El gen rpoN ( R NA po lymerase, nitrógeno-limitación N ) codifica el factor sigma sigma-54 (σ54, sigma N, o RpoN), una proteína en Escherichia coli y otras especies de bacterias. RpoN antagoniza los factores sigma de RpoS. [1]
Factor sigma-54 de la ARN polimerasa | ||||||
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Identificadores | ||||||
Organismo | ? | |||||
Símbolo | RpoN | |||||
UniProt | P24255 | |||||
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Papel biológico
Originalmente identificada como un regulador de genes involucrados en el metabolismo y asimilación del nitrógeno en condiciones limitantes de nitrógeno, [2] E. coli σ54 ha demostrado desde entonces que desempeña importantes funciones reguladoras en una variedad de otros procesos celulares. De manera similar, los homólogos de σ54 en otras especies regulan una amplia gama de procesos, incluida la síntesis flagelar y la virulencia. [3]
Especificidad de secuencia y mecanismo de acción.
Factor sigma-54, dominio de interacción del activador | ||||||||||
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Identificadores | ||||||||||
Símbolo | Sigma54_AID | |||||||||
Pfam | PF00309 | |||||||||
InterPro | IPR000394 | |||||||||
PROSITE | PS50044 | |||||||||
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Los elementos del promotor σ54 consisten en nucleótidos conservados ubicados en -12 y -24 con respecto al sitio de inicio de la transcripción. [4] Esto contrasta con los miembros de la familia σ70, que reconocen los elementos promotores conservados ubicados en aproximadamente -10 y -35 con respecto al sitio de inicio de la transcripción. [5] A diferencia de los miembros de la familia σ70, se ha demostrado que las proteínas σ54 se unen al ADN promotor independientemente del núcleo RNAP in vitro . [6] Otra característica distintiva de las proteínas σ54 es su requisito absoluto de proteínas activadoras, conocidas como proteínas de unión potenciadoras bacterianas (bEBP), para iniciar la transcripción. [4] [7] Por lo tanto, tanto las formas activas como inactivas de RNAP: σ54 están unidas a los promotores. [8]
Los elementos promotores regulados por RpoN tienen la secuencia consenso como sigue: TTGGCACGGTTTTTGCT. [9]
Referencias
- ^ Dong T, Yu R, Schellhorn H (enero de 2011). "Regulación antagonista de la motilidad y expresión del transcriptoma por RpoN y RpoS en Escherichia coli" . Microbiología molecular . 79 (2): 375–86. doi : 10.1111 / j.1365-2958.2010.07449.x . PMID 21219458 .
- ^ Hunt TP, Magasanik B (diciembre de 1985). "Transcripción de glnA por componentes purificados de Escherichia coli: núcleo ARN polimerasa y los productos de glnF, glnG y glnL" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 82 (24): 8453–7. doi : 10.1073 / pnas.82.24.8453 . PMC 390934 . PMID 2867543 .
- ^ Tsang J, Hoover TR (2014). "Temas y variaciones: regulación de genes flagelares dependientes de RpoN en diversas especies bacterianas" . Scientifica . 2014 : 681754. doi : 10.1155 / 2014/681754 . PMC 3930126 . PMID 24672734 .
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- ^ Gruber TM, Gross CA (2003). "Múltiples subunidades sigma y la partición del espacio de transcripción bacteriana". Revisión anual de microbiología . 57 : 441–66. doi : 10.1146 / annurev.micro.57.030502.090913 . PMID 14527287 .
- ^ Buck M, Cannon W (julio de 1992). "Unión específica del factor de transcripción sigma-54 al ADN promotor" . Naturaleza . 358 (6385): 422–4. doi : 10.1038 / 358422a0 . PMID 1641025 .
- ^ Shingler V (mayo de 2011). "Sistemas de señales sensoriales que impactan la transcripción dependiente de σ⁵⁴" . Reseñas de Microbiología FEMS . 35 (3): 425–40. doi : 10.1111 / j.1574-6976.2010.00255.x . PMID 21054445 .
- ^ Bonocora RP, Smith C, Lapierre P, Wade JT (octubre de 2015). "El mapeo a escala del genoma de Escherichia coli σ54 revela una unión intragénica conservada y generalizada" . PLoS Genetics . 11 (10): e1005552. doi : 10.1371 / journal.pgen.1005552 . PMC 4591121 . PMID 26425847 .
- ^ Leang C, Krushkal J, Ueki T, Puljic M, Sun J, Juárez K, Núñez C, Reguera G, DiDonato R, Postier B, Adkins RM, Lovley DR (julio de 2009). "Análisis de todo el genoma del regulón RpoN en Geobacter sulfurreducens" . BMC Genomics . 10 : 331. doi : 10.1186 / 1471-2164-10-331 . PMC 2725144 . PMID 19624843 .