Newbler es un paquete de software para el ensamblaje de secuencias de ADN de novo . Está diseñado específicamente para ensamblar datos de secuencia generados por la serie 454 GS de plataformas de pirosecuenciación vendidas por 454 Life Sciences , una empresa de Roche Diagnostics . [1]
Desarrollador (es) | 454 Ciencias de la vida |
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Lanzamiento estable | v2.7 / 28 de febrero de 2012 |
Sistema operativo | Linux i386 / x86_64 |
Tipo | Bioinformática |
Licencia | Comercial |
Uso
Newbler puede ejecutarse a través de una GUI de Java (gsAssembler) o la línea de comandos (runAssembly). Funciona de forma nativa con la salida de datos .SFF del secuenciador, pero también puede aceptar archivos FASTA , que contienen secuencias de nucleótidos, con o sin información de calidad, y archivos FASTQ . Utilizará datos de secuencia de Sanger más antiguos si se formatea adecuadamente para ayudar en el montaje y el andamiaje.
Ver también
Referencias
- ^ Genivaldo, GZ; Silva, Bas E; Dutilh, David; Matthews, Keri; Elkins, Robert; Schmieder, Elizabeth A; Dinsdale, Robert A. Edwards (2013). "Combinando ensamblaje de novo y guiado por referencia con scaffold_builder" . Código fuente Biomed Central . 8 (23): 23. doi : 10.1186 / 1751-0473-8-23 . PMC 4177539 . PMID 24267787 .