Ascalaph Designer es un programa de computadora para modelado molecular de propósito general para diseño y simulaciones moleculares. Proporciona un entorno gráfico para los programas comunes de modelado molecular cuántico y clásico ORCA , NWChem , Firefly , CP2K y MDynaMix [1] . [2] Los cálculos de mecánica molecular cubren la construcción de modelos, optimizaciones de energía y dinámica molecular . Firefly (anteriormente llamado PC GAMESS) [3] [4] [5] cubre una amplia gama de química cuánticamétodos. Ascalaph Designer es un software gratuito y de código abierto , publicado bajo la Licencia Pública General GNU, versión 2 (GPLv2). [6]
Autor (es) original (es) | Alexei Nikitin |
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Desarrollador (es) | Molécula ágil |
Lanzamiento estable | 1.8.94 / 3 de diciembre de 2015 |
Escrito en | C ++ |
Sistema operativo | Ventanas |
Plataforma | x86 |
Tamaño | 138,9 MB |
Disponible en | inglés |
Tipo | Modelado molecular |
Licencia | GNU GPL y otros, incluido Code Project Open License |
Sitio web | www |
Caracteristicas clave
- Construcción de modelos moleculares : polímeros, nanotubos, proteínas, ácidos nucleicos
- AMBAR - OPLS campo de fuerza de la familia
- Optimización de geometría
- Dinámica molecular
- Química cuántica
- Modelo de agua flexible SPC [7]
Usos
- Ácidos nucleicos [8]
- Proteínas
- Modelado de bicapas lipídicas [9]
- Polielectrolitos [10]
- Líquidos iónicos [11] [12]
- Propiedades termodinámicas de los líquidos [13]
- Desarrollo del campo de fuerza química [14]
Ver también
- Lista de software para el modelado de mecánica molecular
- Software de diseño molecular
- Editor de moléculas
- Abulón
Referencias
- ^ APLyubartsev, A. Laaksonen (2000). "MDynaMix - Un paquete de simulación MD paralelo portátil escalable para mezclas moleculares arbitrarias". Comunicaciones de Física Informática . 128 (3): 565–589. Código Bibliográfico : 2000CoPhC.128..565L . doi : 10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9 .
- ^ APLyubartsev, A. Laaksonen (1998). "Simulaciones de dinámica molecular paralela de sistemas biomoleculares". Computación paralela aplicada Problemas científicos e industriales a gran escala . Apuntes de conferencias en informática. 1541 . Heidelberg: Springer Berlín. págs. 296-303. doi : 10.1007 / BFb0095310 . ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490 .
- ^ Química computacional , David Young, Wiley-Interscience, 2001. Apéndice AA2.3 pg 334, GAMESS
- ^ MW Schmidt; et al. (1993). "Sistema General de Estructura Electrónica Atómica y Molecular". J. Comput. Chem . 14 (11): 1347-1363. doi : 10.1002 / jcc.540141112 . S2CID 3358041 .
- ^ MS Gordon y MW Schmidt, Avances en la teoría de la estructura electrónica: GAMESS una década después , en Teoría y aplicaciones de la química computacional, los primeros 40 años , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim y GE Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
- ^ http://sourceforge.net/projects/asc-designer/
- ^ Toukan K, Rahman A (1985). "Estudio de dinámica molecular de los movimientos atómicos en el agua". Physical Review B . 31 (5): 2643–2648. Código Bibliográfico : 1985PhRvB..31.2643T . doi : 10.1103 / PhysRevB.31.2643 . PMID 9936106 .
- ^ Y. Cheng, N. Korolev y L. Nordenskiöld (2006). "Similitudes y diferencias en la interacción de K + y Na + con ADN ordenado condensado. Un estudio de simulación por computadora de dinámica molecular" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (2): 686–696. doi : 10.1093 / nar / gkj434 . PMC 1356527 . PMID 16449204 .
- ^ C.-J. Högberg; AMNikitin y AP Lyubartsev (2008). "Modificación del campo de fuerza CHARMM para la bicapa lipídica de DMPC". Revista de Química Computacional . 29 (14): 2359–2369. doi : 10.1002 / jcc.20974 . PMID 18512235 . S2CID 8599984 .
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- ^ X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). "Simulación de dinámica molecular de mezcla líquida iónica a temperatura ambiente de [bmim] [BF 4 ] y acetonitrilo mediante un campo de fuerza refinado". Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Código Bibliográfico : 2005PCCP .... 7.2771W . doi : 10.1039 / b504681p . PMID 16189592 .
- ^ T. Kuznetsova y B. Kvamme (2002). "Propiedades termodinámicas y tensión interfacial de un sistema modelo agua-dióxido de carbono". Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937–941. Código bibliográfico : 2002PCCP .... 4..937K . doi : 10.1039 / b108726f .
- ^ AM Nikitin y AP Lyubartsev (2007). "Un nuevo modelo de acetonitrilo de seis sitios para simulaciones de acetonitrilo líquido y su mezcla acuosa". J. Comput. Chem . 28 (12): 2020-2026. doi : 10.1002 / jcc.20721 . PMID 17450554 . S2CID 5333395 .
enlaces externos
- Página web oficial
- FuenteForge
- Gorjeo