El motivo de reconocimiento de ARN, RNP-1, es un dominio de unión de ARN putativo de aproximadamente 90 aminoácidos que se sabe que se unen a ARN monocatenarios. Se encontró en muchas proteínas eucariotas . [1] [2] [3]
Motivo de reconocimiento de ARN. (también conocido como dominio RRM, RBD o RNP) | ||||||||||
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Identificadores | ||||||||||
Símbolo | RRM_1 | |||||||||
Pfam | PF00076 | |||||||||
Clan pfam | RRM CL0221 RRM | |||||||||
InterPro | IPR000504 | |||||||||
PROSITE | PDOC00030 | |||||||||
SCOP2 | 1sxl / SCOPe / SUPFAM | |||||||||
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El grupo más grande de proteína de unión a ARN monocatenario es la familia de motivos de reconocimiento de ARN eucariotas (RRM) que contiene una secuencia consenso de RNP-1 de ocho aminoácidos. [4] [5]
Las proteínas RRM tienen una variedad de preferencias y funciones de unión de ARN, e incluyen ribonucleoproteínas nucleares heterogéneas ( hnRNP ), proteínas implicadas en la regulación del corte y empalme alternativo (SR, U2AF2 , Sxl ), componentes proteicos de ribonucleoproteínas nucleares pequeñas (U1 y U2 snRNP ), y proteínas que regulan la estabilidad y la traducción del ARN ( PABP , La, Hu). [2] [3] [5] El RRM en el factor auxiliar de splicing heterodimérico U2 snRNP parece tener dos dominios similares a RRM con características especializadas para el reconocimiento de proteínas. [6] El motivo también aparece en unas pocas proteínas de unión a ADN monocatenarias.
El RRM típico consta de cuatro hebras beta antiparalelas y dos hélices alfa dispuestas en un pliegue beta-alfa-beta-beta-alfa-beta con cadenas laterales que se apilan con bases de ARN. En algunos casos, está presente una tercera hélice durante la unión del ARN. [7] El RRM se revisa en varias publicaciones. [8] [9] [10]
Proteínas humanas que contienen este dominio
A2BP1 ; ACF ; BOLL ; BRUNOL4 ; BRUNOL5 ; BRUNOL6 ; CCBL2 ; CGI-96 ; CIRBP ; CNOT4 ; CPEB2 ; CPEB3 ; CPEB4 ; CPSF7 ; CSTF2 ; CSTF2T ; CUGBP1 ; CUGBP2 ; D10S102 ; DAZ1 ; DAZ2 ; DAZ3 ; DAZ4 ; DAZAP1 ; DAZL ; DNAJC17 ; DND1 ; EIF3S4 ; EIF3S9 ; EIF4B ; EIF4H ; ELAVL1 ; ELAVL2 ; ELAVL3 ; ELAVL4 ; ENOX1 ; ENOX2 ; EWSR1 ; FUS ; FUSIP1 ; G3BP ; G3BP1 ; G3BP2 ; GRSF1 ; HNRNPL ; HNRPA0 ; HNRPA1 ; HNRPA2B1 ; HNRPA3 ; HNRPAB ; HNRPC ; HNRPCL1 ; HNRPD ; HNRPDL ; HNRPF ; HNRPH1 ; HNRPH2 ; HNRPH3 ; HNRPL ; HNRPLL ; HNRPM ; HNRPR ; HRNBP1 ; HSU53209 ; HTATSF1 ; IGF2BP1 ; IGF2BP2 ; IGF2BP3 ; LARP7 ; MKI67IP ; MSI1 ; MSI2 ; MSSP-2 ; MTHFSD ; MYEF2 ; NCBP2 ; NCL ; NOL8 ; NONO ; P14 ; PABPC1 ; PABPC1L ; PABPC3 ; PABPC4 ; PABPC5 ; PABPN1 ; POLDIP3 ; PPARGC1 ; PPARGC1A ; PPARGC1B ; PPIE ; PPIL4 ; PPRC1 ; PSPC1 ; PTBP1 ; PTBP2 ; PUF60 ; RALY ; RALILO ; RAVER1 ; RAVER2 ; RBM10 ; RBM11 ; RBM12 ; RBM12B ; RBM14 ; RBM15 ; RBM15B ; RBM16 ; RBM17 ; RBM18 ; RBM19 ; RBM22 ; RBM23 ; RBM24 ; RBM25 ; RBM26 ; RBM27 ; RBM28 ; RBM3 ; RBM32B ; RBM33 ; RBM34 ; RBM35A ; RBM35B ; RBM38 ; RBM39 ; RBM4 ; RBM41 ; RBM42 ; RBM44 ; RBM45 ; RBM46 ; RBM47 ; RBM4B ; RBM5 ; RBM7 ; RBM8A ; RBM9 ; RBMS1 ; RBMS2 ; RBMS3 ; RBMX ; RBMX2 ; RBMXL2 ; RBMY1A1 ; RBMY1B ; RBMY1E ; RBMY1F ; RBMY2FP ; RBPMS ; RBPMS2 ; RDBP ; RNPC3 ; RNPC4 ; RNPS1 ; ROD1 ; SAFB ; SAFB2 ; SART3 ; SETD1A ; SF3B14 ; SF3B4 ; SFPQ ; SFRS1 ; SFRS10 ; SFRS11 ; SFRS12 ; SFRS15 ; SFRS2 ; SFRS2B ; SFRS3 ; SFRS4 ; SFRS5 ; SFRS6 ; SFRS7 ; SFRS9 ; SLIRP ; SLTM ; SNRP70 ; SNRPA ; SNRPB2 ; SPEN ; SR140 ; SRRP35 ; SSB ; SYNCRIP ; TAF15 ; TARDBP ; THOC4 ; TIA1 ; TIAL1 ; TNRC4 ; TNRC6C ; TRA2A ; TRSPAP1 ; TUT1 ; U1SNRNPBP ; U2AF1 ; U2AF2 ; UHMK1 ; ZCRB1 ; ZNF638 ; ZRSR1 ; ZRSR2 ;
Referencias
- ^ Swanson MS, Dreyfuss G, Pinol-Roma S (1988). "Partículas de ribonucleoproteína nucleares heterogéneas y la vía de formación de ARNm". Trends Biochem. Sci . 13 (3): 86–91. doi : 10.1016 / 0968-0004 (88) 90046-1 . PMID 3072706 .
- ^ a b Keene JD, Chambers JC, Kenan D, Martin BJ (1988). "Dominios de estructura genómica y secuencia de aminoácidos del autoantígeno La humano" . J. Biol. Chem . 263 (34): 18043–51. doi : 10.1016 / S0021-9258 (19) 81321-2 . PMID 3192525 .
- ^ a b Davis RW, Sachs AB, Kornberg RD (1987). "Un solo dominio de proteína de unión a poli (A) de levadura es necesario y suficiente para la unión del ARN y la viabilidad celular" . Mol. Célula. Biol . 7 (9): 3268–76. doi : 10.1128 / mcb.7.9.3268 . PMC 367964 . PMID 3313012 .
- ^ Bandziulis RJ, Swanson MS, Dreyfuss G (1989). "Proteínas de unión a ARN como reguladores del desarrollo" . Genes Dev . 3 (4): 431–437. doi : 10.1101 / gad.3.4.431 . PMID 2470643 .
- ^ a b Keene JD, Query CC, Bentley RC (1989). "Un motivo de reconocimiento de ARN común identificado dentro de un dominio de unión de ARN U1 definido de la proteína snRNP de 70K U1". Celular . 57 (1): 89–101. doi : 10.1016 / 0092-8674 (89) 90175-X . PMID 2467746 . S2CID 22127152 .
- ^ Green MR, Kielkopf CL, Lucke S (2004). "Motivos de homología U2AF: reconocimiento de proteínas en el mundo RRM" . Genes Dev . 18 (13): 1513-1526. doi : 10.1101 / gad.1206204 . PMC 2043112 . PMID 15231733 .
- ^ Kumar S, Birney E, Krainer AR (1993). "Análisis del motivo de reconocimiento de ARN y dominios RS y RGG: conservación en factores de empalme de metazoos pre-ARNm" . Ácidos nucleicos Res . 21 (25): 5803–5816. doi : 10.1093 / nar / 21.25.5803 . PMC 310458 . PMID 8290338 .
- ^ Keene JD, Kenan DJ, Query CC (1991). "Reconocimiento de ARN: hacia la identificación de determinantes de especificidad". Trends Biochem. Sci . 16 (6): 214-20. doi : 10.1016 / 0968-0004 (91) 90088-d . PMID 1716386 .
- ^ Allain FH, Domínguez C, Maris C (2005). "El motivo de reconocimiento de ARN, una plataforma plástica de unión de ARN para regular la expresión génica postranscripcional". FEBS J . 272 (9): 2118–31. doi : 10.1111 / j.1742-4658.2005.04653.x . PMID 15853797 . S2CID 46680279 .
- ^ Teplova M, Yuan YR, Patel DJ, Malinina L, Teplov A, Phan AT, Ilin S (2006). "Base estructural para el reconocimiento y secuestro de UUU (OH) 3 'temini de transcripciones nacientes de ARN polimerasa III por La, un autoantígeno de enfermedad reumática" . Mol. Celular . 21 (1): 75–85. doi : 10.1016 / j.molcel.2005.10.027 . PMC 4689297 . PMID 16387655 .
enlaces externos
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_ULM_U2AF65_1