El segundo ministerio de Werner-Schaus fue el gobierno de Luxemburgo entre el 6 de febrero de 1969 y el 15 de junio de 1974. En todo el ministerio, el viceprimer ministro fue Eugène Schaus , en sustitución de Henry Cravatte , que había sido viceprimer ministro en el ministerio de Werner-Cravatte .
En las discusiones sobre el presupuesto de 1969, surgieron desacuerdos en la coalición gubernamental. Si bien la LSAP favoreció un aumento salarial para los funcionarios y un aumento de las pensiones, la CSV consideró que con la situación económica caracterizada por un débil crecimiento, no era posible dar paso a costosas demandas salariales. Los dos jefes de partido, Pierre Werner y Henry Cravatte, decidieron celebrar elecciones anticipadas, que de otro modo se habrían celebrado en 1969. Como resultado de las elecciones del 15 de diciembre de 1968, el CSV perdió un escaño y el LSAP perdió tres, mientras que el Partido Demócrata recuperó su puesto de 1959, devolviendo 11 diputados. A pesar de las pérdidas de sus partidos, a Werner y Cravatte les hubiera gustado continuar la cooperación entre CSV y LSAP. Sin embargo, el ala sindical del LSAP se opuso a tal continuación. El DP tomó así el lugar del LSAP como socio de coalición en el gobierno, mientras que el LSAP pasó a la oposición.
Durante este gobierno se produjeron dos reorganizaciones ministeriales, una el 5 de julio de 1971 con la incorporación de dos secretarios de Estado, la otra el 19 de septiembre de 1972 con la dimisión de Madeleine Frieden , debido a un escándalo. Tras este segundo cambio, Camille Ney fue ascendida a ministra y Jacques Santer se incorporó al gobierno como secretario de Estado.
En el período 1969-1974, Luxemburgo siguió desempeñando un papel importante en Europa gracias a las ideas sobre integración monetaria desarrolladas por su Primer Ministro. En enero de 1968, invitado a un congreso de la CDU en Alemania, Pierre Werner había presentado un plan de cinco puntos para la Unión Económica y Monetaria Europea.. Provocando el interés de los demás estados miembros de la CEE, Werner fue invitado a exponer sus puntos de vista antes de la conferencia de ministros de finanzas en Rotterdam en septiembre de 1968, luego en la cumbre europea de La Haya en diciembre de 1969. En esta última reunión, el los gobiernos declararon su intención de elaborar un plan de pasos hacia la creación de una unión económica y monetaria. La moneda iba a ser el motor de la construcción europea. En marzo de 1970, Pierre Werner fue nombrado jefe de un grupo de estudio que reportaría a la comisión. En su informe final, la comisión de expertos dio prioridad a la coordinación de las políticas económicas, la necesidad de instancias comunes de toma de decisiones, la centralización de la política monetaria mediante la creación de un comité de gobernadores de bancos centrales,la limitación en la variación de los tipos de cambio y la creación de un fondo europeo para sostener los tipos de cambio. El "El Plan Werner ”fue bien recibido, pero las dificultades del dólar y la libra esterlina, la crisis del petróleo y la estanflación frenaron su realización. Sin embargo, el Sistema Monetario Europeo , que entró en vigor en 1979, hizo uso de varios de sus elementos, como el Fondo Europeo de Cooperación Monetaria y la serpiente en el túnel .
En 1972, después de 50 años de existencia, la Unión Económica Bélgica-Luxemburgo debía expirar. Los dos gobiernos decidieron renovarlo cada 10 años. Cada renovación era la ocasión para nuevas negociaciones. En la renovación de 1972, la cuestión del reparto de los impuestos especiales sobre la gasolina, los cigarrillos y el alcohol estaba en el centro de las negociaciones. Si bien el tratado de 1921 había establecido el tamaño de la población como criterio para dividir los ingresos de los impuestos especiales, el gobierno luxemburgués exigió un método diferente de dividirlos, que tuviera más en cuenta las realidades económicas. Un protocolo firmado el 27 de octubre de 1971 intentó satisfacer las demandas luxemburguesas estableciendo a intervalos regulares una nueva distribución de los impuestos especiales.