Un editor de moléculas es un programa de computadora para crear y modificar representaciones de estructuras químicas .
Editores molécula puede manipular representaciones de estructuras químicas, ya sea en un simulado espacio de dos dimensiones o el espacio tridimensional , a través de 2D de gráficos de ordenador o de gráficos de ordenador en 3D , respectivamente. La salida bidimensional se utiliza como ilustraciones o para consultar bases de datos de productos químicos . La salida tridimensional se utiliza para construir modelos moleculares, generalmente como parte de paquetes de software de modelado molecular .
Los editores moleculares de bases de datos como Leatherface, [1] RECAP, [2] y Molecule Slicer [3] permiten que un gran número de moléculas se modifiquen automáticamente de acuerdo con reglas como "desprotonar ácidos carboxílicos" o "romper enlaces exocíclicos" que se pueden especificar. por un usuario.
Los editores de moléculas suelen admitir la lectura y escritura de al menos un formato de archivo o notación de línea . Los ejemplos de cada uno incluyen Molfile y la especificación de entrada de línea de entrada molecular simplificada (SMILES), respectivamente.
Los archivos generados por editores de moléculas se pueden mostrar mediante herramientas de gráficos moleculares .
Programas independientes
Programa | Desarrollador (es) | Licencia | Plataformas | Información | |
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ACD / ChemSketch | ACD / Labs | Propiedad | Ventanas | Una interfaz de dibujo químicamente inteligente que permite dibujar casi cualquier estructura química, incluidos los orgánicos, organometálicos, polímeros y estructuras Markush. versión gratuita disponible | |
Amira (software) | Visage Imaging Zuse Institute de Berlín | Propiedad | Windows, macOS , Linux | Versión de prueba de 14 días disponible | |
Diseñador Ascalaph | Molécula ágil | GNU GPL | Linux, Windows | freeware | |
Avogadro | Equipo del proyecto Avogadro | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | Visualizador, editor de moléculas 3D | |
BALLView | Equipo de proyecto BALL | GNU GPL - LGPL | Linux, macOS, Windows | visor, editor, herramienta de simulación | |
Bioclipse | Desarrolladores Bioclipse | EPL | multiplataforma | Basado en Java , Eclipse Rich Client Platform (RCP) | |
ChemDraw | PerkinElmer | Propiedad | macOS, Windows | Editar estructuras y reacciones químicas | |
Deneb | AtelGraphics | Propiedad | Linux, Windows | Versión de prueba disponible; Escritorio con interfaz gráfica de usuario fácil de usar para paquetes SIESTA, VASP, QE, etc. | |
ChemWindow | Wiley | Propiedad | Ventanas | disponible como parte del entorno de software KnowItAll; Freeware para investigación académica y docencia | |
Gabedit | Abdulrahman Allouche | BSD | Linux, macOS, Windows | Visualizador, editor de moléculas 3D | |
JChemPaint | GNU LGPL | multiplataforma | Editor de fórmulas estructurales 2D escrito en Java | ||
Entorno operativo molecular (MOE) | Grupo de Computación Química | Propiedad | Windows, Linux, Mac; Lenguaje de programación SVL | Plataforma para aplicaciones de modelado molecular / descubrimiento de fármacos, con dibujo y edición molecular en 3D, representación en 2D y conversión de 2D a 3D. | |
SANSÓN | Inria | Propiedad | Windows, Linux, macOS | Plataforma de software para nanociencia computacional integrada. Personalizado con SAMSON Elements (módulos para SAMSON) | |
espartano | Wavefunction, Inc. | Propiedad | Linux, macOS, Windows | ||
XDrawChem | GNU GPL | Linux, macOS, Windows | basado en OpenBabel |
Applets de Java
Applet | Desarrollador (es) | Licencia | Información |
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JChemPaint | GNU LGPL | Subprogramas del editor y del visor | |
Editor de moléculas JME | Peter Ertl | Propiedad | software gratuito disponible en Molinspiration ; Freeware para uso no comercial |
Editores insertables de JavaScript
Programa | Desarrollador | Navegador de escritorio IE6-7-8 | Navegador de escritorio otro | iPad | iPhone | Androide | Telefono windows | |
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Programa Kekulé | Laboratorio de Kekule.js | sí | sí | Desconocido | Desconocido | Desconocido | Desconocido | Publicado bajo la licencia MIT |
Ver también
- ChemSpider
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
- Software de diseño molecular
notas y referencias
- ^ Kenny, Peter W .; Sadowski, Jens (2005). "Modificación de estructura en bases de datos químicas". Quimioinformática en el descubrimiento de fármacos . Métodos y principios en química medicinal. págs. 271-285 . doi : 10.1002 / 3527603743.ch11 . ISBN 9783527307531.
- ^ Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B .; Watson, Stephen P .; Hann, Michael M. (1998). "Procedimiento de análisis combinatorio RECAP-retrosintético: una nueva y poderosa técnica para identificar fragmentos moleculares privilegiados con aplicaciones útiles en química combinatoria". Revista de Información Química y Ciencias de la Computación . 38 (3): 511-522. doi : 10.1021 / ci970429i . PMID 9611787 .
- ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G .; Higgs, Richard E .; Watson, Ian A .; Robertson, Daniel H .; Savin, Kenneth A .; Durst, Gregory L .; Hipskind, Philip A. (2004). "Propiedades físicas características y fragmentos estructurales de los fármacos orales comercializados". Revista de química medicinal . 47 (1): 224–232. doi : 10.1021 / jm030267j . PMID 14695836 .
enlaces externos
- Entrada de estructura molecular en la web
- The Chemical Structure Editor: Bridging Chemistry and Cheminformatics