BioPAX (Biological Pathway Exchange) es un lenguaje estándar basado en RDF / OWL para representar rutas biológicasa nivel molecular y celular. Su uso principal es facilitar el intercambio de datos de vías. Los datos de la ruta capturan nuestra comprensión de los procesos biológicos, pero su rápido crecimiento requiere el desarrollo de bases de datos y herramientas computacionales para ayudar a la interpretación. Sin embargo, la fragmentación actual de la información de la ruta en muchas bases de datos con formatos incompatibles presenta barreras para su uso efectivo. BioPAX resuelve este problema al hacer que los datos de las rutas sean mucho más fáciles de recopilar, indexar, interpretar y compartir. BioPAX puede representar vías metabólicas y de señalización, interacciones moleculares y genéticas y redes de regulación de genes. BioPAX fue creado a través de un proceso comunitario. A través de BioPAX, están disponibles millones de interacciones organizadas en miles de vías a través de muchos organismos, de un número creciente de fuentes. Por lo tanto,grandes cantidades de datos de vías están disponibles en forma computable para apoyar la visualización, el análisis y el descubrimiento biológico.
Es compatible con una variedad de bases de datos en línea (por ejemplo , Reactome ) y herramientas. La última versión lanzada es BioPAX Nivel 3. También hay un esfuerzo por crear una versión de BioPAX como parte de OBO .
La próxima versión de BioPAX, Nivel 4, está siendo desarrollada por una comunidad de investigadores. El desarrollo es coordinado por la junta de editores y facilitado por varios grupos de trabajo de BioPAX.
Systems Biology Pathway Exchange (SBPAX) es una extensión para el Nivel 3 y una propuesta para el Nivel 4 para agregar datos cuantitativos y términos de biología de sistemas (como Ontología de Biología de Sistemas ). La exportación SBPAX ha sido implementada por las bases de datos de rutas Signaling Gateway Molecule Pages [1] y SABIO-Reaction Kinetics Database . La importación de SBPAX ha sido implementada por el marco de modelado celular Virtual Cell .
Otras propuestas para el Nivel 4 incluyen soporte mejorado para Web Semántica , validación y visualización.