PHYLogeny Inference Package ( PHYLIP ) es un paquete filogenético computacional gratuito de programas para inferir árboles evolutivos ( filogenias ). [1] Se compone de 35 portátiles programas, es decir, el código fuente está escrito en el lenguaje de programación C . A partir de la versión 3.696, tiene licencia como software de código abierto ; las versiones 3.695 y anteriores eran software gratuito propietario . Las versiones se producen como código fuente y como ejecutables precompilados para muchos sistemas operativos, incluido Windows.(95, 98, ME, NT, 2000, XP, Vista), Mac OS 8 , Mac OS 9 , OS X , Linux ( Debian , Red Hat ); y FreeBSD de FreeBSD.org. [2] La documentación completa está escrita para todos los programas en el paquete y se incluye en el mismo. El autor del paquete es el profesor Joseph Felsenstein , del Departamento de Ciencias del Genoma y del Departamento de Biología de la Universidad de Washington , Seattle. [3]
Los métodos (implementados por cada programa) que están disponibles en el paquete incluyen parsimonia , matriz de distancia y métodos de verosimilitud , incluidos bootstrapping y árboles de consenso. Los tipos de datos que se pueden manejar incluyen secuencias moleculares , frecuencias de genes, sitios de restricción y fragmentos, matrices de distancia y caracteres discretos. [2]
Cada programa se controla a través de un menú, que pregunta a los usuarios qué opciones quieren configurar y les permite iniciar el cálculo. Los datos se leen en el programa desde un archivo de texto, que el usuario puede preparar usando cualquier procesador de texto o editor de texto (pero este archivo de texto no puede estar en el formato especial de ese procesador de texto, debe estar en ASCII plano o solo texto formato). Algunos programas de análisis de secuencias, como el programa de alineación Clustal W, pueden escribir archivos de datos en formato PHYLIP. La mayoría de los programas buscan los datos en un archivo llamado infile . Si no encuentran este archivo, le piden al usuario que escriba el nombre del archivo de datos. [2]
La salida se escribe en archivos con nombres como outfiley outtree. Los árboles en los que outtreese escribe están en formato Newick , un estándar informal acordado en 1986 por los autores de siete paquetes importantes de filogenia.
La conversión entre el formato de alineación de secuencia múltiple PHYLIP y el formato Multi- FASTA se puede realizar con Genozip [5] usando genocat --fasta o genocat --phylip