SEQUEST es un programa de análisis de datos de espectrometría de masas en tándem que se utiliza para la identificación de proteínas. [1] Sequest identifica colecciones de espectros de masas en tándem para secuencias de péptidos que se han generado a partir de bases de datos de secuencias de proteínas .
Autor (es) original (es) | Jimmy Eng, Ashley McCormack y John Yates |
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Sistema operativo | Windows, Linux |
Tipo | Identificación de proteínas |
Licencia | patentado (algoritmo sujeto a las patentes estadounidenses 6.017.693 y 5.538.897, y una patente europea) |
Sitio web | Thermo , Yates 'Lab , UWPR |
Aplicaciones
Esta herramienta es más útil en el contexto de la proteómica . Comenzando con una mezcla compleja de proteínas, esta estrategia generalmente emplea tripsina para digerir proteínas. Estos péptidos se separan mediante cromatografía líquida en ruta a un espectrómetro de masas en tándem. Luego, el espectrómetro de masas aísla los iones de un péptido en particular, los somete a una disociación inducida por colisión y registra los fragmentos producidos en un espectro de masas en tándem. Este proceso, repetido durante varias horas, producirá miles de espectros de masas en tándem. La identificación de una recopilación de datos de este tipo requiere automatización, y Sequest fue el primer software en satisfacer esa necesidad.
Sequest identifica cada espectro de masas en tándem individualmente. El software evalúa las secuencias de proteínas de una base de datos para calcular la lista de péptidos que podrían resultar de cada uno. La masa intacta del péptido se conoce a partir del espectro de masas, y Sequest usa esta información para determinar el conjunto de secuencias de péptidos candidatos que podrían compararse de manera significativa con el espectro al incluir solo aquellas cercanas a la masa del ión peptídico observado. Para cada péptido candidato, Sequest proyecta un espectro de masas en tándem teórico, y Sequest compara estos espectros teóricos con el espectro de masas en tándem observado mediante el uso de correlación cruzada . La secuencia candidata con el espectro de masas en tándem teórico más coincidente se informa como la mejor identificación para este espectro.
Referencias
- ^ Jimmy K. Eng, Ashley L. McCormack y John R. Yates, III (1994). "Un enfoque para correlacionar datos espectrales de masa en tándem de péptidos con secuencias de aminoácidos en una base de datos de proteínas" . J Am Soc Mass Spectrom . 5 (11): 976–989. doi : 10.1016 / 1044-0305 (94) 80016-2 . PMID 24226387 . CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
enlaces externos
- Diferencia entre MS y espectrometría de masas en tándem