| Extensión de nombre de archivo | .sln |
|---|---|
| Tipo de formato | formato de archivo químico |
La notación de línea SYBYL o SLN es una especificación para describir sin ambigüedades la estructura de moléculas químicas utilizando cadenas ASCII cortas . SLN se diferencia de SMILES en varios aspectos importantes. SLN puede especificar moléculas, consultas moleculares y reacciones en una notación de una sola línea, mientras que SMILES las maneja a través de extensiones de lenguaje. SLN tiene soporte para la estereoquímica relativa , puede distinguir mezclas de enantiómeros de moléculas puras con estereoquímica pura pero no resuelta. En SMILES, la aromaticidad se considera una propiedad tanto de los átomos como de los enlaces, mientras que en SLN es una propiedad de los enlaces.
Descripción [ editar ]
Como SMILES, SLN es un lenguaje lineal que describe moléculas. Esto proporciona mucha similitud con SMILES a pesar de las muchas diferencias de SLN con SMILES, y como resultado, esta descripción comparará en gran medida SLN con SMILES y sus extensiones.
Atributos [ editar ]
Los atributos, cadenas entre corchetes con datos adicionales como [key1=value1, key2...], son una característica central de SLN. Los atributos se pueden aplicar a átomos y enlaces. Los atributos no definidos oficialmente están disponibles para los usuarios para extensiones privadas.
Al buscar moléculas, fcharge>-0.125se pueden utilizar operadores de comparación como, en lugar del signo igual habitual. Un !grupo clave / valor precedente invierte el resultado de la comparación.
Las moléculas o reacciones enteras también pueden tener atributos. Los corchetes se cambian por un par de <>signos.
Átomos [ editar ]
Todo lo que comience con una letra mayúscula identifica un átomo en SLN. Los hidrógenos no se añaden automáticamente, pero los enlaces simples con hidrógeno pueden abreviarse para compuestos orgánicos, dando como resultado CH4en lugar de C(H)(H)(H)Hpara el metano . El autor sostiene que los hidrógenos explícitos permiten un análisis sintáctico más robusto.
Los atributos definidos para los átomos incluyen I = para el número de masa del isótopo, charge = para la carga formal, fcarga para la carga parcial, s = para la estereoquímica y spin = para los radicales ( s inglet , d oublet , t riplet ). Una carga formal de charge=2puede abreviarse como +2, y viceversa, para cargas negativas; -y +además se reconoce como cargos -1 o +1. *es una abreviatura despin=d. La estereoquímica de los átomos es principalmente tetraédrica, con R / S y D / L disponibles entre otros; puede ser explícito (E) o relativo (R), o especificar una mezcla (M) de estereoisómeros en este átomo. A N ormal / I notación nverted, equivalente a @@y @en SMILES, se proporciona. Se proporcionan muchos atributos adicionales para la búsqueda.
Además de los átomos elementales, SLN admite la especificación de átomos comodín: Cualquiera (coincide con cualquier átomo) y Hev (coincide con cualquier átomo pesado). También tiene una extensa sintaxis de Markush para especificar bibliotecas combinatorias y consultas RGROUP. SLN tiene varios tipos de átomos de consulta para hacer coincidir grupos de átomos. Cada tipo tiene el nombre del grupo, seguido de un entero positivo opcional.
| Grupo | Descripción |
|---|---|
| R | Se usa para combinar con una cadena lateral. Los átomos emparejados no deben tener ninguna conexión con el núcleo |
| X | Se utiliza para combinar cadenas laterales y anillos. Los átomos que coinciden con un grupo X pueden coincidir con cadenas laterales y anillos |
| Rx | Coincide con cadenas laterales y anillos, un cierre de anillo debe coincidir con un segundo grupo Rx |
El " 0" número de masa denota el isótopo habitual, por lo que N[I=0]es igual N[I=14]a 14 N y N[!I=0]a todos los demás isótopos.
Vínculos [ editar ]
SLN utiliza en gran medida la misma notación de unión como SMILES, con -, =, #, y :para los enlaces simples, dobles, triples, y aromáticos. .se usa para enlaces de orden cero, de manera similar a la reacción SMILES, aunque +se prefiere a para moléculas distintas.
La mayoría de los enlaces simples son implícitos, por lo que CH3CH3( ) se puede usar en lugar de ( ) para el etano . Los enlaces simples explícitos son útiles para los enlaces de tres centros.CH3-CH3
El s=atributo se define para dobles enlaces, para transmitir información estereoquímica en notación E / Z o c is / t rans. N / I está disponible y significa que la cadena "principal" es trans o cis entre sí.
Anillos [ editar ]
SLN escribe anillos en un patrón más explícito que SMILES, con benceno especificado como C[1]H:CH:CH:CH:CH:CH:@1. Un átomo se etiqueta como un ancla en el anillo con un solo atributo numérico, y @1luego se puede usar para especificar este átomo (en nuestro caso, "número uno") al que volver a unirse.
Ramificación [ editar ]
Las ramas de SLN son idénticas a las de SMILES, con paréntesis que las especifican. El ácido propiónico es CH3CH2C(=O)OH( ).
Reacciones [ editar ]
SLN apoya reacciones ->conectando los reactivos y los productos. El mapeo de átomos es posible con el uso de atributos. El atributo del centro de reacción (rc) se puede agregar a los enlaces y el atributo de conversión quiral (cc) a los átomos.[#num]
Misc. [ editar ]
Se pueden combinar varias líneas en una línea sintética escribiendo una \(barra invertida) al final de cada línea. Esto permite dividir una línea larga en varias líneas, por ejemplo, en una reacción con cada molécula en su propia línea.
Ver también [ editar ]
- Especificación de entrada de línea de entrada molecular simplificada (notación SMILES)
- Smiles especificación de destino arbitrario (notación SMARTS)
Referencias [ editar ]
- Ash, Sheila; Cline, Malcolm A .; Homer, R. Webster; Hurst, Tad; Smith, Gregory B. (1997). "Notación de línea SYBYL (SLN): un lenguaje versátil para la representación de estructuras químicas". J. Chem. Inf. Computación. Sci. 37 : 71–79. doi : 10.1021 / ci960109j .
- Homer, R. Webster; Swanson, Jon; Jilek, Robert J .; Hurst, Tad; Clark, Robert D. (2008). "Notación de línea SYBYL (SLN): una única notación para representar estructuras químicas, consultas, reacciones y bibliotecas virtuales". J. Chem. Inf. Computación. Sci. 48 (12): 2294–2307. doi : 10.1021 / ci7004687 .
