Los Prorocentrales son un pequeño orden de dinoflagelados . Se distinguen por tener sus dos flagelos insertados apicalmente, en lugar de ventralmente como en otros grupos. Un flagelo se extiende hacia adelante y el otro rodea su base, y no hay surcos flagelares. Este arreglo se llama desmokont , en contraste con el arreglo dinokont que se encuentra en otros grupos. En consecuencia, los Prorocentrales pueden llamarse desmoflagelados , y en algunas clasificaciones fueron tratados como una clase separada Desmophyceae .
Todos los miembros tienen cloroplastos y una teca , que está compuesta por dos grandes placas unidas por una sutura sagital . Esta estructura es compartida con los Dinophysiales , y probablemente sean grupos hermanos. Esto no aparece en los árboles de ARNr , que también muestran dos grupos separados de Prorocentrum , pero dejan sus relaciones en su mayoría sin resolver.