SABIO-RK ( S istema para el A nálisis de Bio vías químicas - R eaction K inetics) es una web accesible base de datos de almacenamiento de información sobre bioquímicas reacciones y sus cinéticas propiedades.
Contenido | |
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Descripción | Base de datos de reacciones bioquímicas y sus propiedades cinéticas. |
Tipos de datos capturados | Información cuantitativa sobre la dinámica de la reacción. |
Organismos | todas |
Contacto | |
Centro de Investigación | Heidelberger Institut für Theoretische Studien |
Laboratorio | Bases de datos científicas y visualización |
Fecha de lanzamiento | 2006 |
Acceso | |
Sitio web | http://sabio.h-its.org |
URL del servicio web | http://sabio.h-its.org/layouts/content/webservices.gsp |
Diverso | |
Licencia | http://sabio.h-its.org/layouts/content/termscondition.gsp |
Política de curación | Base de datos curada |
SABIO-RK comprende una representación orientada a la reacción de información cuantitativa sobre la dinámica de la reacción basada en una publicación seleccionada dada. Esto comprende todos los parámetros cinéticos disponibles junto con sus correspondientes ecuaciones de velocidad , así como la ley cinética y los tipos de parámetros y las condiciones experimentales y ambientales bajo las cuales se determinaron los datos cinéticos. Además, SABIO-RK contiene información sobre las reacciones y vías bioquímicas subyacentes, incluidos los participantes de la reacción , la ubicación celular e información detallada sobre las enzimas que catalizan las reacciones. [1] [2] [3] [4] [5]
Contenido de la base de datos SABIO-RK
Los datos almacenados en SABIO-RK de manera integral se extraen principalmente de forma manual de la literatura. Esto incluye reacciones, sus participantes (sustratos, productos), modificadores ( inhibidores , activadores, cofactores ), detalles del catalizador (por ejemplo , clasificación de enzimas EC , composición de complejos de proteínas , información de tipo salvaje / mutante ), parámetros cinéticos junto con la ecuación de velocidad correspondiente, fuentes biológicas ( organismo , tejido , ubicación celular), condiciones ambientales ( pH , temperatura, tampón) y detalles de referencia. Los datos se adaptan, normalizan y anotan en vocabularios controlados, ontologías y fuentes de datos externas, como KEGG , UniProt , ChEBI , PubChem , NCBI , Reactome , BRENDA , MetaCyc , BioModels y PubMed .
A septiembre de 2019, SABIO-RK contiene más de 60.000 entradas individuales curadas extraídas de más de 6.000 publicaciones.
Varias herramientas, bases de datos y flujos de trabajo en Biología de Sistemas hacen uso de datos de reacciones bioquímicas de SABIO-RK mediante la integración en su marco, incluidos SYCAMORE, [6] MeMo-RK, [7] CellDesigner, [8] PeroxisomeDB, [9] Taverna flujos de trabajo o herramientas como el software KineticsWizard para la captura y análisis de datos. [10] Además, SABIO-RK es parte del registro MIRIAM , un conjunto de pautas para la anotación y curación de modelos computacionales [11] [12]
Acceso a la base de datos SABIO-RK
El uso de SABIO-RK es gratuito. Los usuarios comerciales necesitan una licencia. SABIO-RK ofrece varias formas de acceso a los datos:
- una interfaz basada en navegador
- Servicios web basados en REST para acceso programático
Los conjuntos de datos de resultados se pueden exportar en diferentes formatos, incluidos SBML , BioPAX / SBPAX y formato de tabla.
Referencias
- ^ Wittig, U; Rey, M; Weidemann, A; Kania, R; Müller, W (4 de enero de 2018). "SABIO-RK: un recurso actualizado para la cinética de reacción bioquímica curada manualmente" . Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D656 – D660. doi : 10.1093 / nar / gkx1065 . PMC 5753344 . PMID 29092055 .
- ^ Wittig, U; Kania, R; Golebiewski, M; Rey, M; Shi, L; Jong, L; Algaa, E; Weidemann, A; Sauer-Danzwith, H; Mir, S; Krebs, O; Bittkowski, M; Wetsch, E; Rojas, yo; Müller, W (enero de 2012). "SABIO-RK - base de datos para la cinética de reacciones bioquímicas" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D790-6. doi : 10.1093 / nar / gkr1046 . PMC 3245076 . PMID 22102587 .
- ^ Rojas, yo; Golebiewski, M; Kania, R; Krebs, O; Mir, S; Weidemann, A; Wittig, U (2007). "Almacenamiento y anotación de datos cinéticos". En Silico Biology . 7 (2 Suppl): S37–44. PMID 17822389 .
- ^ Wittig, Ulrike; Golebiewski, Martin; Kania, Renate; Krebs, Olga; Mir, Saqib; Weidemann, Andreas; Anstein, Stefanie; Saric, Jasmin; Rojas, Isabel (2006). "SABIO-RK: Integración y curación de datos de cinética de reacción". Integración de datos en las ciencias de la vida . Apuntes de conferencias en informática. 4075 . págs. 94-103. doi : 10.1007 / 11799511_9 . ISBN 978-3-540-36593-8.
- ^ Müller W. En: Pfade im Informationsdschungel Spektrum der Wissenschaft , Spektrum Spezial: Datengetriebene Wissenschaft, diciembre de 2011
- ^ Weidemann, A .; Richter, S .; Stein, M .; Sahle, S .; Medidores, R .; Gabdoulline, R .; Surovtsova, I .; Semmelrock, N .; et al. (2008). "SYCAMORE - un entorno de investigación de modelado y análisis computacional de biología de sistemas" . Bioinformática . 24 (12): 1463–4. doi : 10.1093 / bioinformatics / btn207 . PMID 18463116 .
- ^ Swainston, Neil; Golebiewski, Martin; Messiha, Hanan L .; Malys, Naglis; Kania, Renate; Kengne, Sylvestre; Krebs, Olga; Mir, Saqib; et al. (2010). "Informática de cinética enzimática: del instrumento al navegador". Diario FEBS . 277 (18): 3769–79. CiteSeerX 10.1.1.659.3420 . doi : 10.1111 / j.1742-4658.2010.07778.x . PMID 20738395 .
- ^ Funahashi, A; Jouraku, A; Matsuoka, Y; Kitano, H (2007). "Integración de CellDesigner y SABIO-RK". En Silico Biology . 7 (2 Suppl): S81–90. PMID 17822394 .
- ^ Schluter, A .; Real-Chicharro, A .; Gabaldon, T .; Sánchez-Jiménez, F .; Pujol, A. (2009). "PeroxisomeDB 2.0: una visión integradora del metaboloma peroxisomal global" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D800–5. doi : 10.1093 / nar / gkp935 . PMC 2808949 . PMID 19892824 .
- ^ Messiha, Hanan L .; Malys, Naglis; Carroll, Kathleen M. (2011). "Hacia una descripción cuantitativa completa del metabolismo de la levadura". Métodos en Biología de Sistemas . Métodos en enzimología. 500 . págs. 215-231. doi : 10.1016 / B978-0-12-385118-5.00012-8 . ISBN 978-0-12-385118-5. PMID 21943900 .
- ^ Juty, N .; Le Novere, N .; Laibe, C. (2011). "Identifiers.org y MIRIAM Registry: recursos comunitarios para proporcionar una identificación persistente" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D580–6. doi : 10.1093 / nar / gkr1097 . PMC 3245029 . PMID 22140103 .
- ^ SABIO-RK como parte del registro MIRIAM
Referencias externas
- Página de inicio de SABIO-RK