Las células miden generalmente alrededor de 10 µm de longitud, sin capa ni recubrimiento. Producen pseudópodos filose para capturar bacterias , pero no los utilizan para la locomoción, que suele tener lugar deslizándose sobre superficies.
La mayoría de los miembros tienen dos flagelos , [3] uno dirigido hacia adelante y otro debajo de la célula, insertados en ángulo recto cerca de su anterior. El núcleo está conectado a las bases flagelares y se acompaña de un cuerpo paranuclear característico.
Los estudios genéticos colocan a las cercomónadas entre los Cercozoa , [4] un grupo diverso de protozoos ameboides y flagelados. Están divididos en dos familias.
La clasificación de géneros y especies continúa siendo revisada. Se han fusionado algunos géneros, como Cercomonas y Cercobodo . Otros como Helkesimastix , Sainouron y Cholamonas se han trasladado a Helkesida, [5] mientras que el resto de la familia Heteromitidae se ha trasladado a Glissomonadida . [6]