HoxA13 están relacionados con el síndrome mano-pie-genital , un trastorno del desarrollo en humanos. [27]Los cambios de longitud en otras repeticiones de tripletes están relacionados con más de 40 enfermedades neurológicas en humanos, en particular enfermedades de expansión de tripletes como el síndrome de X frágil y la enfermedad de Huntington . [9] Los cambios evolutivos debidos al deslizamiento de la replicación también ocurren en organismos más simples. Por ejemplo, los cambios en la longitud de los microsatélites son comunes en las proteínas de la membrana de la superficie de la levadura, lo que proporciona una rápida evolución de las propiedades celulares. [28] Específicamente, los cambios de longitud en el gen FLO1 controlan el nivel de adhesión a los sustratos. [29]Las repeticiones de secuencias cortas también proporcionan un cambio evolutivo rápido a las proteínas de superficie en bacterias patógenas; esto puede permitirles mantenerse al día con los cambios inmunológicos en sus anfitriones. [30] Los cambios de longitud en las repeticiones de secuencias cortas en un hongo ( Neurospora crassa ) controlan la duración de sus ciclos de reloj circadiano . [31]

Efectos sobre la regulación genética [ editar ]

Los cambios de longitud de los microsatélites dentro de los promotores y otras regiones reguladoras cis pueden cambiar la expresión génica rápidamente, entre generaciones. El genoma humano contiene muchas (> 16.000) repeticiones de secuencias cortas en regiones reguladoras, que proporcionan "botones de sintonización" en la expresión de muchos genes. [21] [32]

Los cambios de longitud en las SSR bacterianas pueden afectar la formación de fimbrias en Haemophilus influenzae , al alterar el espaciado de los promotores. [30] Los microsatélites de dinucleótidos están relacionados con una variación abundante en las regiones de control reguladoras cis en el genoma humano. [32] Los microsatélites en las regiones de control del gen del receptor de vasopresina 1a en los ratones de campo influyen en su comportamiento social y en el nivel de monogamia. [33]

En el sarcoma de Ewing (un tipo de cáncer de hueso doloroso en humanos jóvenes), una mutación puntual ha creado un microsatélite GGAA extendido que se une a un factor de transcripción, que a su vez activa el gen EGR2 que impulsa el cáncer. [34] Además, otros microsatélites GGAA pueden influir en la expresión de genes que contribuyen al resultado clínico de los pacientes con sarcoma de Ewing. [35]

Efectos dentro de los intrones [ editar ]

Los microsatélites dentro de los intrones también influyen en el fenotipo, a través de medios que actualmente no se comprenden. Por ejemplo, una expansión de triplete GAA en el primer intrón del gen X25 parece interferir con la transcripción y causa Ataxia de Friedreich . [36] Las repeticiones en tándem en el primer intrón del gen de la asparagina sintetasa están relacionadas con la leucemia linfoblástica aguda. [37] Un polimorfismo repetido en el cuarto intrón del gen NOS3 está relacionado con la hipertensión en una población tunecina. [38] Las longitudes de repetición reducidas en el gen EGFR están relacionadas con los osteosarcomas. [39]

Se sabe que una forma arcaica de empalme conservada en el pez cebra utiliza secuencias de microsatélites dentro del ARNm intrónico para la eliminación de intrones en ausencia de U2AF2 y otra maquinaria de empalme. Se teoriza que estas secuencias forman configuraciones de hoja de trébol altamente estables que acercan los sitios de corte y empalme del intrón 3 'y 5', reemplazando efectivamente el espliceosoma . Se cree que este método de empalme de ARN divergió de la evolución humana en la formación de tetrápodos y representa un artefacto de un mundo de ARN . [40]

Efectos dentro de los transposones [ editar ]

Casi el 50% del genoma humano está contenido en varios tipos de elementos transponibles (también llamados transposones o 'genes saltarines'), y muchos de ellos contienen ADN repetitivo. [41] Es probable que las repeticiones de secuencias cortas en esos lugares también estén involucradas en la regulación de la expresión génica. [42]

Aplicaciones [ editar ]

Los microsatélites se utilizan para evaluar las deleciones de ADN cromosómico en el diagnóstico de cáncer. Los microsatélites se utilizan ampliamente para la elaboración de perfiles de ADN , también conocidos como "huellas dactilares genéticas", de manchas delictivas (en medicina forense) y de tejidos (en pacientes trasplantados). También se utilizan ampliamente en el análisis de parentesco (más comúnmente en las pruebas de paternidad). Además, los microsatélites se utilizan para mapear ubicaciones dentro del genoma, específicamente en el análisis de ligamiento genético para localizar un gen o una mutación responsable de un rasgo o enfermedad determinada. Como caso especial de mapeo, se pueden utilizar para estudios de duplicación o deleción de genes . Los investigadores utilizan microsatélites en genética de poblacionesy en proyectos de conservación de especies. Los genetistas de plantas han propuesto el uso de microsatélites para la selección asistida por marcadores de rasgos deseables en el fitomejoramiento.

Diagnóstico de cáncer [ editar ]

En las células tumorales , cuyos controles sobre la replicación están dañados, los microsatélites pueden ganarse o perderse con una frecuencia especialmente alta durante cada ronda de mitosis . Por lo tanto, una línea de células tumorales podría mostrar una huella genética diferente a la del tejido del huésped y, especialmente en el cáncer colorrectal , podría presentar pérdida de heterocigosidad . Por tanto, los microsatélites se han utilizado de forma rutinaria en el diagnóstico del cáncer para evaluar la progresión tumoral. [43] [44] [45]

Un perfil de STR humano parcial obtenido con el kit Applied Biosystems Identifiler

Toma de huellas dactilares forenses y médicas [ editar ]

El análisis de microsatélites se hizo popular en el campo de la medicina forense en la década de 1990. [46] Se utiliza para la toma de huellas dactilares genéticas de individuos cuando permite la identificación forense (por lo general, compara una mancha de crimen con una víctima o perpetrador). También se utiliza para el seguimiento de pacientes con trasplante de médula ósea . [47]

Los microsatélites que se utilizan hoy en día para el análisis forense son todos repeticiones de tetranucleótidos o pentanucleótidos, ya que proporcionan un alto grado de datos sin errores y son lo suficientemente cortos para sobrevivir a la degradación en condiciones no ideales. Incluso las secuencias de repetición más cortas tenderían a sufrir artefactos como el tartamudeo de la PCR y la amplificación preferencial, mientras que las secuencias de repetición más largas sufrirían más por la degradación ambiental y se amplificarían menos bien por la PCR . [48] Otra consideración forense es que se debe respetar la privacidad médica de la persona , de modo que se elijan STR forenses que no codifiquen, que no influyan en la regulación genética y que normalmente no sean STR de trinucleótidos que podrían estar implicados en enfermedades de expansión de tripletes comoEnfermedad de Huntington . Los perfiles forenses de STR se almacenan en bancos de datos de ADN como la Base de datos nacional de ADN del Reino Unido (NDNAD), el CODIS estadounidense o el NCIDD australiano.

Análisis de parentesco (prueba de paternidad) [ editar ]

Los microsatélites autosómicos se utilizan ampliamente para la elaboración de perfiles de ADN en el análisis de parentesco (más comúnmente en las pruebas de paternidad). [49] Los Y-STR heredados por el padre (microsatélites en el cromosoma Y ) se utilizan a menudo en las pruebas de ADN genealógico .

Análisis de ligamiento genético [ editar ]

Durante la década de 1990 y los primeros años de este milenio, los microsatélites fueron los marcadores genéticos de caballo de batalla para las exploraciones de todo el genoma para localizar cualquier gen responsable de un fenotipo o enfermedad determinados, utilizando observaciones de segregación a través de generaciones de un pedigrí muestreado. Aunque el aumento de un mayor rendimiento y un polimorfismo de un solo nucleótido rentable(SNP) condujeron a la era del SNP para escaneos del genoma, los microsatélites siguen siendo medidas altamente informativas de variación genómica para estudios de vinculación y asociación. Su ventaja continua radica en su mayor diversidad alélica que los SNP bialélicos, por lo que los microsatélites pueden diferenciar alelos dentro de un bloque de interés de desequilibrio de ligamiento definido por SNP. Por lo tanto, los microsatélites han conducido con éxito al descubrimiento de la diabetes tipo 2 (TCF7L2) y los genes del cáncer de próstata (la región 8q21). [2] [50]

Genética de poblaciones [ editar ]

Árbol de consenso de vecinos de 249 poblaciones humanas y seis poblaciones de chimpancés. Creado en base a 246 marcadores de microsatélites. [51]

Los microsatélites se popularizaron en genética de poblaciones durante la década de 1990 porque a medida que la PCR se volvió omnipresente en los laboratorios, los investigadores pudieron diseñar cebadores y amplificar conjuntos de microsatélites a bajo costo. Sus usos son muy variados. [52] Un microsatélite con una historia evolutiva neutral lo hace aplicable para medir o inferir cuellos de botella , [53] la adaptación local , [54] el índice de fijación alélica (F ST ), [55] el tamaño de la población , [56] y el flujo de genes . [57] Como secuenciación de próxima generaciónse vuelve más asequible el uso de microsatélites ha disminuido, sin embargo, siguen siendo una herramienta crucial en el campo. [58]

Mejoramiento de plantas [ editar ]

La selección asistida por marcadores o selección asistida por marcadores (MAS) es un proceso de selección indirecto en el que se selecciona un rasgo de interés en función de un marcador ( morfológico , bioquímico o variación de ADN / ARN ) vinculado a un rasgo de interés (por ejemplo, productividad, resistencia a enfermedades, estrés tolerancia y calidad), más que en el rasgo en sí. Se ha propuesto que los microsatélites se utilicen como marcadores para ayudar a la reproducción de plantas. [59]

Análisis [ editar ]

El ADN repetitivo no se analiza fácilmente con los métodos de secuenciación de ADN de próxima generación , que luchan con los tractos homopoliméricos. Por lo tanto, los microsatélites se analizan normalmente mediante amplificación por PCR convencional y determinación del tamaño del amplicón, a veces seguidas de la secuenciación del ADN de Sanger .

En medicina forense, el análisis se realiza extrayendo ADN nuclear de las células de una muestra de interés, luego amplificando regiones polimórficas específicas del ADN extraído mediante la reacción en cadena de la polimerasa . Una vez amplificadas estas secuencias, se resuelven mediante electroforesis en gel o electroforesis capilar , lo que permitirá al analista determinar cuántas repeticiones de la secuencia de microsatélites en cuestión hay. Si el ADN se resolvió mediante electroforesis en gel, el ADN se puede visualizar mediante tinción con plata (baja sensibilidad, seguro, económico) o con un colorante intercalante como el bromuro de etidio.(bastante sensibles, riesgos moderados para la salud, económicos), o como usan la mayoría de los laboratorios forenses modernos, tintes fluorescentes (altamente sensibles, seguros, costosos). [60] Los instrumentos construidos para resolver fragmentos de microsatélites por electroforesis capilar también utilizan tintes fluorescentes. [60] Los perfiles forenses se almacenan en los principales bancos de datos. La base de datos británica para la identificación de loci de microsatélites se basó originalmente en el sistema británico SGM + [61] [62] utilizando 10 loci y un marcador de sexo . Los estadounidenses [63] aumentaron este número a 13 loci. [64]La base de datos australiana se llama NCIDD y desde 2013 ha estado utilizando 18 marcadores centrales para la elaboración de perfiles de ADN. [46]

Amplificación [ editar ]

Los microsatélites pueden amplificarse para su identificación mediante el proceso de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), utilizando las secuencias únicas de las regiones flanqueantes como cebadores . El ADN se desnaturaliza repetidamente a alta temperatura para separar la doble hebra, luego se enfría para permitir la hibridación de los cebadores y la extensión de las secuencias de nucleótidos a través del microsatélite. Este proceso da como resultado la producción de suficiente ADN para ser visible en geles de agarosa o poliacrilamida ; solo se necesitan pequeñas cantidades de ADN para la amplificación porque de esta manera el termociclado crea un aumento exponencial en el segmento replicado. [sesenta y cinco] Con la abundancia de tecnología de PCR, los cebadores que flanquean los loci de microsatélites son simples y rápidos de usar, pero el desarrollo de cebadores que funcionan correctamente es a menudo un proceso tedioso y costoso.

Varias muestras de ADN de especímenes de Littorina plena amplificadas mediante la reacción en cadena de la polimerasa con cebadores dirigidos a un locus de repetición de secuencia simple variable (SSR, también conocido como microsatélite). Las muestras se procesaron en un gel de poliacrilamida al 5% y se visualizaron usando tinción con plata.

Diseño de cebadores de microsatélites [ editar ]

Si se buscan marcadores de microsatélites en regiones específicas de un genoma, por ejemplo, dentro de un intrón particular , los cebadores se pueden diseñar manualmente. Esto implica buscar en la secuencia de ADN genómico repeticiones de microsatélites, lo que se puede hacer visualmente o utilizando herramientas automatizadas como el enmascarador de repetición . Una vez que se determinan los microsatélites potencialmente útiles, las secuencias flanqueantes pueden usarse para diseñar cebadores de oligonucleótidos que amplificarán la repetición de microsatélites específica en una reacción de PCR.

Se pueden desarrollar cebadores de microsatélites aleatorios clonando segmentos aleatorios de ADN de la especie focal. Estos segmentos aleatorios se insertan en un vector plasmídico o bacteriófago , que a su vez se implanta en la bacteria Escherichia coli . Luego, las colonias se desarrollan y se examinan con secuencias de oligonucleótidos marcadas con fluorescencia que se hibridan con una repetición de microsatélites, si está presente en el segmento de ADN. Si se pueden obtener clones positivos a partir de este procedimiento, el ADN se secuencia y los cebadores de PCR se eligen entre las secuencias que flanquean dichas regiones para determinar un locus específico.. Este proceso implica prueba y error importantes por parte de los investigadores, ya que las secuencias de repetición de microsatélites deben predecirse y los cebadores que se aíslan al azar pueden no mostrar un polimorfismo significativo. [14] [66] Los loci de microsatélites están ampliamente distribuidos por todo el genoma y pueden aislarse del ADN semidedegrado de muestras más antiguas, ya que todo lo que se necesita es un sustrato adecuado para la amplificación mediante PCR.

Las técnicas más recientes implican el uso de secuencias de oligonucleótidos que consisten en repeticiones complementarias a las repeticiones en el microsatélite para "enriquecer" el ADN extraído ( enriquecimiento de microsatélites ). La sonda de oligonucleótidos se hibrida con la repetición en el microsatélite y, a continuación, el complejo sonda / microsatélite se extrae de la solución. Luego, el ADN enriquecido se clona normalmente, pero la proporción de éxitos ahora será mucho mayor, reduciendo drásticamente el tiempo necesario para desarrollar las regiones para su uso. Sin embargo, qué sondas usar puede ser un proceso de prueba y error en sí mismo. [67]

ISSR-PCR [ editar ]

ISSR (para repetición entre secuencias simples ) es un término general para una región del genoma entre loci de microsatélites. Las secuencias complementarias de dos microsatélites vecinos se utilizan como cebadores de PCR; la región variable entre ellos se amplifica. La duración limitada de los ciclos de amplificación durante la PCR evita la replicación excesiva de secuencias de ADN contiguas excesivamente largas, por lo que el resultado será una mezcla de una variedad de cadenas de ADN amplificadas que generalmente son cortas pero varían mucho en longitud.

Las secuencias amplificadas por ISSR-PCR se pueden utilizar para la toma de huellas dactilares de ADN. Dado que un ISSR puede ser una región conservada o no conservada, esta técnica no es útil para distinguir individuos, sino más bien para análisis filogeográficos o quizás para delimitar especies ; la diversidad de secuencias es menor que en SSR-PCR, pero aún mayor que en las secuencias de genes reales. Además, la secuenciación de microsatélites y la secuenciación de ISSR se ayudan mutuamente, ya que una produce cebadores para la otra.

Limitaciones [ editar ]

El ADN repetitivo no se analiza fácilmente con los métodos de secuenciación de ADN de próxima generación , que luchan con los tractos homopoliméricos. [68] Por lo tanto, los microsatélites se analizan normalmente mediante amplificación por PCR convencional y determinación del tamaño del amplicón. El uso de PCR significa que el análisis de longitud de microsatélites es propenso a limitaciones de PCR como cualquier otro locus de ADN amplificado por PCR. Una preocupación particular es la aparición de ' alelos nulos ':

  • Ocasionalmente, dentro de una muestra de individuos, como en el trabajo de casos de pruebas de paternidad, una mutación en el ADN que flanquea el microsatélite puede evitar que el cebador de PCR se una y produzca un amplicón (creando un "alelo nulo" en un ensayo de gel), por lo tanto, solo un alelo se amplifica (del cromosoma hermano no mutado), y el individuo puede parecer falsamente homocigótico. Esto puede causar confusión en el trabajo de casos de paternidad. Entonces puede ser necesario amplificar el microsatélite usando un conjunto diferente de cebadores. [14] [69] Los alelos nulos son causados ​​especialmente por mutaciones en la sección 3 ', donde comienza la extensión.
  • En el análisis de especies o poblaciones, por ejemplo en trabajos de conservación, los cebadores de PCR que amplifican los microsatélites en un individuo o especie pueden funcionar en otras especies. Sin embargo, el riesgo de aplicar cebadores de PCR en diferentes especies es que los alelos nulos se vuelven probables, siempre que la divergencia de secuencia sea demasiado grande para que los cebadores se unan. Entonces, la especie puede parecer artificialmente tener una diversidad reducida. En este caso, los alelos nulos a veces pueden estar indicados por una frecuencia excesiva de homocigotos que provocan desviaciones de las expectativas de equilibrio de Hardy-Weinberg.

Ver también [ editar ]

  • Marcador genético
  • ADN basura
  • Elementos de nucleótidos intercalados largos
  • Inestabilidad de microsatélites
  • Elemento móvil
  • ADN satélite
  • Elemento repetitivo corto intercalado
  • Polimorfismo de longitud de secuencia simple (SSLP): una herramienta de búsqueda
  • Snpstr
  • Transposon

Referencias [ editar ]

  1. ↑ a b c d e Richard GF, Kerrest A, Dujon B (diciembre de 2008). "Genómica comparativa y dinámica molecular del ADN se repite en eucariotas" . Revisiones de Microbiología y Biología Molecular . 72 (4): 686–727. doi : 10.1128 / MMBR.00011-08 . PMC  2593564 . PMID  19052325 .
  2. ^ a b c Gulcher J (abril de 2012). "Marcadores de microsatélites para estudios de vinculación y asociación". Protocolos de Cold Spring Harbor . 2012 (4): 425–32. doi : 10.1101 / pdb.top068510 . PMID 22474656 . 
  3. ↑ a b c Brinkmann B, Klintschar M, Neuhuber F, Hühne J, Rolf B (junio de 1998). "Tasa de mutación en microsatélites humanos: influencia de la estructura y longitud de la repetición en tándem" . Revista Estadounidense de Genética Humana . 62 (6): 1408-15. doi : 10.1086 / 301869 . PMC 1377148 . PMID 9585597 .  
  4. ^ Corto + Tandem + Repetir en los encabezados de temas médicos de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.(MeSH)
  5. ^ a b Kit S (diciembre de 1961). "Sedimentación de equilibrio en gradientes de densidad de preparaciones de ADN de tejidos animales". Revista de Biología Molecular . 3 (6): 711–6. doi : 10.1016 / S0022-2836 (61) 80075-2 . PMID 14456492 . 
  6. ^ Rey DG, Soller M, Kashi Y (1997). "Perillas de afinación evolutivas". Esfuerzo . 21 (1): 36–40. doi : 10.1016 / S0160-9327 (97) 01005-3 .
  7. ↑ Chistiakov DA, Hellemans B, Volckaert FA (31 de mayo de 2006). "Microsatélites y su distribución genómica, evolución, función y aplicaciones: una revisión con especial referencia a la genética de los peces". Acuicultura . 255 (1–4): 1–29. doi : 10.1016 / j . acuicultura.2005.11.031 .
  8. ^ Turnpenny P, Ellard S (2005). Elementos de genética médica de Emery (12ª ed.). Londres: Elsevier.Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
  9. ↑ a b Pearson CE, Nichol Edamura K, Cleary JD (octubre de 2005). "Repetir inestabilidad: mecanismos de mutaciones dinámicas". Reseñas de la naturaleza. Genética . 6 (10): 729–42. doi : 10.1038 / nrg1689 . PMID 16205713 . S2CID 26672703 .  
  10. ^ Tautz D (diciembre de 1994). "Secuencias simples". Opinión Actual en Genética y Desarrollo . 4 (6): 832–7. doi : 10.1016 / 0959-437X (94) 90067-1 . PMID 7888752 . 
  11. ^ Klintschar M, Dauber EM, Ricci U, Cerri N, Immel UD, Kleiber M, Mayr WR (octubre de 2004). "Los estudios de haplotipos apoyan el deslizamiento como el mecanismo de mutaciones de la línea germinal en repeticiones cortas en tándem". Electroforesis . 25 (20): 3344–8. doi : 10.1002 / elps.200406069 . PMID 15490457 . S2CID 22298567 .  
  12. ^ Forster P, Hohoff C, Dunkelmann B, Schürenkamp M, Pfeiffer H, Neuhuber F, Brinkmann B (marzo de 2015). "Tasa elevada de mutación de la línea germinal en padres adolescentes" . Actas. Ciencias biológicas . 282 (1803): 20142898. doi : 10.1098 / rspb.2014.2898 . PMC 4345458 . PMID 25694621 .  
  13. ^ Weber JL, Wong C (agosto de 1993). "Mutación de repeticiones en tándem cortas humanas" . Genética molecular humana . 2 (8): 1123–8. doi : 10.1093 / hmg / 2.8.1123 . PMID 8401493 . 
  14. ↑ a b c d Jarne P, Lagoda PJ (octubre de 1996). "Microsatélites, de moléculas a poblaciones y viceversa". Tendencias en Ecología y Evolución . 11 (10): 424–9. doi : 10.1016 / 0169-5347 (96) 10049-5 . PMID 21237902 . 
  15. ^ Kruglyak S, Durrett RT, Schug MD, Aquadro CF (septiembre de 1998). "Distribuciones de equilibrio de longitud de repetición de microsatélites resultante de un equilibrio entre eventos de deslizamiento y mutaciones puntuales" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 95 (18): 10774–8. Código bibliográfico : 1998PNAS ... 9510774K . doi : 10.1073 / pnas.95.18.10774 . PMC 27971 . PMID 9724780 .  
  16. ^ a b c Amos W (septiembre de 2010). "Sesgos de mutación y variación de la tasa de mutación alrededor de microsatélites humanos muy cortos revelados por alineaciones de secuencia genómica humano-chimpancé-orangután". Revista de evolución molecular . 71 (3): 192-201. Código bibliográfico : 2010JMolE..71..192A . doi : 10.1007 / s00239-010-9377-4 . PMID 20700734 . S2CID 1424625 .  
  17. ^ Amos W (enero de 2016). "La heterocigosidad aumenta la tasa de mutación de microsatélites" . Cartas de biología . 12 (1): 20150929. doi : 10.1098 / rsbl.2015.0929 . PMC 4785931 . PMID 26740567 .  
  18. ^ Amos W, Sawcer SJ, Feakes RW, Rubinsztein DC (agosto de 1996). "Los microsatélites muestran sesgo mutacional e inestabilidad heterocigótica". Genética de la naturaleza . 13 (4): 390–1. doi : 10.1038 / ng0896-390 . PMID 8696328 . S2CID 6086527 .  
  19. ^ Chapuis MP, Plantamp C, Streiff R, Blondin L, Piou C (diciembre de 2015). "Patrón y tasa evolutiva de microsatélites en Schistocerca gregaria inferidos de la observación directa de mutaciones de la línea germinal". Ecología molecular . 24 (24): 6107-19. doi : 10.1111 / mec.13465 . PMID 26562076 . S2CID 33307624 .  
  20. ^ Molnar RI, Witte H, Dinkelacker I, Villate L, Sommer RJ (septiembre de 2012). "Patrones de repetición en tándem y tasas de mutación en microsatélites del organismo modelo nematodo Pristionchus pacificus" . G3 . 2 (9): 1027–34. doi : 10.1534 / g3.112.003129 . PMC 3429916 . PMID 22973539 .  
  21. ^ a b Gymrek M, Willems T, Guilmatre A, Zeng H, Markus B, Georgiev S, et al. (Enero de 2016). "Contribución abundante de repeticiones cortas en tándem a la variación de la expresión génica en humanos" . Genética de la naturaleza . 48 (1): 22–9. doi : 10.1038 / ng.3461 . PMC 4909355 . PMID 26642241 .  
  22. ^ Marcotte EM, Pellegrini M, Yeates TO, Eisenberg D (octubre de 1999). "Un censo de repeticiones de proteínas" . Revista de Biología Molecular . 293 (1): 151–60. doi : 10.1006 / jmbi.1999.3136 . PMID 10512723 . S2CID 11102561 .  
  23. ^ Sutherland GR, Richards RI (abril de 1995). "Repeticiones de ADN en tándem simple y enfermedad genética humana" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 92 (9): 3636–41. Código Bibliográfico : 1995PNAS ... 92.3636S . doi : 10.1073 / pnas.92.9.3636 . PMC 42017 . PMID 7731957 .  
  24. ^ Hancock JM, Simon M (enero de 2005). "Secuencia simple se repite en proteínas y su importancia para la evolución de la red". Gene . 345 (1): 113–8. doi : 10.1016 / j.gene.2004.11.023 . PMID 15716087 . 
  25. ^ Fondon JW, Garner HR (diciembre de 2004). "Orígenes moleculares de rápida y continua evolución morfológica" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 101 (52): 18058–63. Código bibliográfico : 2004PNAS..10118058F . doi : 10.1073 / pnas.0408118101 . PMC 539791 . PMID 15596718 .  
  26. ^ Sears KE, Goswami A, Flynn JJ, Niswander LA (2007). "La evolución correlacionada de las repeticiones en tándem Runx2, la actividad transcripcional y la longitud facial en carnívoros". Evolución y desarrollo . 9 (6): 555–65. doi : 10.1111 / j.1525-142X.2007.00196.x . PMID 17976052 . S2CID 26718314 .  
  27. ^ Utsch B, Becker K, Brock D, Lentze MJ, Bidlingmaier F, Ludwig M (mayo de 2002). "Una nueva expansión estable de polialanina [poli (A)] en el gen HOXA13 asociado con el síndrome mano-pie-genital: ¿la función adecuada de los factores de transcripción que albergan poli (A) depende de una longitud de repetición crítica?". Genética humana . 110 (5): 488–94. doi : 10.1007 / s00439-002-0712-8 . PMID 12073020 . S2CID 22181414 .  
  28. ^ Bowen S, Wheals AE (junio de 2006). "Los dominios ricos en Ser / Thr están asociados con la variación genética y la morfogénesis en Saccharomyces cerevisiae". La levadura . 23 (8): 633–40. doi : 10.1002 / yea.1381 . PMID 16823884 . S2CID 25142061 .  
  29. ^ Verstrepen KJ, Jansen A, Lewitter F, Fink GR (septiembre de 2005). "Las repeticiones en tándem intragénicas generan variabilidad funcional" . Genética de la naturaleza . 37 (9): 986–90. doi : 10.1038 / ng1618 . PMC 1462868 . PMID 16086015 .  
  30. ^ a b Moxon ER, Rainey PB, Nowak MA, Lenski RE (enero de 1994). "Evolución adaptativa de loci altamente mutables en bacterias patógenas". Biología actual . 4 (1): 24–33. doi : 10.1016 / S0960-9822 (00) 00005-1 . PMID 7922307 . S2CID 11203457 .  
  31. ^ Michael TP, Park S, Kim TS, Booth J, Byer A, Sun Q, et al. (Agosto de 2007). "Las repeticiones de secuencia simple proporcionan un sustrato para la variación fenotípica en el reloj circadiano de Neurospora crassa" . PLOS ONE . 2 (8): e795. Código Bibliográfico : 2007PLoSO ... 2..795M . doi : 10.1371 / journal.pone.0000795 . PMC 1949147 . PMID 17726525 .  
  32. ↑ a b Rockman MV, Wray GA (noviembre de 2002). "Materia prima abundante para la evolución cis-reguladora en humanos" . Biología Molecular y Evolución . 19 (11): 1991-2004. doi : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004023 . PMID 12411608 . 
  33. ^ Hamaca EA, Young LJ (junio de 2005). "La inestabilidad de microsatélites genera diversidad en los rasgos socioconductuales y cerebrales". Ciencia . 308 (5728): 1630–4. Código Bibliográfico : 2005Sci ... 308.1630H . doi : 10.1126 / science.1111427 . PMID 15947188 . S2CID 18899853 .  
  34. ^ Grünewald TG, Bernard V, Gilardi-Hebenstreit P, Raynal V, Surdez D, Aynaud MM, et al. (Septiembre de 2015). "EWSR1-FLI1 quimérico regula el gen de susceptibilidad al sarcoma de Ewing EGR2 a través de un microsatélite GGAA" . Genética de la naturaleza . 47 (9): 1073–8. doi : 10.1038 / ng.3363 . PMC 4591073 . PMID 26214589 .  
  35. ^ Musa J, Cidre-Aranaz F, Aynaud MM, Orth MF, Knott MM, Mirabeau O, et al. (Septiembre de 2019). "La cooperación de los impulsores del cáncer con variantes reguladoras de la línea germinal da forma a los resultados clínicos" . Comunicaciones de la naturaleza . 10 (1): 4128. Bibcode : 2019NatCo..10.4128M . doi : 10.1038 / s41467-019-12071-2 . PMC 6739408 . PMID 31511524 .  
  36. ^ Bidichandani SI, Ashizawa T, Patel PI (enero de 1998). "La expansión de repetición del triplete GAA en la ataxia de Friedreich interfiere con la transcripción y puede estar asociada con una estructura de ADN inusual" . Revista Estadounidense de Genética Humana . 62 (1): 111–21. doi : 10.1086 / 301680 . PMC 1376805 . PMID 9443873 .  
  37. ^ Akagi T, Yin D, Kawamata N, Bartram CR, Hofmann WK, Song JH, et al. (Julio de 2009). "Análisis funcional de un nuevo polimorfismo de ADN de una secuencia repetida en tándem en el gen de la asparagina sintetasa en células de leucemia linfoblástica aguda" . Investigación de la leucemia . 33 (7): 991–6. doi : 10.1016 / j.leukres.2008.10.022 . PMC 2731768 . PMID 19054556 .  
  38. ^ Jemaa R, Ben Ali S, Kallel A, Feki M, Elasmi M, Taieb SH, et al. (Junio ​​de 2009). "Asociación de un polimorfismo de repetición de 27 pb en el intrón 4 del gen de sintasa de óxido nítrico constitutivo endotelial con hipertensión en una población tunecina". Bioquímica clínica . 42 (9): 852–6. doi : 10.1016 / j.clinbiochem.2008.12.002 . PMID 19111531 . 
  39. ^ Kersting C, Agelopoulos K, Schmidt H, Korsching E, August C, Gosheger G, et al. (Agosto de 2008). "Importancia biológica de una secuencia de CA polimórfica dentro del intrón 1 del gen del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) en osteosarcomas centrales de alto grado". Genes, cromosomas y cáncer . 47 (8): 657–64. doi : 10.1002 / gcc.20571 . PMID 18464244 . S2CID 19472307 .  
  40. ^ Lin CL, Taggart AJ, Lim KH, Cygan KJ, Ferraris L, Creton R, et al. (Enero de 2016). "La estructura del ARN reemplaza la necesidad de U2AF2 en el empalme" . Investigación del genoma . 26 (1): 12-23. doi : 10.1101 / gr.181008.114 . PMC 4691745 . PMID 26566657 .  
  41. ^ Scherer S. (2008). Una breve guía del genoma humano . Nueva York: Cold Spring Harbor University Press.
  42. ^ Tomilin NV (abril de 2008). "Regulación de la expresión génica de mamíferos por retroelementos y repeticiones en tándem no codificantes" . BioEssays . 30 (4): 338–48. doi : 10.1002 / bies.20741 . PMID 18348251 . 
  43. ^ van Tilborg AA, Kompier LC, Lurkin I, Poort R, El Bouazzaoui S, van der Keur K, et al. (2012). "Selección de marcadores microsatélites para el diagnóstico de cáncer de vejiga sin necesidad de sangre correspondiente" . PLOS ONE . 7 (8): e43345. Código bibliográfico : 2012PLoSO ... 743345V . doi : 10.1371 / journal.pone.0043345 . PMC 3425555 . PMID 22927958 .  
  44. ^ Sideris M, Papagrigoriadis S (mayo de 2014). "Biomarcadores moleculares y modelos de clasificación en la evaluación del pronóstico del cáncer colorrectal". Investigación contra el cáncer . 34 (5): 2061–8. PMID 24778007 . 
  45. ^ Boland CR, Thibodeau SN, Hamilton SR, Sidransky D, Eshleman JR, Burt RW, et al. (Noviembre de 1998). "Un taller del Instituto Nacional del Cáncer sobre la inestabilidad de microsatélites para la detección del cáncer y la predisposición familiar: desarrollo de criterios internacionales para la determinación de la inestabilidad de microsatélites en el cáncer colorrectal". Investigación del cáncer . 58 (22): 5248–57. PMID 9823339 . 
  46. ↑ a b Curtis C, Hereward J (29 de agosto de 2017). "De la escena del crimen a la sala del tribunal: el viaje de una muestra de ADN" . La conversación .
  47. ^ Antin JH, Childs R, Filipovich AH, Giralt S, Mackinnon S, Spitzer T, Weisdorf D (2001). "Establecimiento de quimerismo de donante completo y mixto después del trasplante linfohematopoyético alogénico: recomendaciones de un taller en las Reuniones en tándem de 2001 del Registro Internacional de Trasplante de Médula Ósea y la Sociedad Americana de Trasplante de Sangre y Médula" . Biología del trasplante de sangre y médula ósea . 7 (9): 473–85. doi : 10.1053 / bbmt.2001.v7.pm11669214 . PMID 11669214 . 
  48. ^ Ángel Carracedo. "Perfiles de ADN" . Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2001 . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  49. ↑ Lászik A, Brinkmann B, Sótonyi P, Falus A (2000). "Detección fluorescente automatizada de un multiplex de 10 loci para pruebas de paternidad". Acta Biologica Hungarica . 51 (1): 99-105. doi : 10.1007 / BF03542970 . PMID 10866366 . 
  50. ^ Ott J, Wang J, Leal SM (mayo de 2015). "Análisis de ligamiento genético en la era de la secuenciación del genoma completo" . Reseñas de la naturaleza. Genética . 16 (5): 275–84. doi : 10.1038 / nrg3908 . PMC 4440411 . PMID 25824869 .  
  51. ^ Pemberton TJ, DeGiorgio M, Rosenberg NA (mayo de 2013). "Estructura de la población en un conjunto de datos genómicos completos sobre la variación de microsatélites humanos" . G3 . 3 (5): 891–907. doi : 10.1534 / g3.113.005728 . PMC 3656735 . PMID 23550135 .  
  52. ↑ Manel S, Schwartz MK, Luikart G, Taberlet P (1 de abril de 2003). "Genética del paisaje: combinando la ecología del paisaje y la genética de poblaciones". Tendencias en Ecología y Evolución . 18 (4): 189-197. doi : 10.1016 / S0169-5347 (03) 00008-9 .
  53. ^ Spencer CC, Neigel JE, Leberg PL (octubre de 2000). "Evaluación experimental de la utilidad del ADN microsatélite para detectar cuellos de botella demográficos". Ecología molecular . 9 (10): 1517–28. doi : 10.1046 / j.1365-294x.2000.01031.x . PMID 11050547 . S2CID 22244000 .  
  54. ↑ Nielsen R (1 de enero de 2005). "Firmas moleculares de la selección natural" . Revisión anual de genética . 39 (1): 197–218. doi : 10.1146 / annurev.genet.39.073003.112420 . PMID 16285858 . S2CID 3063754 .  
  55. ^ Slatkin M (enero de 1995). "Una medida de subdivisión de la población basada en frecuencias alélicas de microsatélites" . Genética . 139 (1): 457–62. doi : 10.1093 / genetics / 139.1.457 . PMC 1206343 . PMID 7705646 .  
  56. ^ Kohn MH, York EC, Kamradt DA, Haught G, Sauvajot RM, Wayne RK (abril de 1999). "Estimación del tamaño de la población por genotipado de heces" . Actas. Ciencias biológicas . 266 (1420): 657–63. doi : 10.1098 / rspb.1999.0686 . PMC 1689828 . PMID 10331287 .  
  57. ^ Waits L, Taberlet P, Swenson JE, Sandegren F, Franzén R (abril de 2000). "Análisis de microsatélites de ADN nuclear de la diversidad genética y el flujo de genes en el oso pardo escandinavo (Ursus arctos)". Ecología molecular . 9 (4): 421–31. doi : 10.1046 / j.1365-294x.2000.00892.x . PMID 10736045 . S2CID 46475635 .  
  58. ^ Allendorf FW, Hohenlohe PA, Luikart G (octubre de 2010). "Genómica y el futuro de la genética de la conservación". Reseñas de la naturaleza. Genética . 11 (10): 697–709. doi : 10.1038 / nrg2844 . PMID 20847747 . S2CID 10811958 .  
  59. ^ Miah G, Rafii MY, Ismail MR, Puteh AB, Rahim HA, Islam K, Latif MA (noviembre de 2013). "Una revisión de los marcadores de microsatélites y sus aplicaciones en los programas de mejoramiento de arroz para mejorar la resistencia a las enfermedades causadas por explosiones" . Revista Internacional de Ciencias Moleculares . 14 (11): 22499–528. doi : 10.3390 / ijms141122499 . PMC 3856076 . PMID 24240810 .  
  60. ^ a b "Tecnología para la resolución de alelos STR" . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  61. ^ "La base de datos nacional de ADN" (PDF) . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  62. ^ "Comité selecto de la Cámara de los Lores sobre evidencia escrita de ciencia y tecnología" . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  63. ^ "FBI CODIS Core STR Loci" . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  64. ^ Mayordomo JM (2005). Tipificación forense de ADN: biología, tecnología y genética de marcadores STR, segunda edición . Nueva York: Elsevier Academic Press.
  65. ^ Griffiths, AJF, Miller, JF, Suzuki, DT, Lewontin, RC y Gelbart, WM (1996). Introducción al análisis genético, 5ª edición. WH Freeman, Nueva York .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
  66. ^ Queller DC, Strassmann JE, Hughes CR (agosto de 1993). "Microsatélites y parentesco". Tendencias en Ecología y Evolución . 8 (8): 285–8. doi : 10.1016 / 0169-5347 (93) 90256-O . PMID 21236170 . 
  67. ^ Kaukinen KH, Supernault KJ y Miller KM (2004). "Enriquecimiento de loci de microsatélites de tetranucleótidos de especies de invertebrados". Revista de investigación de mariscos . 23 (2): 621.Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
  68. ^ Tytgat, Olivier; Gansemans, Yannick; Weymaere, Jana; Rubben, Kaat; Deforce, Dieter; Van Nieuwerburgh, Filip (2020). "La secuenciación de nanoporos de un STR multiplex forense revela loci adecuados para la elaboración de perfiles STR de un solo colaborador" . Genes . 11 (4): 381. doi : 10.3390 / genes11040381 . PMID 32244632 . S2CID 214786277 .  
  69. ^ Dakin EE, Avise JC (noviembre de 2004). "Alelos nulos de microsatélites en el análisis de parentesco" . Herencia . 93 (5): 504–9. doi : 10.1038 / sj.hdy.6800545 . PMID 15292911 . 

Lectura adicional [ editar ]

  • Caporale LH (2003). "La selección natural y la aparición de un fenotipo de mutación: una actualización de la síntesis evolutiva considerando los mecanismos que afectan la variación del genoma" . Revisión anual de microbiología . 57 : 467–85. doi : 10.1146 / annurev.micro.57.030502.090855 . PMID  14527288 .
  • Kashi Y y col. (1997). "La secuencia simple se repite como fuente de variación genética cuantitativa". Trends Genet . 13 (2): 74–78. doi : 10.1016 / S0168-9525 (97) 01008-1 . PMID  9055609 .
  • Kinoshita Y, Saze H, Kinoshita T, Miura A, Soppe WJ, Koornneef M, Kakutani T (enero de 2007). "Control del silenciamiento del gen FWA en Arabidopsis thaliana por repeticiones directas relacionadas con SINE" . The Plant Journal . 49 (1): 38–45. doi : 10.1111 / j.1365-313X.2006.02936.x . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-38D2-5 . PMID  17144899 .
  • Li YC, Korol AB, Fahima T, Beiles A, Nevo E (diciembre de 2002). "Microsatélites: distribución genómica, funciones putativas y mecanismos mutacionales: una revisión" . Ecología molecular . 11 (12): 2453–65. doi : 10.1046 / j.1365-294X.2002.01643.x . PMID  12453231 .
  • Li YC, Korol AB, Fahima T, Nevo E (junio de 2004). "Microsatélites dentro de los genes: estructura, función y evolución" . Biología Molecular y Evolución . 21 (6): 991–1007. doi : 10.1093 / molbev / msh073 . PMID  14963101 .
  • Mattick JS (octubre de 2003). "Desafiando el dogma: la capa oculta de ARN que no codifican proteínas en organismos complejos". BioEssays . 25 (10): 930–9. CiteSeerX  10.1.1.476.7561 . doi : 10.1002 / bies.10332 . PMID  14505360 .
  • Meagher TR, Vassiliadis C (octubre de 2005). "Impactos fenotípicos del ADN repetitivo en plantas con flores" . El nuevo fitólogo . 168 (1): 71–80. doi : 10.1111 / j.1469-8137.2005.01527.x . PMID  16159322 .
  • Müller KJ, Romano N, Gerstner O, Garcia-Maroto F, Pozzi C, Salamini F, Rohde W (abril de 1995). "La mutación de la cebada Hooded causada por una duplicación en un intrón del gen homeobox". Naturaleza . 374 (6524): 727-30. Código bibliográfico : 1995Natur.374..727M . doi : 10.1038 / 374727a0 . PMID  7715728 . S2CID  4344876 .
  • Pumpernik D, Oblak B, Borstnik B (enero de 2008). "Deslizamiento de replicación versus tasas de mutación puntual en repeticiones cortas en tándem del genoma humano". Genética y Genómica Molecular . 279 (1): 53–61. doi : 10.1007 / s00438-007-0294-1 . PMID  17926066 . S2CID  20542422 .
  • Streelman JT, Kocher TD (2002). "Variación de microsatélites asociada con la expresión de prolactina y el crecimiento de la tilapia desafiada a la sal " . Physiol. Genómica . 9 (1): 1–4. doi : 10.1152 / fisiolgenómica.00105.2001 . PMID  11948285 . S2CID  8360732 .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
  • Vinces MD, Legendre M, Caldara M, Hagihara M, Verstrepen KJ (mayo de 2009). "Las repeticiones en tándem inestables en los promotores confieren capacidad de evolución transcripcional" . Ciencia . 324 (5931): 1213–6. Código Bibliográfico : 2009Sci ... 324.1213V . doi : 10.1126 / science.1170097 . PMC  3132887 . PMID  19478187 .

Enlaces externos [ editar ]

  • Acerca de los microsatélites:
    • Metodología de ADN microsatélite
    • MicrosatDB
    • Eremorph : recurso web para la predicción y el estudio de variaciones genéticas
  • Herramientas de búsqueda:
    • FireMuSat2 +
    • IMEx
    • Buscador de SSR imperfectos: encuentre SSR perfectos o imperfectos en secuencias FASTA .
    • JSTRING: búsqueda de Java para repeticiones en tándem en genomas
    • Buscador de repeticiones de microsatélites
    • MISA: herramienta de identificación de microsatélites
    • MREPATT
    • Mreps
    • Fobos, una herramienta de búsqueda de repetición en tándem para repeticiones perfectas e imperfectas, el tamaño máximo del patrón depende solo de la capacidad de cálculo
    • escuela politécnica
    • SciRoKo
    • Buscador de SSR
    • ESTRELLA
    • Buscador de repeticiones en tándem
    • TándemSWAN
    • TRED
    • TROLL
    • Repeticiones de pez cebra