Novoa fue firmado el 3 de julio de 1999 por los Piratas de Pittsburgh como agente libre no reclutado . Jugó una temporada de novato en el 2000 y pasó el 2001 con los Crosscutters de Williamsport Single-A . [1] El 16 de diciembre de 2002, fue cambiado a los Tigres de Detroit completando un trato por Randall Simon . [2]
Novoa hizo su debut en las Grandes Ligas el 29 de julio contra los Medias Blancas de Chicago . Ocho días después, obtuvo su primera victoria contra los Medias Rojas de Boston . Novoa entró en relevo de Mike Maroth en la sexta entrada con las bases llenas y dos outs con los Tigres arriba 3-2. Después de caminar a Kevin Youkilis para empatar el juego, Novoa ponchó a los siguientes cuatro bateadores para llevarse la victoria. [3] El 9 de febrero de 2005, Novoa fue cambiado a los Cachorros de Chicago junto con los jugadores de ligas menores Scott Moore y Bo Flowers por Kyle Farnsworth .
Jugó 49 juegos para los Cachorros como relevista en 2005, lanzando 44.2 entradas con 47 ponches. [1] En 2006, ingresó a 66 juegos, lanzando 76 entradas con 53 ponches. [1] Estuvo en la lista de lesionados durante toda la temporada 2007 con una lesión en el hombro.
El 16 de octubre de 2007, los Orioles de Baltimore reclamaron a Novoa sin exenciones . Fue liberado por los Orioles el 29 de julio de 2008. El 30 de julio, firmó con los Gigantes de San Francisco y se convirtió en agente libre al final de la temporada 2008. Jugó brevemente para los Diablos Rojos del México de la Liga Mexicana en 2009, apareciendo en 7 juegos antes de ser liberado en abril. En 2010, apareció en 18 partidos con los Acereros de Monclova , también en la Liga Mexicana. El 21 de marzo de 2011, se anunció que firmó un acuerdo con la Revolución de York.