La Base de conocimientos de farmacogenómica ( PharmGKB ) es una base de conocimientos en línea disponible públicamente responsable de la agregación, curación, integración y difusión de conocimientos sobre el impacto de la variación genética humana en la respuesta a los medicamentos. [1] Está financiado por el Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales (NIGMS) de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) y es socio de la Red de Investigación de Farmacogenómica de los NIH (PGRN). Se ha administrado en la Universidad de Stanford desde su creación en 2000. [2]
El objetivo principal de PharmGKB es ayudar a los investigadores a comprender cómo la variación en la composición genética de una persona afecta la forma en que responde a un fármaco, un campo conocido como farmacogenómica o farmacogenética (PGx). Para lograr este objetivo, PharmGKB selecciona manualmente la información de PGx de la literatura primaria y luego la almacena en la base de conocimiento . Esta información se puede agregar, lo que permite que PharmGKB identifique interacciones consistentes entre la variante genética y la respuesta al fármaco. Las interacciones variante-fármaco con una gran cantidad de evidencia de apoyo pueden entonces considerarse para una posible implementación clínica. [3]Con el fin de sacar provecho de los casos en los que existe una fuerte evidencia bibliográfica de PGx, PharmGKB cofundó el Consorcio de Implementación de Farmacogenética Clínica (CPIC), una organización responsable de la creación y difusión de pautas de dosificación de medicamentos basadas en genotipos disponibles gratuitamente y revisadas por pares para los médicos. [4] [5] [6] PharmGKB también trabaja con varios grupos de consorcios internacionales, como el Consorcio internacional de farmacogenética de warfarina (IWPC) y el Consorcio internacional de farmacogenómica de clopidogrel (ICPC), lo que facilita la colaboración y el análisis de grandes conjuntos de datos de PGx. [7] [8]
PharmGKB tiene muchos tipos diferentes de información relacionada con PGx disponibles a través del sitio web, discutidos en las secciones a continuación. PharmGKB tiene contenido de PGx sobre variantes genéticas (incluidos polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y haplotipos , así como algunas variaciones del número de copias (CNV) e indeles ), genes, medicamentos, fenotipos (incluidas enfermedades y efectos secundarios ) e identificaciones de PubMed (PMID). ). [1]
Las anotaciones de variantes son resúmenes que describen cómo un polimofismo genético particular se asocia con una respuesta a un fármaco, según se informa en una sola publicación. Los ejemplos de respuestas a medicamentos incluyen reacciones adversas a medicamentos , cambios en la eficacia de los medicamentos y alteraciones en la rapidez o la lentitud con que se metaboliza un medicamento . Los curadores revisan la literatura pasada y presente y agregan cualquier estudio que contenga resultados relevantes para PGx a la base de conocimiento a través de estas anotaciones variantes. Las asociaciones variante-fármaco pueden ser negativas o positivas, y provienen de una amplia variedad de tipos de estudio, incluidos estudios de asociación de todo el genoma , ensayos clínicos y estudios funcionales in vitro .estudios. Todas las anotaciones de variantes contienen una oración estandarizada, lo que permite que los resultados se comparen y contrasten fácilmente entre estudios en toda la base de conocimiento . Además de registrar la asociación entre la variante genética y el fenotipo del fármaco, también se indican en la anotación los parámetros clave del estudio, como el tamaño del estudio, el origen étnico de la población, los valores p y las frecuencias alélicas [1] [3] [8].
Las anotaciones clínicas combinan todas las anotaciones variantes que analizan la misma asociación fenotipo variante-fármaco y las reúnen en un solo resumen escrito de la asociación. Las anotaciones clínicas consisten en un texto de resumen, que se escribe como la asociación de cada genotipo en comparación con otros genotipos. Debajo de este texto de resumen, las anotaciones clínicas contienen una lista de todas las anotaciones de variantes que respaldan esta asociación de fenotipo variante-fármaco en particular. Cada anotación clínica también recibe un nivel de evidencia, lo que proporciona una medida de confianza en la asociación. El nivel de evidencia para una anotación clínica se evalúa manualmente y se basa en criterios tales como el número de estudios que encuentran resultados positivos versus negativos, valores p y tamaños de estudio: [1][3] [8]