Dinámica molecular a nanoescala ( NAMD , anteriormente Not Another Molecular Dynamics Program ) [1] es un software de computadora para simulación de dinámica molecular , escrito usando el modelo de programación en paralelo Charm ++ . Se destaca por su eficiencia paralela y se utiliza a menudo para simular grandes sistemas (millones de átomos ). [2] Ha sido desarrollado con la colaboración del Grupo de Biofísica Teórica y Computacional (TCB) y el Laboratorio de Programación Paralela (PPL) de la Universidad de Illinois en Urbana – Champaign .
Desarrollador (es) | Universidad de Illinois en Urbana – Champaign : Grupo de Biofísica Teórica y Computacional (TCB), Laboratorio de Programación Paralela (PPL) |
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Versión inicial | 1995 |
Lanzamiento estable | 2.14 / 5 de agosto de 2020 |
Repositorio | |
Escrito en | C ++ |
Sistema operativo | Multiplataforma : Windows , Linux , macOS , Unix |
Plataforma | x86 , x86-64 |
Disponible en | inglés |
Tipo | Simulación de dinámica molecular |
Licencia | Software gratuito y patentado para uso no comercial |
Sitio web | www |
Fue introducido en 1995 por Nelson et al. como un código de dinámica molecular paralelo que permite la simulación interactiva mediante la vinculación al código de visualización VMD. Desde entonces, NAMD ha madurado, agregando muchas características y escalando más allá de los 500,000 núcleos de procesador. [3]
NAMD tiene una interfaz para los paquetes de química cuántica ORCA y MOPAC , así como una interfaz programada para muchos otros paquetes cuánticos. [4] Junto con Visual Molecular Dynamics (VMD) y QwikMD, [5] la interfaz de NAMD proporciona acceso a simulaciones híbridas QM / MM en una suite integrada, completa, personalizable y fácil de usar. [6]
NAMD está disponible como software gratuito para uso no comercial por parte de individuos, instituciones académicas y corporaciones para usos comerciales internos.
Ver también
Referencias
- ^ "Flexibilidad e interoperabilidad en un código de dinámica molecular paralela" (posdata) .
- ^ "NAMD un programa de dinámica molecular orientada a objetos paralelos" (PDF) .
- ^ "NAMD: dinámica molecular escalable" . Grupo de Biofísica Teórica y Computacional (TCB) . Universidad de Illinois en Urbana-Champaign . Consultado el 1 de agosto de 2016 .
- ^ "Híbrido QM / MM NAMD" . Grupo de Biofísica Teórica y Computacional (TCB) . Universidad de Illinois en Urbana-Champaign . Consultado el 26 de marzo de 2018 .
- ^ "QwikMD - Kit de herramientas de dinámica molecular integrativa para principiantes y expertos" . Informes científicos . Consultado el 24 de mayo de 2016 .
- ^ "NAMD se vuelve cuántico: una suite integradora para simulaciones híbridas" . Métodos de la naturaleza . Consultado el 26 de marzo de 2018 .
enlaces externos
- Sitio web oficial , en el sitio web de TCB
- Página de NAMD en el sitio web de PPL
- NAMD en GPU