Orientaciones de proteínas en membranas ( OPM ) de base de datos proporciona posiciones espaciales de proteínas de membrana estructuras con respecto a la bicapa lipídica . [1] [2] [3] [4] Las posiciones de las proteínas se calculan utilizando un modelo de solvatación implícito de la bicapa lipídica. [5] [6] Los resultados de los cálculos se verificaron con estudios experimentales de disposición espacial de proteínas transmembrana y periféricas en membranas. [4] [7] [8] [9] [10] [11] [12]
Contenido | |
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Descripción | La base de datos proporciona la disposición espacial de las proteínas en la bicapa lipídica. |
Tipos de datos capturados | Estructuras proteicas del PDB |
Organismos | Todas |
Contacto | |
Centro de Investigación | Facultad de Farmacia de la Universidad de Michigan |
Cita primaria | PMID 16397007 |
Fecha de lanzamiento | 2005 |
Acceso | |
Formato de datos | formato PDB modificado |
Sitio web | http://opm.phar.umich.edu |
URL de descarga | Archivos OPM |
Herramientas | |
Web | Servidor para calcular posiciones de proteínas en membranas |
Diverso | |
Licencia | CC-BY 3.0 |
Versión | 2.0 |
Política de curación | Curado |
Las estructuras de proteínas se obtienen del Protein Data Bank . OPM también proporciona clasificación estructural de proteínas asociadas a la membrana en familias y superfamilias, topología de membrana , estructura cuaternaria de proteínas en estado de unión a membrana y el tipo de membrana de destino para cada proteína. Los archivos de coordenadas con límites de membrana calculados se pueden descargar. El sitio permite la visualización de estructuras de proteínas con planos limítrofes de membrana a través de Jmol .
La base de datos se utilizó ampliamente en estudios experimentales y teóricos de proteínas asociadas a la membrana. [13] [14] [15] [16] [17] Sin embargo, las estructuras de muchas proteínas asociadas a la membrana no se incluyen en la base de datos si su disposición espacial en la membrana no se puede predecir computacionalmente a partir de la estructura tridimensional. Este es el caso cuando todas las partes de las proteínas de anclaje a la membrana ( hélices alfa anfifílicas , residuos no polares expuestos o residuos de aminoácidos lipidados ) faltan en las estructuras experimentales. [4] La base de datos tampoco incluye estructuras de menor resolución con solo los átomos de la cadena principal proporcionados por el Protein Data Bank . Los arreglos espaciales calculados de las estructuras proteicas de menor resolución en la bicapa lipídica se pueden encontrar en otros recursos, como PDBTM. [18]
Referencias
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