El torneo tiene 5 etapas. Las primeras cuatro etapas se juegan como torneos de todos contra todos de la miniliga , excepto la tercera etapa en la región IV, que se juega como una etapa eliminatoria. La etapa final presenta dos rondas eliminatorias y una fase final de grupos de cuatro equipos para determinar los dos equipos ascendidos.
La Copa Perú 1998 comenzó con la Etapa Distrital ( español : Etapa Distrital ) en febrero. La siguiente etapa fue la Etapa Provincial ( español : Etapa Provincial ) que comenzó en junio. El torneo continuó con la Etapa Departamental ( español : Etapa Departamental ) en julio. Siguió la Etapa Regional. La Etapa Nacional ( español : Etapa Nacional ) comenzó en noviembre. El ganador y el subcampeón de la Etapa Nacional ascenderán a Primera División .
Nota: Originalmente Señor de Puelles (8 pts) ganó el grupo. Pero tras una denuncia de Hidro, este equipo recibió 3 pts de su partido contra Señor de Puelles, obteniendo así el primer puesto.
Nota: Debido a que ambos equipos ya estaban eliminados, Senati y Peñarol acordaron no jugar su partido.
La Etapa Nacional arrancó en noviembre. Los ganadores de la Etapa Nacional ascenderán a Primera División .