Comparación de software para modelado de mecánica molecular

Esta es una lista de programas de computadora que se utilizan predominantemente para cálculos de mecánica molecular .

• GPU - GPU acelerado
• Yo - tiene interfaz
• Imp - Agua implícita
• MC - Montecarlo
• MD - Dinámica molecular
• Min - Optimización
• QM - Mecánica cuántica
• REM: método de intercambio de réplicas

Nombre	Ver 3D	Constructor de modelos	Min	Maryland	MC	movimiento rápido del ojo	QM	Diablillo	GPU	Comentarios	Licencia	Sitio web
Abulón	sí	sí	sí	sí	sí	sí	I	sí	sí	Simulaciones biomoleculares, plegamiento de proteínas.	Propietario , gratuito, comercial	Molécula ágil
ADF	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	sí	sí	Suite de modelado: ReaxFF , UFF, QM-MM con campos de fuerza Amber y Tripos, DFT y métodos semi-empíricos , análisis conformacional con RDKit; parcialmente acelerado por GPU	Prueba patentada , comercial y gratuita	SCM
Diseñador Ascalaph	sí	sí	sí	sí	sí	sí	I	sí	sí	Construcción molecular (ADN, proteínas, hidrocarburos, nanotubos), dinámica molecular, aceleración GPU	Mixto: código abierto gratuito ( GNU GPL ) y comercial	Proyecto Ascalaph
Avogadro	sí	sí	sí	No	No	No	I	No	No	Construcción de moléculas, edición (péptidos, moléculas pequeñas, cristales), análisis conformacional, conversión 2D / 3D; interfaces extensibles a otras herramientas	GNU GPL de código abierto gratuito	Avogadro
PATRÓN	No	No	sí	No	sí	No	sí	No	No	OPLS	Propiedad	Universidad de Yale
CHARMM	No	sí	sí	sí	sí	I	I	sí	sí	BIOVIA (como CHARMm), anteriormente Accelrys, vende la versión comercial con múltiples interfaces gráficas .	Propietario , comercial	charmm.org
CHEMKIN	No	No	No	No	No	No	No	No	No	Cinética de reacción química.	Propiedad	CHEMKIN
CP2K	No	No	sí	sí	sí	No	sí	sí	sí	CP2K puede realizar simulaciones atomísticas y moleculares de sistemas de estado sólido, líquidos y biológicos.	GNU GPLv2 de código abierto gratuito o posterior	CP2K
Desmond	sí	sí	sí	sí	No	sí	No	No	sí	MD de alto rendimiento; tiene una interfaz gráfica de usuario completa para crear, visualizar y revisar los resultados y la configuración y el lanzamiento de los cálculos	Propietario , comercial o gratuito	DE Shaw Research Schrödinger
Estudio Discovery	sí	sí	sí	sí	sí	No	sí	sí	sí	Conjunto completo de aplicaciones de modelado y simulación de ciencias de la vida centradas en la optimización del proceso de descubrimiento de fármacos: simulaciones de moléculas pequeñas, QM-MM, modelado de farmacóforos, QSAR, acoplamiento proteína-ligando, modelado de homología de proteínas, análisis de secuencias, acoplamiento proteína-proteína, modelado de anticuerpos, etc. .	Propietario , prueba disponible	Dassault Systèmes BIOVIA (anteriormente Accelrys)
pliegue.	Y / I	sí	sí	sí	sí	sí	I	No	No	Universidad de Washington y The Baker Labs; predicción de estructura, plegamiento de proteínas	Propietario , comercial o gratuito	página de descarga de fold.it
FoldX	I	sí	sí	No	No	No	No	No	No	Cálculos de energía, diseño de proteínas.	Propietario , comercial o gratuito	CRG
GROMACS	No	No	sí	sí	No [1]	sí	I	Sí [2]	sí	MD de alto rendimiento	GNU GPL de código abierto gratuito	gromacs.org
GROMOS	No	No	sí	sí	sí	sí	No	sí	sí	Destinado a biomoléculas	Propietario , comercial	Sitio web de GROMOS
LAMPARAS	sí	sí	sí	sí	sí	sí	I	sí	sí	Tiene potencial para materiales blandos y de estado sólido y sistemas de grano grueso.	Código abierto gratuito , GNU GPLv2	Sandia
MacroModel	sí	sí	sí	sí	sí	No	I	sí	No	OPLS-AA, MMFF, modelo de solvente GBSA, muestreo conformacional, minimización, MD. Incluye la GUI de Maestro que proporciona visualización, construcción de moléculas, configuración de cálculos, lanzamiento y monitoreo de trabajos, organización de resultados a nivel de proyecto, acceso a un conjunto de otros programas de modelado.	Propiedad	Schrödinger
MAPAS [3]	sí	sí	sí	sí	sí	sí	sí	No	sí	Creación, visualización y análisis de herramientas en una sola interfaz de usuario, con acceso a múltiples motores de simulación.	Propietario , prueba disponible	Ciencia
Estudio de materiales	sí	sí	sí	sí	sí	No	sí	sí	No	Entorno que lleva la tecnología de simulación de materiales a la computación de escritorio, resolviendo problemas clave en los procesos de I + D	Propietario , prueba disponible	Dassault Systèmes BIOVIA (anteriormente Accelrys)
MBN Explorer [4] + MBN Studio	sí	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	sí	Campos de fuerza CHARMM estándar y reactivos; modelador molecular (nanomateriales de carbono, biomoléculas, nanocristales); biblioteca explícita de ejemplos	Prueba patentada y gratuita disponible	Centro de investigación MBN
MDynaMix	No	No	No	sí	No	No	No	No	No	MD paralelo	GNU GPL de código abierto gratuito	Universidad de Estocolmo
MOE	sí	sí	sí	sí	No	No	I	sí	No	Entorno operativo molecular (MOE)	Propiedad	Grupo de Computación Química
Orac	No	No	sí	sí	No	sí	No	sí	No	Programa de simulación de dinámica molecular para explorar superficies de energía libre en sistemas biomoleculares a nivel atómico	Código abierto gratuito	Página de descarga de Orac
NAMD + VMD	sí	sí	sí	sí	No	sí	I	sí	sí	MD paralelo rápido, CUDA	Código fuente patentado , de uso académico gratuito	Instituto Beckman
NWChem	No	No	sí	sí	No	No	sí	No	No	Software de química computacional de alto rendimiento, que incluye mecánica cuántica, dinámica molecular y métodos combinados QM-MM	Código abierto gratuito , licencia de comunidad educativa versión 2.0	NWChem
Programa de optimización local de proteínas	No	sí	sí	sí	sí	No	No	No	No	Optimización de hélice, bucle y cadena lateral, minimización de energía rápida	Propiedad	Wiki de PLOP
Q	No	No	No	sí	No	No	No	No	No	(I) Simulaciones de perturbación de energía libre (FEP), (II) enlace de valencia empírico (EVB), cálculos de energías libres de reacción, (III) cálculos de energía de interacción lineal (LIE) de afinidades de unión receptor-ligando	GNU GPLv2 de código abierto gratuito o posterior	Q
SANSÓN	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	No	No	Nanociencia computacional (ciencias de la vida, materiales, etc.). Arquitectura modular, módulos denominados SAMSON Elements	Propietario , gratis	SAMSON Connect
Scigress	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	sí	No	MM , DFT , métodos semiempíricos , MD en paralelo , análisis conformacional, SCF de escala lineal, ligando de proteína de acoplamiento , procesamiento por lotes , cribado virtual , constructores automatizados (dinámica molecular, proteínas, cristales)	Propiedad	SCIGRESS.com
espartano	sí	sí	sí	No	sí	No	sí	sí	No	Herramientas de MM y QM de molécula pequeña (<2000 amu) para determinar la conformación, estructura, propiedad, espectros, reactividad y selectividad.	Prueba patentada y gratuita disponible	Wavefunction, Inc.
TeraChem	No	No	sí	sí	No	No	sí	No	sí	Dinámica molecular ab initio acelerada por GPU de alto rendimiento y paquete de software TD / DFT para sistemas moleculares muy grandes o incluso a nanoescala . Se ejecuta en GPU NVIDIA y Linux de 64 bits , tiene un código CUDA altamente optimizado .	Licencias de prueba patentadas disponibles	PetaChem LLC
GITANO	I	sí	sí	sí	sí	I	I	sí	sí	Herramientas de software para diseño molecular-Tinker-OpenMM [5] Herramientas de software para diseño molecular-Tinker-HP [6]	Propietario , gratis	Universidad de Washington
Tremolo-X	I	No	sí	sí	No	No	No	No	No	MD paralelo rápido	Propiedad	Tremolo-X
Quimera UCSF	sí	sí	sí	No	No	No	No	No	No	Visor visualmente atractivo, rotámeros de aminoácidos y otros edificios, incluye Antechamber y MMTK, complementos de Ambertools en desarrollo.	Uso académico gratuito y patentado	Universidad de California
YASARA	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	No	sí	Gráficos moleculares, modelado, simulación.	Propiedad	YASARA.org

Ver también

• Dinámica molecular Car – Parrinello
• Comparación de implementaciones de campos de fuerza
• Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
• Lista de sistemas de gráficos moleculares
• Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
• Lista de software de química cuántica y física del estado sólido
• Lista de software para el modelado molecular de Monte Carlo
• Lista de software para el modelado de nanoestructuras
• Software de diseño molecular
• Dinámica molecular
• Modelado molecular en GPU
• Editor de moléculas

Notas y referencias

1. Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). "Predicción de la orientación de la proteína G B1 en superficies hidrofóbicas mediante simulaciones de Monte Carlo" . Biointerfases . 12 (2): 02D401. doi : 10.1116 / 1.4971381 . PMC  5148762 . PMID  27923271 .
2. Implicit Solvent - Gromacs Archivado el 29 de julio de 2014 en Wayback Machine.
3. "MAPAS" . Archivado desde el original el 28 de noviembre de 2019 . Consultado el 14 de noviembre de 2016 .
4. IA Solov'yov, AV Yakubovich, PV Nikolaev, I. Volkovets, AV Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer - un programa universal para simulaciones por computadora multiescala de estructura molecular compleja y dinámica". J. Comput. Chem . 33 (30): 2412–2439. doi : 10.1002 / jcc.23086 . PMID 22965786 . 
5. M. Harger, D. Li, Z. Wang, K. Dalby, L. Lagardère, J.-P. Piquemal, J. Ponder, P. Ren (2017). "Tinker-OpenMM: Energías libres alquímicas absolutas y relativas usando AMOEBA en GPUs" . Revista de Química Computacional . 38 (23): 2047-2055. doi : 10.1002 / jcc.24853 . PMC 5539969 . PMID 28600826 .  
6. L. Lagardère, L.-H. Jolly, F. Lipparini, F. Aviat, B. Stamm, ZF Jing, M. Harger, H. Torabifard, GA Cisneros, MJ Schnieders, N. Gresh, Y. Maday, PY Ren, JW Ponder, J.-P. Piquemal (2018). "Tinker-HP: un paquete de dinámica molecular masivamente paralelo para simulaciones multiescala de grandes sistemas complejos con campos de fuerza polarizables de dipolo de punto avanzado" . Ciencia química . 9 (4): 956–972. doi : 10.1039 / C7SC04531J . PMC 5909332 . PMID 29732110 .  

Enlaces externos

• SINCRIS
• Linux4Química
• Proyecto Computacional Colaborativo
• Índice mundial de recursos de visualización molecular
• Lista corta de recursos de modelado molecular
• OpenScience
• Banco de datos de resonancia magnética biológica
• Modelado de materiales y códigos de simulación por computadora
• Algunos consejos sobre dinámica molecular