De Wikipedia, la enciclopedia libre
Ir a navegaciónSaltar a buscar

El análisis VNTR de múltiples loci ( MLVA ) es un método empleado para el análisis genético de microorganismos particulares, como bacterias patógenas, que aprovecha el polimorfismo de secuencias de ADN repetidas en tándem. Un " VNTR " es una "repetición en tándem de número variable". Este método es bien conocido en la ciencia forense ya que es la base de la toma de huellas dactilares de ADN en humanos. Cuando se aplica a las bacterias, contribuye a la microbiología forense.a través del cual la fuente de una cepa particular podría eventualmente ser rastreada, convirtiéndola en una técnica útil para la vigilancia de brotes. En una MLVA típica, varios loci bien seleccionados y caracterizados (en términos de tasa de mutación y diversidad) se amplifican mediante la reacción en cadena de la polimerasa ( PCR ), de modo que se pueda medir el tamaño de cada locus, generalmente mediante electroforesis de la amplificación. productos junto con fragmentos de ADN de referencia (un llamado marcador de tamaño de ADN). Se pueden usar diferentes equipos de electroforesis dependiendo de la precisión de estimación de tamaño requerida y la configuración del laboratorio local, desde la electroforesis básica en gel de agarosa hasta los dispositivos de electroforesis capilar más sofisticados y de alto rendimiento. [1]A partir de esta estimación de tamaño, se puede deducir el número de unidades repetidas en cada locus. La información resultante es un código que se puede comparar fácilmente con las bases de datos de referencia una vez que el ensayo se ha armonizado y estandarizado. [2] [3] MLVA se ha convertido en una importante herramienta de tipificación de primera línea en una serie de patógenos donde tal armonización podría lograrse, incluyendo Mycobacterium tuberculosis , [4] Bacillus anthracis , [5] Brucella . [6] [7]

Algunos sitios web asociados a MLVA

Software para análisis de datos MLVA

  • GeneMapper Un software comercial para la normalización y llamada de tamaño de picos de una determinada marca de máquinas de electroforesis capilar.
  • BioNumerics Una solución bioinformática comercial para almacenar y analizar un gran panel de datos biológicos, incluido MLVA y, en general, conjuntos de datos de caracteres. Se puede realizar la normalización, llamada de tamaño, corrección de tamaño, asignación de número de repeticiones y análisis de grupos en datos MLVA.

Referencias

  1. ^ Vergnaud G, Pourcel C (2009). "Número variable de locus múltiple de análisis de repeticiones en tándem". Methods Mol. Biol . 551 : 141–58. doi : 10.1007 / 978-1-60327-999-4_12 . PMID  19521873 .
  2. ^ Grissa I, Bouchon P, Pourcel C, Vergnaud G (2008). "Recursos en línea para estudios de microevolución bacteriana mediante tipificación MLVA o CRISPR". Biochimie . 90 (4): 660–8. doi : 10.1016 / j.biochi.2007.07.014 . PMID 17822824 . 
  3. ^ Nadon CA, Trees E, Ng LK, Møller Nielsen E, Reimer A, Maxwell N, Kubota KA, Gerner-Smidt P, el Grupo de trabajo de armonización de MLVA (2013). "Desarrollo y aplicación de métodos MLVA como herramienta de vigilancia interlaboratorios" (PDF) . Euro Surveill . 18 (35): 20565. doi : 10.2807 / 1560-7917.es2013.18.35.20565 . PMID 24008231 . Archivado desde el original (PDF) el 10 de noviembre de 2014 . Consultado el 9 de octubre de 2013 .  
  4. ^ Blouin Y, Hauck Y, Soler C, Fabre M, Vong R, Dehan C, Cazajous G, Massoure PL, Kraemer P, Jenkins A, Garnotel E, Pourcel C, Vergnaud G (2012). "Importancia de la identificación en el Cuerno de África de un clado de Mycobacterium tuberculosis de ramificación excepcionalmente profunda " . PLOS ONE . 7 (12): e52841. doi : 10.1371 / journal.pone.0052841 . PMC 3531362 . PMID 23300794 .  
  5. ^ Thierry S, Tourterel C, Le Flèche P, Derzelle S, Dekhil N, Mendy C, Colaneri C, Vergnaud G, Madani N (2014). "Genotipado de cepas francesas de Bacillus anthracis basado en análisis VNTR de múltiples locus de 31 loci: epidemiología, evaluación de marcadores y actualización de la base de datos de genotipos de Internet" . PLOS ONE . 9 (6): e95131. doi : 10.1371 / journal.pone.0095131 . PMC 4046976 . PMID 24901417 .  
  6. ^ Scholz HC, Vergnaud G (2013). "Caracterización molecular de especies de Brucella ". Rev. Sci. Tech . 32 (1): 149–62. doi : 10.20506 / rst.32.1.2189 . PMID 23837373 . 
  7. ^ Lindstedt BA, Torpdahl M, Vergnaud G, Le Hello S, Weill FX, Tietze E, Malorny B, Prendergast DM, Ní Ghallchoir E, Lista RF, Schouls LM, Söderlund R, Börjesson S, Åkerström S (2013). "Uso de análisis de repetición en tándem de número variable de multilocus (MLVA) en ocho países europeos, 2012" . Euro Surveill . 18 (4): 20385. PMID 23369388 .