Coordenadas :37 ° 28′43 ″ N 122 ° 09′03 ″ O / 37.4787 ° N 122.1507 ° W
Pacific Biosciences of California, Inc. es una empresa estadounidense de biotecnología fundada en 2004 que desarrolla y fabrica sistemas para la secuenciación de genes y algunas observaciones biológicas novedosas en tiempo real. [2] [3] [ verificación fallida ] PacBio describe su plataforma como secuenciación en tiempo real de una sola molécula (SMRT), basada en las propiedades de las guías de onda de modo cero .
Tipo | Público |
---|---|
Negociado como | Nasdaq : Componente PACB Russell 2000 |
Industria | Biotecnología |
Fundado | 2004 |
Sede | , Estados Unidos |
Gente clave |
|
Ingresos | US $ 90,9 millones (2019) [1] |
Número de empleados | 400 |
Sitio web | pacificbiosciences |
Historia
La empresa se fundó sobre la base de una investigación realizada en la Universidad de Cornell que combinó el procesamiento de semiconductores y la fotónica con la investigación en biotecnología. [2] Tres estudiantes graduados en el laboratorio de los profesores Watt W. Webb - Jonas Korlach - y Harold Craighead - Steve Turner y Mathieu Foquet - se convirtieron en los primeros empleados.
Comenzó con el nombre de Nanofluidics, Inc. La compañía recaudó casi US $ 400.000.000 en seis rondas de financiamiento principalmente de capital de riesgo , lo que la convirtió en una de las startups más capitalizadas en 2010 antes de su oferta pública en octubre de ese año. [4] Entre los inversores clave se encontraban Mohr Davidow Ventures, Kleiner, Perkins, Caufield & Byers , Alloy Ventures y Wellcome Trust . [2]
El primer producto comercial de la compañía, PacBio RS, se vendió a un grupo limitado de clientes en 2010 y se lanzó comercialmente a principios de 2011. [5] [6] Una versión posterior del secuenciador llamada PacBio RS II fue lanzada en abril de 2013 . [7] el 25 de septiembre 2013 al asociación entre Pacific Biosciences y Roche Diagnostics se anunció para el desarrollo de diagnóstico in vitro de productos utilizando la tecnología, con Roche proporcionar US $ 75.000.000 en el trato. [8] [9] En 2015, la compañía lanzó un nuevo instrumento de secuenciación llamado Sequel System con aproximadamente 7 veces más capacidad que el PacBio RS II. [10] Luego, en abril de 2019, la compañía lanzó el sistema Sequel II con un aumento adicional de 8 veces en el rendimiento. [11] En octubre de 2020, la compañía anunció el Sequel IIe, que agregó el cálculo de consenso a bordo al instrumento de secuenciación para que las secuencias de ADN producidas ya estén corregidas para su precisión. [12]
Liderazgo
En 2004, el empresario residente de Kleiner Perkin, Hugh Martin, se convirtió en director ejecutivo. El 6 de enero de 2012, Michael Hunkapiller, PhD, miembro de la junta directiva asumió el cargo de CEO. [13] Hunkapiller se retiró en septiembre de 2020 y fue reemplazado por el presidente de la junta, Christian Henry. [14] Henry fue un ex vicepresidente ejecutivo y director comercial de Illumina antes de unirse a la junta de PacBio en julio de 2018. [15]
Hacerlo público
En una oferta pública inicial el 27 de octubre de 2010, Pacific Biosciences vendió 12.500.000 acciones a un precio de $ 16 por acción y recaudó aproximadamente $ 200 millones. Las acciones cotizan en NASDAQ bajo el símbolo PACB. [dieciséis]
Illumina
El 1 de noviembre de 2018, Illumina, Inc. acordó comprar PacBio por US $ 1.2 mil millones en efectivo. Se esperaba que el acuerdo se cerrara en el cuarto trimestre de 2019. [17] En diciembre de 2019, la Comisión Federal de Comercio presentó una demanda para bloquear la adquisición. [18] [19] El acuerdo se abandonó con un anuncio el 2 de enero de 2020. Illumina acordó además pagar a Pacific Biosciences una tarifa de terminación de 98 millones de dólares estadounidenses más los pagos de extensión del acuerdo previamente acordados de 22 millones de dólares estadounidenses en febrero y 6 millones de dólares estadounidenses en marzo. de 2020. [20]
Reconocimientos
La empresa recibió el premio Technology Pioneer Award del Foro Económico Mundial en 2009. [2] [21]
En 2010, The Scientist nombró a la empresa ya su primer producto como la principal innovación en ciencias de la vida del año, [22] y la empresa recibió el Premio de Tecnología de Secuenciación Avanzada 2010 del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano . [23] La revista Technology Review los incluyó en su lista de las 50 empresas más innovadoras tanto para 2010 como para 2011. [24] El fundador y director técnico, el Dr. Stephen Turner, recibió el premio 2010 Ewing Marion Kauffman Foundation Outstanding Postdoctoral Entrepreneur por su trabajar en la empresa. [25]
Productos
Instrumentos de secuenciación
El primer instrumento científico de la compañía, llamado "PacBio RS", fue lanzado a un grupo limitado de once clientes a finales de 2010. [26] El proveedor de secuenciación GATC Biotech fue seleccionado por Pacific Biosciences como su primer proveedor de servicios europeo a finales de 2010. [27 ] El producto fue lanzado comercialmente a principios de 2011. [6] Una nueva versión del secuenciador llamada "PacBio RS II" fue lanzada en abril de 2013; produjo lecturas de secuencia más largas y ofreció un rendimiento más alto que el instrumento RS original. [7] El instrumento RS recibirá apoyo oficial hasta finales de 2021. [28]
En septiembre de 2015, la compañía lanzó un nuevo instrumento de secuenciación, el Sistema Sequel. El secuenciador ha aumentado su capacidad con 1 millón de guías de onda de modo cero en comparación con las 150.000 del PacBio RS II, y tiene aproximadamente un tercio del tamaño y la mitad del precio del PacBio RS II. [29]
En abril de 2019, la compañía lanzó un sistema Sequel II actualizado con soporte para una nueva celda SMRT con ocho millones de ZMW, [30] aumentando el rendimiento esperado por celda SMRT en un factor de ocho. [11] [31]
En octubre de 2020, la compañía anunció el sistema Sequel IIe que agrega capacidad de cómputo adicional al sistema Sequel II. Con ese cálculo, todas las lecturas de ADN producidas por el sistema se corrigen automáticamente para su precisión.
Reactivos y células SMRT
Para usar cualquiera de los instrumentos, los clientes también deben comprar paquetes de reactivos para la preparación y secuenciación del ADN y pequeños consumibles llamados “Células SMRT”. Las celdas del secuenciador RS son un poco menos de un centímetro cuadrado y contienen decenas de miles de guías de onda en modo cero . Las celdas del secuenciador Sequel tienen aproximadamente 2,5 cm cuadrados y contienen un millón de guías de onda de modo cero, mientras que las celdas del secuenciador Sequel II contienen ocho millones de guías de onda de modo cero. Las celdas para el secuenciador RS se venden en paquetes de ocho. Las celdas para los secuenciadores Sequel o Sequel II se venden en paquetes de cuatro.
El 19 de septiembre de 2018, PacBio lanzó el software Sequel 6.0 y la química 3.0. El rendimiento difiere entre bibliotecas de insertos grandes y ADN de alto peso molecular frente a bibliotecas de insertos más cortos con una longitud inferior a ~ 15.000 bases. Para plantillas más grandes, las longitudes de lectura promedio son de hasta 30.000 bases. Para bibliotecas de insertos más cortos, la longitud de lectura promedio es de hasta 100,000 bases mientras se lee la misma molécula en un círculo. Las últimas bibliotecas de insertos más cortos producen hasta 50 mil millones de bases a partir de una sola celda SMRT®. [32]
El 1 de octubre de 2019, PacBio lanzó el software 8.0 y la química 2.0 para Sequel II. Para plantillas más grandes leídas como "lecturas largas continuas", una biblioteca humana de ejemplo produjo una longitud de lectura N50 de 52.456 y el rendimiento por celda es de 182 GB. [33] Para bibliotecas por debajo de ~ 20.000 bases, leídas en secuencia de consenso circular, el rendimiento por celda se cotiza en 450 GB o alrededor de 30 GB de lecturas corregidas de alta fidelidad. [34]
Software y Aplicaciones
Su producto bioinformático de análisis secundario para el RS, llamado "Análisis SMRT", era de código abierto . [35] Para el sistema Sequel, el software de análisis secundario se reorganizó como la aplicación "SMRT Link". En 2013, la compañía lanzó nuevas herramientas bioinformáticas para el ensamblaje automatizado del genoma (HGAP) y el acabado con una precisión del 99,999% (Quiver). [36] [37] [38]
Publicaciones clave
Antes del primer lanzamiento comercial de su secuenciador, los científicos publicaron en enero de 2009 los primeros datos de secuencia generados a partir de una secuenciación en tiempo real de una sola molécula en la revista Science . [39] Luego, en abril de 2010, los científicos publicaron un artículo en Nature que mostraba que habían utilizado guías de onda de modo cero para realizar una observación en tiempo real de la traducción ribosómica. [40]
Demostrando el valor de la secuenciación bacteriana, científicos de Pacific Biosciences y otras instituciones publicaron en enero de 2011 un artículo en el New England Journal of Medicine que demuestra el origen del brote de cólera de 2010 en Haití . [41] En agosto de 2011, científicos de Pacific Biosciences y colaboradores de otras organizaciones publicaron un artículo en el New England Journal of Medicine que describe la clasificación de la cepa de E. coli que causó el brote virulento de 2011 en Alemania, responsable de cientos de casos de hemolítico-urémico. síndrome . [42] Este artículo mostró que la cepa de E. coli responsable del brote había adquirido un fago que codificaba la toxina Shiga a través de la transferencia lateral de genes . En julio de 2012, se publicaron varios artículos en revistas de revisión por pares que demostraban métodos para automatizar el acabado del genoma de las bacterias mediante la secuenciación en tiempo real de una sola molécula. [43] [44] [45] En 2013, los científicos estimaron que la mayoría de los genomas bacterianos y de arqueas podrían secuenciarse completamente y ensamblarse hasta el cierre utilizando lecturas largas de PacBio. [46]
Varios artículos publicados por investigadores de Pacific Biosciences demostraron que el instrumento de secuenciación se puede utilizar para recopilar datos sobre metilación, daño del ADN y otra información epigenética. [47] [48] [49] [50] [51] La polimerasa que realiza la reacción de secuenciación en las guías de onda de modo cero produce datos cinéticos que pueden usarse para distinguir las modificaciones de la base. [52] En octubre de 2012, los científicos utilizaron la secuenciación SMRT para generar los metilomas de seis bacterias, informando sus resultados en un artículo en Nucleic Acids Research. [51]
Con el aumento de la longitud y el rendimiento de la lectura, los estudios en mamíferos aumentaron utilizando el producto. En abril de 2012, científicos de Pacific Biosciences, la Universidad de California y otros institutos utilizaron la secuenciación SMRT para demostrar la validez de la activación de mutaciones de duplicación en tándem internas en FLT3 como un objetivo terapéutico en la leucemia mieloide aguda. [53] Sus hallazgos fueron publicados en la revista Nature. [54] En agosto de 2012, los científicos del Broad Institute publicaron un artículo en el que informaban los resultados de su evaluación del secuenciador de Pacific Biosciences para la llamada y el descubrimiento de SNP. [55] Los científicos informaron en Genome Research en octubre de 2012 el uso de la plataforma PacBio para secuenciar la expansión de repetición completa en el gen FMR1 responsable del síndrome de X frágil . [56]
Un artículo publicado en diciembre de 2012 ofreció la primera demostración de cómo generar datos de secuencia con el secuenciador PacBio sin preparación de biblioteca. [57]
En 2013, los científicos publicaron artículos que demostraban el uso de la secuenciación de PacBio para analizar transcriptomas , mostrando que las lecturas largas podían capturar completamente isoformas completas. [58] [59]
enlaces externos
- Página Web de la compañía
- Perfil del Wall Street Journal
- Datos comerciales de Pacific Biosciences:
- Finanzas de Google
- Yahoo! Finanzas
- Presentaciones ante la SEC
Referencias
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