La Iniciativa de Estándares de Proteómica ( PSI ) es un grupo de trabajo de la Organización del Proteoma Humano . Su objetivo es definir estándares de datos para la proteómica para facilitar la comparación , el intercambio y la verificación de datos . [1] [2]
La Iniciativa de estándares de proteómica se centra en los siguientes temas: la información mínima sobre un experimento de proteómica define los metadatos que deben proporcionarse junto con un experimento de proteómica. [3] un lenguaje de marcado de datos para codificar los datos y ontologías de metadatos para una anotación y representación coherentes.
Información mínima sobre un experimento de proteómica ( MIAPE ) es un estándar de información mínima , creado por la Iniciativa de Estándares de Proteómica de la Organización del Proteoma Humano , para informar sobre experimentos de proteómica. [4] Su objetivo es especificar toda la información necesaria para interpretar los resultados del experimento sin ambigüedades y para reproducir potencialmente el experimento. Si bien las pautas de MIAPE definen el contenido requerido para los informes que cumplen, no especifican el formato en el que se deben presentar estos datos (que se deja para el formato *ML correspondiente, también definido por PSI [5] ), ni define cómo para realizar experimentos. [6]
El grupo de trabajo de electroforesis en gel definió los requisitos de notificación para los experimentos de electroforesis en gel. El documento se encuentra en etapa de recomendación y ha sido publicado. [8] El formato de intercambio de datos correspondiente se llama GelML y se lanzó una versión estable a fines de 2007. [9]
El grupo de trabajo de electroforesis en gel también se enfoca en el análisis de imágenes con la recomendación informática de imágenes en gel que se encuentra actualmente en la fase de revisión pública, mientras que el formato de intercambio correspondiente es solo un borrador (a partir de abril de 2009). [9]
El grupo de trabajo de procesamiento de muestras define los requisitos relacionados con todos los pasos de preprocesamiento de muestras que se llevan a cabo antes de aplicar la electroforesis en gel o la espectrometría de masas . Dos documentos relacionados con la cromatografía en columna y la electroforesis capilar se encuentran en las primeras etapas de borrador y la preparación y manipulación de muestras aún es un proyecto (a partir de abril de 2009). El formato de intercambio de datos (spML) también está en desarrollo. [10]